| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2569653 = | 103 (1.050) | 5 (0.060) | 5/142 | NT | 6.1% | intergenic (+5/+87) | pbpX_2/USA300HOU_RS13235 | Putative penicillin‑binding protein PbpX/UDP‑glucose 4‑epimerase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2569712 = | 63 (0.720) | intergenic (+64/+28) | pbpX_2/USA300HOU_RS13235 | Putative penicillin‑binding protein PbpX/UDP‑glucose 4‑epimerase | |||||
CCAATTAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACAAGTCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2569751‑2569653‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caagtctttATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCATGCCATCTTTCCAAGTTTGATAAATCAGAGTACCACCTTGCGCT > USA300TCH1516_ALE/2569712‑2569800 CCAATTAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAAC < 1:2668068/91‑1CCAATTAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAAC < 1:4108859/91‑1CCAATTAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAAC < 1:2091626/91‑1 CAATTAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACA < 1:1076945/91‑1 CAATTAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACA > 1:2985457/1‑91 CAATTAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACA > 1:4022269/1‑91 CAATTAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACA < 1:2183295/91‑1 AATTAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACAA < 1:3246130/91‑1 AATTAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACAA < 1:1272212/91‑1 AATTAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACAA < 1:1272476/91‑1 ATTAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACAAG < 1:1662936/91‑1 ATTAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACAAG < 1:1680001/91‑1 ATTAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACAAG < 1:1662921/91‑1 TAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAGGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACAAGTC < 1:2664870/91‑1 TAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACAAGTC < 1:54714/91‑1 TAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACAAGTC < 1:54703/91‑1 TAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACAAGTC < 1:2530532/91‑1 TAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACAAGTC < 1:3030944/91‑1 AATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACAAGTCTT > 1:1416398/1‑91 AATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACAAGTCTT < 1:198247/91‑1 AATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACAAGTCTT < 1:679586/91‑1 ATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAGAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACAAGTCTTT < 1:3683349/91‑1 AGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTT > 1:1565687/1‑91 GACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTA > 1:2188930/1‑91 ACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAA > 1:1239867/1‑91 GGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGG > 1:2731577/1‑91 ATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCAT > 1:346927/1‑91 CAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCATGCCATCTTTCCAAGTTTGATAAATCAGAGTACCACC < 1:2411792/91‑1 GTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCATGCCATCTTTCCAAGTTTGATAAATCAGAGTACCACCTTG < 1:2893920/91‑1 GTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCATGCCATCTTTCCAAGTTTGATAAATCAGAGTACCACCTTG < 1:2549078/91‑1 GTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCATGCCATCTTTCCAAGTTTGATAAATCAGAGTACCACCTTG < 1:4057894/91‑1 TCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCATGCCATCTTTCCAAGTTTGATAAATCAGAGTACCACCTTGC < 1:2173744/91‑1 TCTCTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCATGCCATCTTTCCAAGTTTGATAAATCAGAGTACCACCTTGC < 1:3206095/91‑1 TTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCATGCCATCTTTCCAAGTTTGATAAATCAGAGTACCACCTTGCGC < 1:3100682/91‑1 TTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCATGCCATCTTTCCAAGTTTGATAAATCAGAGTACCACCTTGCGC < 1:1997109/91‑1 TTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCATGCCATCTTTCCAAGTTTGATAAATCAGAGAACCACCTTGCGC < 1:3177360/91‑1 TTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCATGCCATCTTTCCAAGTTTGATAAATCAGAGTACCACCTTGCGCT > 1:1270516/1‑91 CCAATTAAATAATAATTTATCCGTTTAATATACAAAGAATAAAGACTTGGTCGAATCGTGGATGATATATTATCAAACGCACGGCTCGAACAAGTCTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2569751‑2569653‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caagtctttATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCATGCCATCTTTCCAAGTTTGATAAATCAGAGTACCACCTTGCGCT > USA300TCH1516_ALE/2569712‑2569800 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |