| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2380474 | 114 (1.160) | 14 (0.170) | 8/132 | NT | 12.5% | intergenic (+147/+40) | USA300HOU_RS12230/swrC | hypothetical protein/Swarming motility protein SwrC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2380492 | 102 (1.260) | intergenic (+165/+22) | USA300HOU_RS12230/swrC | hypothetical protein/Swarming motility protein SwrC | |||||
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
ATGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTAC > USA300TCH1516_ALE/2380384‑2380564 | aTGTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAG > 1:1886630‑M1/1‑91 (MQ=255) gTTGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAagta < 1:2973124/91‑1 (MQ=255) ttGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAagtag < 1:2312062/91‑1 (MQ=255) ttGAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAagtag < 1:1157371/91‑1 (MQ=255) tGAATGCCAGTACTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAagtagt > 1:3206987/1‑91 (MQ=255) gAATGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTc < 1:1664032/91‑1 (MQ=255) aTGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCaa > 1:3488994/1‑91 (MQ=255) tGCCAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAat > 1:3399168/1‑91 (MQ=255) ccAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAatat < 1:3027557/91‑1 (MQ=255) cAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATc > 1:2062488/1‑91 (MQ=255) cAGTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATc < 1:95588/91‑1 (MQ=255) gTATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCAt > 1:497029/1‑91 (MQ=255) tATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATg > 1:1573480/1‑91 (MQ=255) tATTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATg > 1:2192148/1‑91 (MQ=255) aTTGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGa < 1:3339567/91‑1 (MQ=255) ttGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGAc < 1:2162625/91‑1 (MQ=255) ttGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCCAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGAc < 1:38672/91‑1 (MQ=255) ttGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCCAAAATGTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGAc < 1:38186/91‑1 (MQ=255) tGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGcggtcatgatattgact < 1:32677‑M1/91‑18 (MQ=255) tGTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGAcc > 1:1828075/1‑91 (MQ=255) gTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCg > 1:249561/1‑91 (MQ=255) gTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCg > 1:863277/1‑91 (MQ=255) gTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCg > 1:1307068/1‑91 (MQ=255) tttATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGct < 1:1455499‑M2/91‑3 (MQ=255) tttATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGct > 1:1942747‑M2/1‑89 (MQ=255) tattaACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGcggtcatgatattgactacttt < 1:1780134‑M1/91‑23 (MQ=255) tattaACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGcggtcatgatattgactacttt < 1:4109941‑M1/91‑23 (MQ=255) attaACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGctttt < 1:869891‑M2/91‑6 (MQ=255) aaCACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatg < 1:3098910‑M2/91‑9 (MQ=255) aaCACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatg < 1:3098357‑M2/91‑9 (MQ=255) cacaTCGCTTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGcggtcatgatattgactacttttatggc < 1:2072048‑M1/91‑29 (MQ=255) cacaTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatggc > 1:3416795‑M2/1‑81 (MQ=255) cacaTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatggc < 1:2335777‑M2/91‑11 (MQ=255) cacaTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatggc < 1:1106341‑M2/91‑11 (MQ=255) cacaTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatggc > 1:3416966‑M2/1‑81 (MQ=255) acaTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGcggtcatgatattgactacttttatggct < 1:2003595‑M1/91‑30 (MQ=255) acaTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGcggtcatgatattgactacttttatggct < 1:3842589‑M1/91‑30 (MQ=255) caTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatggctt < 1:120680‑M2/91‑13 (MQ=255) aTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAGAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcatttatggcttt < 1:3759540‑M2/91‑14 (MQ=255) aTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcgtttatggcttt < 1:3759527‑M2/91‑14 (MQ=255) cGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTta > 1:2685973/1‑91 (MQ=255) cGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTta > 1:3677981/1‑91 (MQ=255) gATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTtat > 1:2412330/1‑91 (MQ=255) gATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTtat < 1:1294869/91‑1 (MQ=255) aTTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTtata > 1:2099295/1‑91 (MQ=255) ttAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTatat > 1:2746777/1‑91 (MQ=255) ttAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTatat < 1:1603137/91‑1 (MQ=255) aaaTCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTAtatta > 1:19322/1‑91 (MQ=255) aaaTCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTAtatta < 1:3130873/91‑1 (MQ=255) aaTCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTAtattat > 1:312910/1‑91 (MQ=255) aTCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATtatc > 1:3442375/1‑91 (MQ=255) aTCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATtatc > 1:1359577/1‑91 (MQ=255) aTCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATtatc > 1:1377461/1‑91 (MQ=255) tCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATtatct > 1:3925042/1‑91 (MQ=255) tCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATtatct < 1:1197782/91‑1 (MQ=255) tCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCGTTTATATtatct < 1:3201126/91‑1 (MQ=255) cACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTCTTATACtatctatc > 1:12348/1‑91 (MQ=255) aCGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCg > 1:1864178/1‑91 (MQ=255) tGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCACAAAAGTAGTCAATCTCATGACCGCTTTCATGGCTTTTATATTATCTACCGttt > 1:3853385/1‑91 (MQ=255) aaTAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGt < 1:1044771/91‑1 (MQ=255) aTAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTg < 1:3986949/91‑1 (MQ=255) tAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGa > 1:2962240/1‑91 (MQ=255) 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tAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGttt > 1:586320/1‑91 (MQ=255) tAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGttt > 1:2242225/1‑91 (MQ=255) aaaaTTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGtttt < 1:3141337/91‑1 (MQ=255) aaaTTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGttttt < 1:1059336/91‑1 (MQ=255) aaaTTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTtaaagt < 1:1962253/91‑1 (MQ=255) tttAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTtaaagtaaag < 1:3160894/91‑1 (MQ=255) aaaGCCATAGAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAAt < 1:3967332/91‑1 (MQ=255) aaaGCCATAAAAGcggtcatgatattgactacttttatggctttttaaaatgtgaaattttataccttatctcacgtgcgatttaatcgat < 1:1234156‑M1/91‑79 (MQ=255) 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gCCATAAAAGcggtcatgatattgactacttttatggctttttaaaatttgaaattttagaccttatttcacgtgcgatttaatcgatgtg < 1:1241427‑M1/91‑82 (MQ=255) gCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTc < 1:791615/91‑1 (MQ=255) ccATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCa < 1:1902333/91‑1 (MQ=255) ccATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGGTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCa < 1:2284611/91‑1 (MQ=255) cATAAAAGcggtcatgatattgactacttttatggctttttaaaatttgaaattttagaccttatttcacgtgcgatttaatcgatgtgtt > 1:1761129‑M1/1‑8 (MQ=255) aTAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatggctttttaaaatttgaaattttagaccttatttcacgtgcgatttaatcgatgtgtta < 1:2625123‑M2/91‑67 (MQ=255) tAAAAGcggtcatgatattgactacttttatggctttttaaaatttgaaattttagaccttatttcacgtgcgatttaatcgatgtgttaa > 1:468730‑M1/1‑6 (MQ=255) tAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCatat < 1:3369710/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |