| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2489730 = | 134 (1.360) | 13 (0.160) | 9/136 | NT | 11.9% | intergenic (+79/+74) | tarF_2/USA300HOU_RS12815 | Teichoic acid glycerol‑phosphate transferase/putative lipoprotein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2489772 = | 78 (0.930) | intergenic (+121/+32) | tarF_2/USA300HOU_RS12815 | Teichoic acid glycerol‑phosphate transferase/putative lipoprotein | |||||
TTACTGATCCAAACTACCAACAATAATGTTAATATAACTATGATGCAAGTTAAAAAATAAAACGGTAAACTCTATAATATGAATTAGGGTTTACCGTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2489829‑2489730‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtttaccgttttATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGTAACCATTGCTTGTCCAGTATAATCAACCGTTA > USA300TCH1516_ALE/2489772‑2489859 TTACTGATCCAAACTACCAACAATAATGTTAATATAACTATGATGCAAGTTAAAAAATAAAACGGTAAACTCTATAATATGAATTAGGGTT > 1:787856/1‑91TTACTGATCCAAACTACCAACAATAATGTTAATATAACTATGATGCAAGTTAAAAAATAAAACGGTAAACTCTATAATATGAATTAGGGTT > 1:2895602/1‑91TTACTGATCCAAACTACCAACAATAATGTTAATATAACTATGATGCAAGTTAAAAAATAAAACGGTAAACTCTATAATATGAATTAGGGTT > 1:2226852/1‑91 TACTGATCCAAACTACCAACAATAATGTTAATATAACTATGATGCAAGTTAAAAAATAAAACGGTAAACTCTATAATATGAATTAGGGTTT < 1:68148/91‑1 ACTGATCCAAACTACCAACAATAATGTTAATATAACTATGATGCAAGTTAAAAAATAAAACGGTAAACTCTATAATATGAATTAGGGTTTA > 1:1366073/1‑91 ACTGATCCAAACTACCAACAATAATGTTAATATAACTATGATGCAAGTTAAAAAATAAAACGGTAAACTCTATAATATGAATTAGGGTTTA < 1:4023919/91‑1 ACTGATCCAAACTACCAACAATAATGTTAATATAACTATGATGCAAGTTAAAAAATAAAACGGTAAACTCTATAATATGAATTAGGGTTTA > 1:3842354/1‑91 ACTGATCCAAACTACCAACAATAATGTTAATATAACTATGATGCAAGTTAAAAAATAAAACGGTAAACTCTATAATATGAATTAGGGTTTA < 1:2675522/91‑1 CTGATCCAAACTACCAACAATAATGTTAATATAACTATGATGCAAGTTAAAAAATAAAACGGTAAATTCTATAATATGAATTAGGGTTTAC < 1:59562/91‑1 TGATCCAAACTACCAACAATAATGTTAATATAACTATGATGCAAGTTAAAAAATAAAACGGTAAACTCTATAATATGAATTAGGGTTTACC < 1:104111/91‑1 GATCCAAACTACCAACAATAATGTTAATATAACTATGATGCAAGTTAAAAAATAAAACGGTAAACTCTATAATATGAATTAGGGTTTACCG > 1:1727469/1‑91 TCCAAACTACCAACAATAATGTTAATATAACTATGATGCAAGTTAAAAAATAAAACGGTAAACTCTATAATATGAATTAGGGTTTACCGTT < 1:3654606/91‑1 CAAACTACCAACAATAATGTTAATATAACTATGATGCAAGTTAAAAAATAAAACGGTAAACTCTATAATATGAATTAGGGTTTACCGTTTT < 1:2342278/91‑1 CAAACTACCAACAATAATGTTAATATAACTATGATGCAAGTTAAAAAATAAAACGGTAAACTCTATAATATGAATTAGGGTTTACCGTTTT < 1:2345870/91‑1 CAAACTACCAACAATAATGTTAATATAACTATGATGCAAGTTAAAAAATAAAACGGTAAACTCTATAATATGAATTAGGGTTTACCGTTTT > 1:577346/1‑91 TAAAACGGTAAACTCTATAATATGAATTAGGGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTT > 1:1873869/1‑91 AAAACGGTAAACTCTATAATATGAATTAGGGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTG > 1:1021779/1‑91 ACGGTAAACTCTATAATATGAATTAGGGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGAT > 1:1433702/1‑91 ACGGTAAACTCTATAATATGAATTAGGGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGAT > 1:2473089/1‑91 ACGGTAAACTCTATAATATGAATTAGGGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGAT > 1:3293500/1‑91 CGGTAAACTCTATAATATGAATTAGGGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATC > 1:2895316/1‑91 CTCTATAATATGAATTAGGGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGTAACC > 1:2996991/1‑91 TCTATAATATGAATTAGGGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGTAACCA > 1:2477718/1‑91 CTATAATATGAATTAGGGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGTAACCAT > 1:3277116/1‑91 CTATAATATGAATTAGGGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGTAACCAT > 1:3278054/1‑91 CTATAATATGAATTAGGGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGTAACCAT > 1:4120327/1‑91 ATAATATGAATTAGGGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGTAACCATTG > 1:1268668/1‑91 TAATATGAATTAGGGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGTAACCATTGC > 1:3209994/1‑91 GTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGTAACCATTGCTTGTCCAGTATAAT < 1:2725725/91‑1 GTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGTAACCATTGCTTGTCCAGTATAAT < 1:2889191/91‑1 GTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGTAACCATTGCTTGTCCAGTATAAT < 1:1734580/91‑1 GTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGTAACCATTGCTTGTCCAGTATAAT < 1:2889568/91‑1 TACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGTAACCATTGCTTGTCCAGTATAATCAA > 1:1429534/1‑91 TACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGTAACCATTGCTTGTCCAGTATAATCAA > 1:1128344/1‑91 GTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGTAACCATTGCTTGTCCAGTATAATCAACCGT < 1:4143546/91‑1 GTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGTAACCATTGCTTGTCCAGTATAATCAACCGT < 1:2766221/91‑1 GTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGTAACCATTGCTTGTCCAGTATAATCAACCGT > 1:736069/1‑91 TTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGTAACCATTGCTTGTCCAGTATAATCAACCGTT > 1:528545/1‑91 TTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGTAACCATTGCTTGTCCAGTATAATCAACCGTTA < 1:444832/91‑1 TTACTGATCCAAACTACCAACAATAATGTTAATATAACTATGATGCAAGTTAAAAAATAAAACGGTAAACTCTATAATATGAATTAGGGTTTACCGTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2489829‑2489730‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtttaccgttttATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGTAACCATTGCTTGTCCAGTATAATCAACCGTTA > USA300TCH1516_ALE/2489772‑2489859 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |