| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2489730 = | 134 (1.360) | 13 (0.160) | 9/136 | NT | 11.9% | intergenic (+79/+74) | tarF_2/USA300HOU_RS12815 | Teichoic acid glycerol‑phosphate transferase/putative lipoprotein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2489772 = | 78 (0.930) | intergenic (+121/+32) | tarF_2/USA300HOU_RS12815 | Teichoic acid glycerol‑phosphate transferase/putative lipoprotein | |||||
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
TCTAATCAATAGTGTTTAAATTTCTCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTG > USA300TCH1516_ALE/2489640‑2489820 | tCTAATCAATAGTGTTTAAATTTCTCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCaaa > 1:566680/1‑91 (MQ=255) taacggttgattatactggacaagcaatggttactgatccaaactaccaacaataatgttaatataactatgatgcaagttaaaaaataaa < 1:444832‑M1/3‑1 (MQ=255) tAATCAATAGTGTTTAAATTTCTCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCaaaaa > 1:39985/1‑91 (MQ=255) aaTCAATAGTGTTTAAATTTCTCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCaaaaaa < 1:1267731/91‑1 (MQ=255) aaTCAATAGTGTTTAAATTTCTCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCaaaaaa < 1:2439018/91‑1 (MQ=255) acggttgattatactggacaagcaatggttactgatccaaactaccaacaataatgttaatataactatgatgcaagttaaaaaatAAAAc < 1:4143546‑M1/5‑1 (MQ=255) acggttgattatactggacaagcaatggttactgatccaaactaccaacaataatgttaatataactatgatgcaagttaaaaaatAAAAc > 1:736069‑M1/87‑91 (MQ=255) aTCAATAGTGTTTAAATTTCTCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAAc > 1:656541/1‑91 (MQ=255) ttgattatactggacaagcaatggttactgatccaaactaccaacaataatgttaatataactatgatgcaagttaaaaaatAAAACGGTa > 1:1429534‑M1/83‑91 (MQ=255) aTAGTGTTTAAATTTCTCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTa < 1:1506367/91‑1 (MQ=255) aGTGTTTAAATTTCTCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATATAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTaaa < 1:902861/91‑1 (MQ=255) gtgtTTAAATTTCTCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAAc > 1:3251473/1‑91 (MQ=255) gtgtTTAAATTTCTCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAAc > 1:3251999/1‑91 (MQ=255) attatactggacaagcaatggttactgatccaaactaccaacaataatgttaatataactatgatgcaagttaaaaaatAAAACGGTAAAc < 1:2889568‑M1/12‑1 (MQ=255) 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aaaTTTCTCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAAt > 1:1899779/1‑91 (MQ=255) aaTTTCTCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAAtt < 1:2796511/91‑1 (MQ=255) aaTTTCTCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAAtt < 1:3089696/91‑1 (MQ=255) aaTTTCTCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAAtt < 1:3089907/91‑1 (MQ=255) aaTTTCTCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAAtt < 1:2595602/91‑1 (MQ=255) aaTTTCTCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAAtt < 1:127696/91‑1 (MQ=255) aaTTTCTCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAAtt < 1:127545/91‑1 (MQ=255) ttCTCAGTGGCTGTGAATGAGGTTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCat < 1:733405/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |