New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2256396 = | 75 (0.760) | 17 (0.210) | 8/132 | NT | 20.7% | intergenic (+49/+72) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U |
? | USA300TCH1516_ALE | 2256443 = | 68 (0.840) | intergenic (+96/+25) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U |
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
AAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACAT > USA300TCH1516_ALE/2256355‑2256533 | aaaTTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTtttatt < 1:522408/91‑1 (MQ=255) aaTTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTCGGCTtttattt > 1:3761729/1‑91 (MQ=255) aTTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTtttattta < 1:2310382/91‑1 (MQ=255) ttGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTttatttat > 1:1049284/1‑91 (MQ=255) ttGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTttatttat > 1:3709885/1‑91 (MQ=255) ttGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTttatttat > 1:2269088/1‑91 (MQ=255) ttGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTttatttat > 1:310136/1‑91 (MQ=255) aCTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTAtatt < 1:3151752/91‑1 (MQ=255) cTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTAtatta > 1:2044126/1‑91 (MQ=255) cTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTAtatta > 1:2518958/1‑91 (MQ=255) ttAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATattatt > 1:3888816/1‑91 (MQ=255) ttAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATattatt > 1:3888808/1‑91 (MQ=255) ttAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTAATTTATattatt < 1:3194713/91‑1 (MQ=255) aaTTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTAc < 1:4110239/91‑1 (MQ=255) gCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTAt > 1:2804218/1‑91 (MQ=255) gCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTAt > 1:2804109/1‑91 (MQ=255) gCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTAt > 1:166850/1‑91 (MQ=255) ctctTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATc < 1:1163911/91‑1 (MQ=255) tctTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCt > 1:2718202/1‑91 (MQ=255) ctTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTg < 1:1496702/91‑1 (MQ=255) ctTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTg < 1:3622674/91‑1 (MQ=255) ctTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTg < 1:265548/91‑1 (MQ=255) ttAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTa > 1:3094893/1‑91 (MQ=255) ttAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTa > 1:3093523/1‑91 (MQ=255) ttAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTa > 1:1040179/1‑91 (MQ=255) tAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAg > 1:4041915/1‑91 (MQ=255) aaCAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGa < 1:3143728/91‑1 (MQ=255) cAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGAtt < 1:1894576/91‑1 (MQ=255) gATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTta > 1:2499087/1‑91 (MQ=255) gATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTta > 1:2141070/1‑91 (MQ=255) taatataaataaaagccaacacataaatggggatacgcccagaatgtgttggcttttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTtaa > 1:797044‑M2/58‑91 (MQ=255) ttAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTtaag > 1:2428313/1‑91 (MQ=255) aaaCTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTtaagta < 1:1970164/91‑1 (MQ=255) aaCTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTtaagtaa > 1:193299/1‑91 (MQ=255) aCTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTtaagtaag > 1:3231359/1‑91 (MQ=255) aCTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTtaagtaag > 1:3345160/1‑91 (MQ=255) cccAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGa > 1:151346/3‑91 (MQ=255) cAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGAtt < 1:3898884/91‑1 (MQ=255) aaaaaGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGAttt > 1:1298109/1‑91 (MQ=255) AGCCAACACATTCTGGGTGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAAc < 1:1209846‑M1/91‑1 (MQ=255) caacacataaatggggatacgcccagaatgtgttggcttttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATc > 1:419577‑M2/42‑91 (MQ=255) CAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATc < 1:3071386‑M1/91‑1 (MQ=255) CAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATc > 1:2965420‑M1/1‑91 (MQ=255) ACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCa < 1:2151576‑M1/91‑1 (MQ=255) ACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCa < 1:463921‑M1/91‑1 (MQ=255) ACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCa < 1:3585884‑M1/91‑1 (MQ=255) ACATTCTTGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAAt > 1:2071840‑M1/1‑91 (MQ=255) ACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAAt < 1:2018183‑M1/91‑1 (MQ=255) ataaatggggatacgcccagaatgtgttggcttttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTa > 1:1223000‑M2/36‑91 (MQ=255) taaatggggatacgcccagaatgtgttggcttttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTAt > 1:2699602‑M2/35‑91 (MQ=255) taaatggggatacgcccagaatgtgttggcttttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTAt > 1:2766446‑M2/35‑91 (MQ=255) taaatggggatacgcccagaatgtgttggcttttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTAt > 1:2699818‑M2/35‑91 (MQ=255) TTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTAt > 1:1345200‑M1/1‑91 (MQ=255) TTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTAt > 1:1345257‑M1/1‑91 (MQ=255) 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gtgttggcttttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCAt < 1:1643516‑M2/79‑1 (MQ=255) tgttggcttttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATa > 1:1216644‑M2/12‑91 (MQ=255) tgttggcttttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATa > 1:3598645‑M2/12‑91 (MQ=255) tgttggcttttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATa > 1:3598581‑M2/12‑91 (MQ=255) tgttggcttgtATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATa < 1:3976763‑M2/80‑1 (MQ=255) tgttggcttatATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATa < 1:3977917‑M2/80‑1 (MQ=255) ttggcttttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATAcc < 1:2064730‑M2/82‑1 (MQ=255) ttggcttctATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATAcc < 1:2066327‑M2/82‑1 (MQ=255) tggcttttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCt < 1:847402‑M2/83‑1 (MQ=255) ggcttttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCta < 1:1357202‑M2/84‑1 (MQ=255) ggcgtttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCta < 1:3339137‑M2/84‑1 (MQ=255) tATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACa < 1:1988783‑M2/90‑1 (MQ=255) atttatATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACat > 1:2780970/1‑91 (MQ=255) atttatATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACat > 1:2758926/1‑91 (MQ=255) | AAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACAT > USA300TCH1516_ALE/2256355‑2256533 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |