| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2256396 = | 75 (0.760) | 17 (0.210) | 8/132 | NT | 20.7% | intergenic (+49/+72) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2256443 = | 68 (0.840) | intergenic (+96/+25) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U | |||||
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
TTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTT > USA300TCH1516_ALE/2256306‑2256485 | tttACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAA > 1:2532975‑M1/1‑91 (MQ=255)tttACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAA < 1:747405‑M1/91‑1 (MQ=255)tgtttataggtatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaata < 1:1988783‑M1/1‑1 (MQ=255)tgtttataggcatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaata > 1:3234637‑M1/91‑91 (MQ=255) tACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAA > 1:1834056‑M1/1‑91 (MQ=255) tACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAA < 1:3826815‑M1/91‑1 (MQ=255) taggtatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAACGcc < 1:3339137‑M1/7‑1 (MQ=255) taggtatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGcc < 1:1357202‑M1/7‑1 (MQ=255) ggtatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAGAAGCCaa < 1:2066327‑M1/9‑1 (MQ=255) ggtatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCaa < 1:3094827‑M1/9‑1 (MQ=255) aaTGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAA > 1:1812388‑M1/1‑91 (MQ=255) atgatgGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAAC < 1:530329‑M1/91‑1 (MQ=255) tatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatATAAGCCAaca < 1:3977917‑M1/11‑1 (MQ=255) tatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatACAAGCCAaca < 1:3976763‑M1/11‑1 (MQ=255) tatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAaca > 1:706994‑M1/81‑91 (MQ=255) tatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAaca > 1:3598645‑M1/81‑91 (MQ=255) atgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAacac < 1:1643516‑M1/12‑1 (MQ=255) atgGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACA > 1:3879978‑M1/1‑91 (MQ=255) tgGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAT < 1:3567181‑M1/91‑1 (MQ=255) tgGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAT < 1:2421925‑M1/91‑1 (MQ=255) tgGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAT < 1:3884507‑M1/91‑1 (MQ=255) tgGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAT < 1:2830390‑M1/91‑1 (MQ=255) ggAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAtt > 1:1221185/1‑91 (MQ=255) ggAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAtt > 1:193949/1‑91 (MQ=255) ggAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAtt > 1:606391/1‑91 (MQ=255) aaaTCGCTTTAGCAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCt > 1:3180718/1‑91 (MQ=255) aaaTCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCt > 1:1231185/1‑91 (MQ=255) aaaTCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCt > 1:2973072/1‑91 (MQ=255) aaTCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTg > 1:818622/1‑91 (MQ=255) aTCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGTGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTgg > 1:4037820/1‑91 (MQ=255) aTCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTgg > 1:4037922/1‑91 (MQ=255) aTCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTgg > 1:4038225/1‑91 (MQ=255) tttAGAAATTGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTa < 1:3984195/91‑1 (MQ=255) tttAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTa < 1:2245065/91‑1 (MQ=255) tttAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTa < 1:3941961/91‑1 (MQ=255) ttAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTAt > 1:13828/1‑91 (MQ=255) aGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATcc > 1:1745146/1‑91 (MQ=255) aaaTCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATcccc < 1:222328/91‑1 (MQ=255) aaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCa > 1:426047‑M1/62‑91 (MQ=255) aaTCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAACCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCa > 1:3850618/1‑91 (MQ=255) tCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAtt < 1:158704/91‑1 (MQ=255) tCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAtt < 1:1455959/91‑1 (MQ=255) acataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAtt > 1:1274084‑M1/60‑91 (MQ=255) cataattggatgtttaaatcttacttaagctagtctacatataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAttt > 1:3526281‑M1/59‑91 (MQ=255) cataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAttt > 1:422384‑M1/59‑91 (MQ=255) cataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAttt > 1:2527306‑M1/59‑91 (MQ=255) cGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATaaatggggatacgcccaga < 1:807510‑M1/91‑20 (MQ=255) cGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAttt < 1:3534405/91‑1 (MQ=255) cGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAttt < 1:3315255/91‑1 (MQ=255) gCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTa < 1:3634579‑M2/91‑2 (MQ=255) ataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTa > 1:2766446‑M1/58‑91 (MQ=255) ataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTa > 1:2699818‑M1/58‑91 (MQ=255) ataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTa > 1:2699602‑M1/58‑91 (MQ=255) taattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTAt > 1:1223000‑M1/57‑91 (MQ=255) cAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATaaatggggatacgcccagaat < 1:1104523‑M1/91‑22 (MQ=255) agagTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatg > 1:2868646‑M2/1‑88 (MQ=255) agagTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatg > 1:2868470‑M2/1‑88 (MQ=255) gagTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgt < 1:311020‑M2/91‑5 (MQ=255) tggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATgtgt > 1:4124838‑M1/53‑91 (MQ=255) gTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgt > 1:889984‑M2/1‑85 (MQ=255) tAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgtt > 1:1545452‑M2/1‑84 (MQ=255) gatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTg > 1:419577‑M1/51‑91 (MQ=255) aaCTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCGAAAAGCCAACACATaaatggggatacgcccagaatgtgttg < 1:3599692‑M1/91‑28 (MQ=255) aaCTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttg > 1:4062737‑M2/1‑83 (MQ=255) aCTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATaaatggggatacgcccagaatgtgttgg < 1:2862406‑M1/91‑29 (MQ=255) cTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggc > 1:782620‑M2/1‑81 (MQ=255) cTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggc < 1:3796503‑M2/91‑11 (MQ=255) cTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggc < 1:2721219‑M2/91‑11 (MQ=255) tATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTatgtgttggctt > 1:4060379‑M2/1‑79 (MQ=255) aaaTTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTtttatt < 1:1572185/91‑1 (MQ=255) 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ctTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTg < 1:3622674/91‑1 (MQ=255) ttAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTa > 1:1040179/1‑91 (MQ=255) ttAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTa > 1:3093523/1‑91 (MQ=255) tAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAg > 1:4041915/1‑91 (MQ=255) cAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGAtt < 1:1894576/91‑1 (MQ=255) gATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTta > 1:2499087/1‑91 (MQ=255) gATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTta > 1:2022564/1‑91 (MQ=255) gATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTta > 1:2141070/1‑91 (MQ=255) ttAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTtaag > 1:2428313/1‑91 (MQ=255) aaaCTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTtaagta < 1:1970164/91‑1 (MQ=255) aaCTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTtaagtaa > 1:193299/1‑91 (MQ=255) aCTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTtaagtaag > 1:3231359/1‑91 (MQ=255) cAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGAtt < 1:3898884/91‑1 (MQ=255) aaaaaGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGAttt > 1:1298109/1‑91 (MQ=255) | TTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTT > USA300TCH1516_ALE/2256306‑2256485 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |