| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2569653 = | 103 (1.050) | 5 (0.060) | 5/142 | NT | 6.1% | intergenic (+5/+87) | pbpX_2/USA300HOU_RS13235 | Putative penicillin‑binding protein PbpX/UDP‑glucose 4‑epimerase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2569712 = | 63 (0.720) | intergenic (+64/+28) | pbpX_2/USA300HOU_RS13235 | Putative penicillin‑binding protein PbpX/UDP‑glucose 4‑epimerase | |||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
TAGCACTAATCACAACATTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTAT > USA300TCH1516_ALE/2569563‑2569743 | aGCACTAATCACAACATTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATaaaaa < 1:1837505/91‑1 (MQ=255) gcgcaaggtggttctctgatttatcaaacttggaaagatggcatgaatccaattaaataataatttatccgtttaatatacaaagaataaa < 1:3177360‑M1/3‑1 (MQ=255) gcgcaaggtggtactctgatttatcaaacttggaaagatggcatgaatccaattaaataataatttatccgtttaatatacaaagaataaa < 1:3100682‑M1/3‑1 (MQ=255) gCACTAATCACAACATTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATaaaaaa < 1:3649199/91‑1 (MQ=255) cACTAATCACAACATTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAg > 1:679989/1‑91 (MQ=255) gcaaggtggtactctgatttatcaaacttggaaagatggcatgaatccaattaaataataatttatccgtttaatatacaaagaatAgaga < 1:3206095‑M1/5‑1 (MQ=255) gcaaggtggtactctgatttatcaaacttggaaagatggcatgaatccaattaaataataatttatccgtttaatatacaaagaatAAAGa < 1:2173744‑M1/5‑1 (MQ=255) caaggtggtactctgatttatcaaacttggaaagatggcatgaatccaattaaataataatttatccgtttaatatacaaagaatAAAGAc < 1:4057894‑M1/6‑1 (MQ=255) caaggtggtactctgatttatcaaacttggaaagatggcatgaatccaattaaataataatttatccgtttaatatacaaagaatAAAGAc < 1:2549078‑M1/6‑1 (MQ=255) tAATCACAACATTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACt > 1:1229718/1‑91 (MQ=255) ggtggtactctgatttatcaaacttggaaagatggcatgaatccaattaaataataatttatccgtttaatatacaaagaatAAAGACTTg < 1:2411792‑M1/9‑1 (MQ=255) tCACAACATTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGt > 1:1930820/1‑91 (MQ=255) acaacaTTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTc > 1:1245346/1‑91 (MQ=255) acaTTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAg < 1:596219/91‑1 (MQ=255) caTTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGc < 1:3200061/91‑1 (MQ=255) caTTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGc > 1:314234/1‑91 (MQ=255) caTTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGc > 1:984034/1‑91 (MQ=255) caTTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGc < 1:3038109/91‑1 (MQ=255) caTTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAACACTTGTTCGAGc < 1:3199284/91‑1 (MQ=255) ttAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCg > 1:2346203/1‑91 (MQ=255) ttAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCg > 1:344419/1‑91 (MQ=255) ttAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCg > 1:342020/1‑91 (MQ=255) ttAATTGCATTACTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCg > 1:3183247/1‑91 (MQ=255) aTTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGc < 1:3632486/91‑1 (MQ=255) ttGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCg < 1:1951523/91‑1 (MQ=255) ttGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCg < 1:1951607/91‑1 (MQ=255) ttGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCg > 1:3987313/1‑91 (MQ=255) ttGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCAAGCCGTGCg > 1:3722586/1‑91 (MQ=255) tGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGt < 1:392816/91‑1 (MQ=255) gCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGtt > 1:1231696/1‑91 (MQ=255) ttattCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGa < 1:2890013/91‑1 (MQ=255) ttattCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGa > 1:1225680/1‑91 (MQ=255) ttCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGataa < 1:3201878/91‑1 (MQ=255) ttCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGataa > 1:216119/1‑91 (MQ=255) tCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGataat > 1:1804520/1‑91 (MQ=255) cAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGataata > 1:3099963/1‑91 (MQ=255) cAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGataata > 1:3974887/1‑91 (MQ=255) cAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGataata > 1:3971718/1‑91 (MQ=255) aGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAatat < 1:1541055/91‑1 (MQ=255) aGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAatat > 1:1867254/1‑91 (MQ=255) aGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAatat < 1:2949292/91‑1 (MQ=255) gTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAatata > 1:2410896/1‑91 (MQ=255) gTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAatata > 1:472995/1‑91 (MQ=255) gTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAatata > 1:2805857/1‑91 (MQ=255) aCATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATatc < 1:1671609/91‑1 (MQ=255) cATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATatca < 1:854748/91‑1 (MQ=255) ttGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACg > 1:2619344/1‑91 (MQ=255) atgaatccaattaaataataatttatccgtttaatatacaaagaatAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGAt > 1:346927‑M1/47‑91 (MQ=255) aTTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCg < 1:2033843/91‑1 (MQ=255) aTTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCg > 1:393487/1‑91 (MQ=255) aTTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCg > 1:393463/1‑91 (MQ=255) ttCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGa > 1:423218/1‑91 (MQ=255) tCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGAc > 1:3788797/1‑91 (MQ=255) ccaattaaataataatttatccgtttaatatacaaagaatAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGAcc > 1:2731577‑M1/41‑91 (MQ=255) 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tATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGt > 1:955399/1‑91 (MQ=255) taaataataatttatccgtttaatatacaaagaatAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTc > 1:2188930‑M1/36‑91 (MQ=255) aTTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTc < 1:1873222/91‑1 (MQ=255) aTTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTc < 1:2369875/91‑1 (MQ=255) ttCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCt < 1:3611671/91‑1 (MQ=255) ttCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCt < 1:191445/91‑1 (MQ=255) ttCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCt < 1:2060396/91‑1 (MQ=255) ttCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCt < 1:1321609/91‑1 (MQ=255) ttCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCt < 1:1321547/91‑1 (MQ=255) aaataataatttatccgtttaatatacaaagaatAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCt > 1:1565687‑M1/35‑91 (MQ=255) ccTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCttt > 1:4033152/1‑91 (MQ=255) aataTACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTAt < 1:3563569/88‑1 (MQ=255) tCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTAtt > 1:2438296/1‑91 (MQ=255) cATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTc < 1:2361851/91‑1 (MQ=255) cATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTc < 1:2361645/91‑1 (MQ=255) cATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTc > 1:1491176/1‑91 (MQ=255) 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taataaAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATaaa < 1:2468161/91‑1 (MQ=255) ataaAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAatt < 1:806926/91‑1 (MQ=255) ataaAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAatt > 1:1422515/1‑91 (MQ=255) ataaAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAatt > 1:968346/1‑91 (MQ=255) ataaAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAatt < 1:1038304/91‑1 (MQ=255) taaAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAatta < 1:2838154/91‑1 (MQ=255) | TAGCACTAATCACAACATTAATTGCATTATTCAGTACATTAATTGTAATTCTGTTATTCCTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTAT > USA300TCH1516_ALE/2569563‑2569743 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |