| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2333009 = | 100 (1.020) | 6 (0.070) | 4/136 | NT | 7.0% | intergenic (‑119/+249) | lacA/lacR | Galactose‑6‑phosphate isomerase subunit LacA/Lactose phosphotransferase system repressor |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2333060 = | 74 (0.890) | intergenic (‑170/+198) | lacA/lacR | Galactose‑6‑phosphate isomerase subunit LacA/Lactose phosphotransferase system repressor | |||||
ATTAAAACAACACCACAATATGAATGTTCACTTATTGTTTGAAAATACGTCATAAACAAACATATTATAAACATATTATGTTGATTTATTGTTTGTTTATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2333109‑2333009‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgtttgtttatgACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTGTAGTAAAACTTTGTCGAGGT > USA300TCH1516_ALE/2333060‑2333149 ATTAAAACAACACCACAATATGAATGTTCACTTATTGTTTGAAAATACGTCATAAACAAACATATTATAAACATATTATGTTGATTTATTG < 1:2885941/91‑1ATTAAAACAACACCACAATATGAATGTTCACTTATTGTTTGAAAATACGTCATAAACAAACATATTATAAACATATTATGTTGATTTATTG < 1:2942765/91‑1ATTAAAACAACACCACAATATGAATGTTCACTTATTGTTTGAAAATACGTCATAAACAAACATATTATAAACATATTATGTTGATTTATTG < 1:66181/91‑1ATTAAAACAACACCACAATATGAATGTTCACTTATTGTTTGAAAATACGTCATAAACAAACATATTATAAACATATTATGTTGATTTATTG < 1:63541/91‑1ATTAAAACAACACCACAATATGAATGTTCACTTATTGTTTGAAAATACGTCATAAACAAACATATTATAAACATATTATGTTGATTTATTG < 1:3053473/91‑1 TAAAACAACACCACAATATGAATGTTCACTTATTGTTTGAAAATACGTCATAAACAAACATATTATAAACATATTATGTTGATTTATTGTT < 1:3895086/91‑1 TAAAACAACACCACAATATGAATGTTCACTTATTGTTTGAAAATACGTCATAAACAAACATATTATAAACATATTATGTTGATTTATTGTT < 1:2038417/91‑1 TAAAACAACACCACAATATGAATGTTCACTTATTGTTTGAAAATACGTCATAAACAAACATATTATAAACATATTATGTTGATTTATTGTT < 1:2269718/91‑1 ACAACACCACAATATGAATGTTCACTTATTGTTTGAAAATACGTCATAAACAAACATATTATAAACATATTATGTTGATTTATTGTTTGTT < 1:2329739/91‑1 CACCACAATATGAATGTTCACTTATTGTTTGAAAATACGTCATAAACAAACATATTATAAACATATTATGTTGATTTATTGTTTGTTTATG < 1:3045752/91‑1 CAAACATATTATAAACATATTATGTTGATTTATTGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTT > 1:2008561/1‑91 AAACATATTATAAACATATTATGTTGATTTATTGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTT > 1:199732/1‑91 AAACATATTATAAACATATTATGTTGATTTATTATTTATTTATGACGTATTTTCAAACAATGAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTT > 1:3318974/1‑91 AACATATTATAAACATATTATGTTGATTTATTGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTA > 1:762667/1‑91 AACATATTATAAAAATATTATGTTGATTTATTGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTA > 1:2764258/1‑91 ACATATTATAAACATATTATGTTGATTTATTGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAA > 1:2304738/1‑91 TGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTGTAGTAAAAC < 1:1603535/91‑1 TGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTGTAGTAAAAC < 1:247256/91‑1 TGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTGTAGTAAAAC < 1:460222/91‑1 GTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTGTAGTAAAACT < 1:2980345/91‑1 TTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTGTAGTAAAACTTT < 1:1360953/91‑1 TGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTGTAGTAAAACTTTG < 1:3325168/91‑1 TGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTGTAGTAAAACTTTG < 1:2467720/91‑1 TGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTGTAGTAAAACTTTG < 1:2467643/91‑1 GTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTGTAGTAAAACTTTGT > 1:2361498/1‑91 GTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTGTAGTAAAACTTTGT > 1:2361482/1‑91 GTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCAGATTGTGGTATTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTGTAGTAAAACTTTGT > 1:3315241/1‑91 TTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTGTAGTAAAACTTTGTC > 1:1397582/1‑91 TATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTGTAGTAAAACTTTGTCGA < 1:1124147/91‑1 TATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTGTAGTAAAACTTTGTCGA < 1:1124146/91‑1 ATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTGTAGTAAAACTTTGTCGAG < 1:3469337/91‑1 ATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTGTAGTAAAACTTTGTCGAG < 1:2615384/91‑1 ATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTGTAGTAAAACTTTGACGAG > 1:3449976/1‑91 GACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTGTAGTAAAACTTTGTCGActa > 1:2587022/1‑88 GACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTGTAGTAAAACTTTGTCGAGGT < 1:576700/91‑1 GACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTGTAGTAAAACTTTGTCGAGGT > 1:2098249/1‑91 GACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTGTAGTAAAACTTTGTCGAGGT > 1:189307/1‑91 GACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTGTAGTAAAACTTTGTCGAGGT < 1:703122/91‑1 ATTAAAACAACACCACAATATGAATGTTCACTTATTGTTTGAAAATACGTCATAAACAAACATATTATAAACATATTATGTTGATTTATTGTTTGTTTATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2333109‑2333009‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgtttgtttatgACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTGTAGTAAAACTTTGTCGAGGT > USA300TCH1516_ALE/2333060‑2333149 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |