| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2333009 = | 100 (1.020) | 6 (0.070) | 4/136 | NT | 7.0% | intergenic (‑119/+249) | lacA/lacR | Galactose‑6‑phosphate isomerase subunit LacA/Lactose phosphotransferase system repressor |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2333060 = | 74 (0.890) | intergenic (‑170/+198) | lacA/lacR | Galactose‑6‑phosphate isomerase subunit LacA/Lactose phosphotransferase system repressor | |||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
AAATACCTTTCTTAAAATGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATATGTTTGTTTATGACGTATTTTCAAACAATAAGTGAACATTCATATTGTGGTG > USA300TCH1516_ALE/2332919‑2333099 | aaaTACCTTTCTTAAAATGTGACATATTTATTTTTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTataaac < 1:3679861/91‑1 (MQ=255)aaaTACCTTTCTTAAAATGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTataaac < 1:356933/91‑1 (MQ=255)aaaTACCTTTCTTAAAATGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTataaac < 1:3678896/91‑1 (MQ=255)aaaTACCTTTCTTAAAATGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTataaac < 1:137274/91‑1 (MQ=255) ctcgtcaaagttttactacaatttcagacgaatacctaattaaaacaacaccacaatatgaatgttcacttattgtttgaaaatacgtCAt > 1:3449976‑M1/89‑91 (MQ=255) ctcgacaaagttttactacaatttcagacgaatacctaattaaaacaacaccacaatatgaatgttcacttattgtttgaaaatacgtCAt < 1:2615384‑M1/3‑1 (MQ=255) tcgacaaagttttactacaatttcagacgaatacctaattaaaacaacaccacaatatgaatgttcacttattgtttgaaaatacgtCATa < 1:1124147‑M1/4‑1 (MQ=255) tACCTTTCTTAAAATGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTataaacata > 1:2891662/1‑91 (MQ=255) aCCTTTCTTAAAATGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTataaacataa < 1:2253427/91‑1 (MQ=255) aCCTTTCTTAAAATGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTataaacataa > 1:3108764/1‑91 (MQ=255) aCCTTTCTTAAAATGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTataaacataa > 1:1154798/1‑91 (MQ=255) aCCTTTCTTAAAATGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTataaacataa < 1:2253321/91‑1 (MQ=255) aCCTTTCTTAAAATGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTataaacataa < 1:1078904/91‑1 (MQ=255) gacaaagttttactacaatttcagacgaatacctaattaaaacaacaccacaatatgaatgttcacttattgtttgaaaatacgtCATaaa > 1:1397582‑M1/86‑91 (MQ=255) 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tCTTAAAATGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATaaacaaa > 1:3005692/1‑91 (MQ=255) cTTAAAATGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATaaacaaac < 1:1852717/91‑1 (MQ=255) agttttactacaatttcagacgaatacctaattaaaacaacaccacaatatgaatgttcacttattgtttgaaaatacgtCATaaacaaac < 1:2980345‑M1/11‑1 (MQ=255) ttAAAATGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAaacaaaca < 1:2127173/91‑1 (MQ=255) gttttactacaatttcagacgaatacctaattaaaacaacaccacaatatgaatgttcacttattgtttgaaaatacgtCATAaacaaaca < 1:460222‑M1/12‑1 (MQ=255) aaaaTGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAAt > 1:1928745/1‑91 (MQ=255) aaaaTGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAAt > 1:2030702/1‑91 (MQ=255) aaaaTGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAAt < 1:1154726/91‑1 (MQ=255) aaaTGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATa > 1:1453608/1‑91 (MQ=255) aTGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATaaa < 1:2729954/91‑1 (MQ=255) aTGTGACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATaaa < 1:2585319/91‑1 (MQ=255) gACATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCaa > 1:2964225/1‑91 (MQ=255) cATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACa > 1:635381/1‑91 (MQ=255) cATATTTATTTGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACa > 1:1534365/1‑91 (MQ=255) tatttGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACataatat > 1:2223585/1‑91 (MQ=255) atttGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACataatatg > 1:4117331/1‑91 (MQ=255) tttGTAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACataatatgt > 1:337019/1‑91 (MQ=255) tAGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACataatatgtttat < 1:1422337/91‑1 (MQ=255) aGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACatcatatgtttata > 1:3766776/1‑91 (MQ=255) aGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACataatatgtttata > 1:3417048/1‑91 (MQ=255) aGGTTATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACataatatgtttata > 1:111682/1‑91 (MQ=255) ttATGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACataatatgtttataata < 1:782260/91‑1 (MQ=255) aTGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACataatatgtttataatatg > 1:2854440/1‑91 (MQ=255) tGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACataatatgtttataatatgt < 1:754521/91‑1 (MQ=255) tGAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACataatatgtttataatatgt < 1:754436/91‑1 (MQ=255) taaaacaacaccacaatatgaatgttcacttattgtttgaaaatacgtCATAAACAAACAATAAATCAACataatatgtttataatatgtt > 1:762667‑M1/49‑91 (MQ=255) gAAAATCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACataatatgtttataatatgtt > 1:2741363/1‑91 (MQ=255) aaaacaacaccacaatatgaatgttcactcattgtttgaaaatacgtCATAAATAAATAATAAATCAACataatatgtttataatatgttt > 1:3318974‑M1/48‑91 (MQ=255) aaaaTCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACataatatgtttataatatgttt > 1:3567824/1‑91 (MQ=255) aaacaacaccacaatatgaatgttcacttattgtttgaaaatacgtCATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATAtgtttg > 1:2008561‑M1/47‑91 (MQ=255) aaaTCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATAtgtttg > 1:343255/1‑91 (MQ=255) aaaTCTTGAGAAAAGGCTTTCAATTTGATTACGTTTAAATTATAAACATAAACAAACAATAAATCAACATAATATGTTTATAATAtgtttg < 1:2441610/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |