New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2333009 = | 100 (1.020) | 6 (0.070) | 4/136 | NT | 7.0% | intergenic (‑119/+249) | lacA/lacR | Galactose‑6‑phosphate isomerase subunit LacA/Lactose phosphotransferase system repressor |
? | USA300TCH1516_ALE | 2333060 = | 74 (0.890) | intergenic (‑170/+198) | lacA/lacR | Galactose‑6‑phosphate isomerase subunit LacA/Lactose phosphotransferase system repressor |
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
GAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTGTAGTAAAACTTTGTCGAGGTT > USA300TCH1516_ALE/2332970‑2333150 | gagaAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGa > 1:3252003/1‑91 (MQ=255) gagaAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGa > 1:1553160/1‑91 (MQ=255) gaAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACg < 1:2729240/91‑1 (MQ=255) aaaaGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGt < 1:1393639/91‑1 (MQ=255) aaaaGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGt < 1:319792/91‑1 (MQ=255) aaaaGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGt < 1:176766/91‑1 (MQ=255) aGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTAtt < 1:1359680/91‑1 (MQ=255) aGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTAtt < 1:2698882/91‑1 (MQ=255) aGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTAtt < 1:2698910/91‑1 (MQ=255) aGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTAtt < 1:1702337/91‑1 (MQ=255) gCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTAtttt > 1:2472079/1‑91 (MQ=255) gCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTAtttt > 1:2472067/1‑91 (MQ=255) tttCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCa < 1:1825037/91‑1 (MQ=255) tttCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCa > 1:184826/1‑91 (MQ=255) tttCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCa < 1:2628980/91‑1 (MQ=255) tttCAATTTCATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCa < 1:3964138/91‑1 (MQ=255) ttCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCaa > 1:2827042/1‑91 (MQ=255) tCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCaaa > 1:2076503/1‑91 (MQ=255) cAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAAc < 1:1248813/91‑1 (MQ=255) cAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAAc > 1:486077/1‑91 (MQ=255) ttGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATa > 1:3760470/1‑91 (MQ=255) gATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAg < 1:2877178/91‑1 (MQ=255) 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aaTTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCat < 1:2580610/91‑1 (MQ=255) aTTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCata < 1:2228650/91‑1 (MQ=255) ttATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCatat < 1:510673/91‑1 (MQ=255) ataaacataaacAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATtg > 1:409167/1‑91 (MQ=255) ataaacataaacAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATtg > 1:3697224/1‑91 (MQ=255) aaacataaacaAACAATAAATCAGCATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATtgtg > 1:736989/1‑91 (MQ=255) aaacataaacaAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATtgtg < 1:715972/91‑1 (MQ=255) aacataaacaAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTgtgg < 1:504381/91‑1 (MQ=255) aacataaacaAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTgtgg > 1:3901522/1‑91 (MQ=255) CATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTgtggtg < 1:3045752‑M1/91‑1 (MQ=255) AACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGtgttgt < 1:2329739‑M1/91‑1 (MQ=255) caaacatattataaacatattatgttgatttattgtttgtttatgACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGttt > 1:2008561‑M2/46‑91 (MQ=255) aaacatattataaacatattatgttgatttattatttatttatgACGTATTTTCAAACAATGAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGtttt > 1:3318974‑M2/45‑91 (MQ=255) AACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTa < 1:3895086‑M1/91‑1 (MQ=255) AACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTa < 1:2038417‑M1/91‑1 (MQ=255) AACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTa < 1:2269718‑M1/91‑1 (MQ=255) CAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAAt < 1:66181‑M1/91‑1 (MQ=255) CAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAAt < 1:3053473‑M1/91‑1 (MQ=255) CAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAAt < 1:2942765‑M1/91‑1 (MQ=255) aTAATTCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTa < 1:2003564/91‑1 (MQ=255) aTAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTa < 1:2305888/91‑1 (MQ=255) aaaTCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAgg > 1:3835503/1‑91 (MQ=255) aaTCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGt < 1:1696316/91‑1 (MQ=255) aTCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTa > 1:613840/1‑91 (MQ=255) tCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTAt < 1:560398/91‑1 (MQ=255) cAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACACTAAGTGAACCTTCATATTGTGGGGTTGTTTTAATTAGGTAtt > 1:3797165/1‑91 (MQ=255) aCATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCg > 1:3954955/1‑91 (MQ=255) cATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGt > 1:2839114/1‑91 (MQ=255) cATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGt > 1:2837157/1‑91 (MQ=255) cATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGt > 1:2758331/1‑91 (MQ=255) cATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGt > 1:2758103/1‑91 (MQ=255) ataatatgtttataatatgtttGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTc < 1:2352789/91‑1 (MQ=255) ataatatgtttataatatgtttGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTc > 1:3589009/1‑91 (MQ=255) taatatgtttataatatgtttGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCt < 1:15269/91‑1 (MQ=255) taatatgtttataatatgtttGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCt < 1:3877340/91‑1 (MQ=255) taatatgtttataatatgtttGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCt < 1:3877260/91‑1 (MQ=255) taatatgtttataatatgtttGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCt < 1:1675821/91‑1 (MQ=255) taatatgtttataatatgtttGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCt < 1:1676167/91‑1 (MQ=255) taatatgtttataatatgtttGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCt < 1:1677986/91‑1 (MQ=255) atatgtttataatatgtttGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGa > 1:1887124/1‑91 (MQ=255) tgtttataatatgtttGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAAt > 1:327675/1‑91 (MQ=255) tgtttataatatgtttGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAAt > 1:329704/1‑91 (MQ=255) gtttataatatgtttGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAAtt > 1:1878436/1‑91 (MQ=255) gtttataatatgtttGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAAtt < 1:1734584/91‑1 (MQ=255) gtttataatatgtttGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAAtt < 1:1782403/91‑1 (MQ=255) gtttataatatgtttGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTATGAAAtt > 1:3561878/1‑91 (MQ=255) ttataatatgtttGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTgt < 1:2151025/91‑1 (MQ=255) ataatatgtttGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTGTTGTTTTAATTAGGTATTCGTCTGAAATTgtag < 1:1024552/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |