| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2380474 | 114 (1.160) | 14 (0.170) | 8/132 | NT | 12.5% | intergenic (+147/+40) | USA300HOU_RS12230/swrC | hypothetical protein/Swarming motility protein SwrC |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2380492 | 102 (1.260) | intergenic (+165/+22) | USA300HOU_RS12230/swrC | hypothetical protein/Swarming motility protein SwrC | |||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
GTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAATTTCATATATTACTGGTACAACTACAAGTGT > USA300TCH1516_ALE/2380402‑2380582 | gTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCg > 1:863277/1‑91 (MQ=255)gTTTTATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCg > 1:1307068/1‑91 (MQ=255)gTTATATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATCACCg < 1:3269237/91‑1 (MQ=255) tttATTAACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGct > 1:1942747‑M2/1‑89 (MQ=255) attaACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGctttt < 1:869891‑M2/91‑6 (MQ=255) attaACACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGctttt > 1:3614212‑M2/1‑86 (MQ=255) aaCACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatg < 1:3098357‑M2/91‑9 (MQ=255) aaCACATCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatg < 1:3098910‑M2/91‑9 (MQ=255) cacaTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatggc < 1:17294‑M2/91‑11 (MQ=255) cacaTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatggc > 1:3416966‑M2/1‑81 (MQ=255) cacaTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatggc < 1:1241427‑M2/91‑11 (MQ=255) cacaTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatggc < 1:2335777‑M2/91‑11 (MQ=255) cacaTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatggc < 1:1106341‑M2/91‑11 (MQ=255) caTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatggctt < 1:120680‑M2/91‑13 (MQ=255) aTCGATTAAATCGCACGTGAGATAAGGTATAAAATTTCACATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcttttatggcttt < 1:1234156‑M2/91‑14 (MQ=255) aTCGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGcgtttatggcttt < 1:3759527‑M2/91‑14 (MQ=255) cGATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTta > 1:3677981/1‑91 (MQ=255) gATTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTtat < 1:1294869/91‑1 (MQ=255) aTTAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTtata > 1:2099295/1‑91 (MQ=255) ttAAATCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTatat < 1:969039/91‑1 (MQ=255) aaaTCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTAtatta > 1:380918/1‑91 (MQ=255) aaaTCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTAtatta < 1:3130858/91‑1 (MQ=255) aaaTCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTAtatta > 1:19322/1‑91 (MQ=255) aaTCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTAtattat > 1:312910/1‑91 (MQ=255) aaTCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTAtattat > 1:538141/1‑91 (MQ=255) aTCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATtatc > 1:1360165/1‑91 (MQ=255) aTCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATtatc > 1:2855596/1‑91 (MQ=255) aTCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATtatc > 1:3442375/1‑91 (MQ=255) tCGCACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATtatct < 1:1197747/91‑1 (MQ=255) cACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATtatctatc > 1:3566115/1‑91 (MQ=255) cACGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATtatctatc > 1:12411/1‑91 (MQ=255) aCGTGAAATAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCg > 1:1591148/1‑91 (MQ=255) aaaTAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAg < 1:3981476/91‑1 (MQ=255) aaTAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGt < 1:1044771/91‑1 (MQ=255) aTAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTg < 1:3986949/91‑1 (MQ=255) tAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGa < 1:3711312/91‑1 (MQ=255) tAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGa > 1:2962240/1‑91 (MQ=255) tAAGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGa < 1:2165592/91‑1 (MQ=255) aaGGTCTTAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCTTTTAGTGaa < 1:2079009/91‑1 (MQ=255) aaGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGaa < 1:2746462/91‑1 (MQ=255) aaGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGaa < 1:728060/91‑1 (MQ=255) aGGTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAAt > 1:793102/1‑91 (MQ=255) ggTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATc < 1:1276236/91‑1 (MQ=255) ggTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATc > 1:429178/1‑91 (MQ=255) gTCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCg < 1:2544952/91‑1 (MQ=255) tCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGt < 1:2814865/91‑1 (MQ=255) tCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGt < 1:3407076/91‑1 (MQ=255) tCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGt < 1:1968419/91‑1 (MQ=255) tCTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGt < 1:2646887/91‑1 (MQ=255) tCTAAAATGTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGt < 1:2842367/91‑1 (MQ=255) cTAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGtt < 1:1839894/91‑1 (MQ=255) tAAAATTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGttt > 1:586320/1‑91 (MQ=255) aaaaTTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGtttt < 1:3141337/91‑1 (MQ=255) aaaTTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGttttt < 1:1059336/91‑1 (MQ=255) aaTTTCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGtttttt < 1:3186305/91‑1 (MQ=255) tttCAAATTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTta < 1:3931105/91‑1 (MQ=255) aaaTTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTtaaagt < 1:1962253/91‑1 (MQ=255) aaTTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTtaaagta < 1:3146103/91‑1 (MQ=255) aTTTTAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTtaaagtaa < 1:1904225/91‑1 (MQ=255) tAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAagag < 1:2141555/91‑1 (MQ=255) tAAAAAGCCATAAAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAagag < 1:2099596/91‑1 (MQ=255) aaaGCCATAGAAGTAGTCAATATCATGACCGCTTTTATGGCTTTTATATTATCTATCGTTTAGTGAATCGTTTTTTTAAAGTAAAGAGAAt < 1:3967332/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |