New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2489730 = | 134 (1.360) | 13 (0.160) | 9/136 | NT | 11.9% | intergenic (+79/+74) | tarF_2/USA300HOU_RS12815 | Teichoic acid glycerol‑phosphate transferase/putative lipoprotein |
? | USA300TCH1516_ALE | 2489772 = | 78 (0.930) | intergenic (+121/+32) | tarF_2/USA300HOU_RS12815 | Teichoic acid glycerol‑phosphate transferase/putative lipoprotein |
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
TTTAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTTATATTAACATTATTGTTGGTAGTTTGGATCAGTAACCATTGCTTGTCCAGTATAATCAACCGTTA > USA300TCH1516_ALE/2489683‑2489859 | tttAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTAt < 1:2219989/91‑1 (MQ=255) ttAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTAtt < 1:3134771/91‑1 (MQ=255) tAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTAttt > 1:2191312/1‑91 (MQ=255) tAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTAttt > 1:1422759/1‑91 (MQ=255) tAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTAttt > 1:1601047/1‑91 (MQ=255) tAAAAGTACTATAAAACGTAAACTTCGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTAttt < 1:3865694/91‑1 (MQ=255) 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cGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATa > 1:3042756/1‑91 (MQ=255) cGTAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATa > 1:3042709/1‑91 (MQ=255) tAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGt < 1:1885479/91‑1 (MQ=255) tAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGt > 1:1205617/1‑91 (MQ=255) tAAACTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGt < 1:507513/91‑1 (MQ=255) aCTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTtat > 1:785804/1‑91 (MQ=255) cTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTtata < 1:1608434/91‑1 (MQ=255) cTTTGATACTTTAAAATACGCAAAAAACGGTAAACCCTAATTCATATTATAGAGTTTACCGTTTTATTTTTTAACTTGCATCATAGTtata > 1:4023244/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |