| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2380474 | 114 (1.160) | 14 (0.170) | 8/132 | NT | 12.5% | intergenic (+147/+40) | USA300HOU_RS12230/swrC | hypothetical protein/Swarming motility protein SwrC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2380492 | 102 (1.260) | intergenic (+165/+22) | USA300HOU_RS12230/swrC | hypothetical protein/Swarming motility protein SwrC | |||||
ATTATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2380371‑2380474‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaagccataaaagCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATGTGTTAATAAA < USA300TCH1516_ALE/2380492‑2380404 ATTATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAA > 1:792956/1‑91 TTATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTCAAATTTCAAATTTTAAA > 1:1384330/1‑91 TTATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAA < 1:3250732/91‑1 TTATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAA > 1:3441473/1‑91 TTATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAA > 1:3441474/1‑91 TATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAA > 1:1974300/1‑91 TATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAA > 1:1890049/1‑91 TATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAA > 1:101620/1‑91 ATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAA < 1:2202561/91‑1 ATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAA > 1:2722553/1‑91 ATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAA < 1:1231526/91‑1 ATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAA < 1:2199870/91‑1 ATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAA < 1:1946429/91‑1 CGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGC < 1:2328768/91‑1 GGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCC > 1:1914674/1‑91 GATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCA < 1:1891347/91‑1 TACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAA < 1:1443665/91‑1 ACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAA < 1:1169726/91‑1 CATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAA < 1:3616687/91‑1 ATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAtatg > 1:209608/1‑87 ATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAtatg > 1:205449/1‑87 ATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAG > 1:1886630/1‑91 TGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACT < 1:32677/91‑1 GTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTA < 1:3913781/91‑1 TATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTT < 1:3132838/91‑1 TATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTT < 1:1780134/91‑1 TATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTT < 1:4109941/91‑1 TAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTAT < 1:2625123/91‑1 CACATCGCTTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGC < 1:2072048/91‑1 ACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCT < 1:870067/91‑1 ACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCT < 1:3842589/91‑1 ACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCT > 1:2574666/1‑91 ACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCT < 1:2003595/91‑1 CATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTT < 1:705104/91‑1 CATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTT < 1:1299150/91‑1 CATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTT < 1:1299259/91‑1 AAAGCCATAAATGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTCTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGAT < 1:3759540/91‑1 AAAGCCATAAACGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGAT < 1:3759527/91‑1 AAAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATGTGAAATTTTATACCTTATCTCACGTGCGATTTAATCGAT < 1:1234156/91‑1 AAGCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATG < 1:120680/91‑1 GCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATGTG < 1:2335777/91‑1 GCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATGTG < 1:1106341/91‑1 GCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATGTG < 1:1241427/91‑1 GCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATGTG < 1:17294/91‑1 GCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATGTG > 1:3416966/1‑91 GCCATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATGTG > 1:3416795/1‑91 CATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATGTGTT > 1:1761129/1‑91 CATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATGTGTT < 1:3098910/91‑1 CATAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATGTGTT < 1:3098357/91‑1 TAAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATGTGTTAA > 1:468730/1‑91 AAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGCTTTAATCGATGTGTTAAT > 1:2856849/1‑91 AAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATGTGTTAAT > 1:3614212/1‑91 AAAAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATGTGTTAAT < 1:869891/91‑1 AAGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATGTGTTAATAA < 1:861753/91‑1 AGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATGTGTTAATAAA < 1:1455499/91‑1 AGCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATGTGTTAATAAA > 1:1942747/1‑91 ATTATCGGATTACATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2380371‑2380474‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaagccataaaagCGGTCATGATATTGACTACTTTTATGGCTTTTTAAAATTTGAAATTTTAGACCTTATTTCACGTGCGATTTAATCGATGTGTTAATAAA < USA300TCH1516_ALE/2380492‑2380404 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |