New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2569653 = | 103 (1.050) | 5 (0.060) | 5/142 | NT | 6.1% | intergenic (+5/+87) | pbpX_2/USA300HOU_RS13235 | Putative penicillin‑binding protein PbpX/UDP‑glucose 4‑epimerase |
? | USA300TCH1516_ALE | 2569712 = | 63 (0.720) | intergenic (+64/+28) | pbpX_2/USA300HOU_RS13235 | Putative penicillin‑binding protein PbpX/UDP‑glucose 4‑epimerase |
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
CTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCATGCCATCTTTCCAAGTTTGATAAATCAGAGTACCACCTTGCGCT > USA300TCH1516_ALE/2569622‑2569800 | cTTCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTa < 1:311405/91‑1 (MQ=255) aataTACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTAt < 1:3563569/88‑1 (MQ=255) tCATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTAtt > 1:2438296/1‑91 (MQ=255) cATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTc > 1:1491176/1‑91 (MQ=255) cATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTc < 1:2361851/91‑1 (MQ=255) cATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTc > 1:45287/1‑91 (MQ=255) cATACAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTc < 1:2361645/91‑1 (MQ=255) cAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTg < 1:415646/91‑1 (MQ=255) cAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTg < 1:3109250/91‑1 (MQ=255) cAAAGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTg < 1:3035127/91‑1 (MQ=255) aaaGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGt < 1:2945415/91‑1 (MQ=255) aGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCGAGTCTTTATTCTTTGtat > 1:1371804/1‑91 (MQ=255) aGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGtat > 1:3755268/1‑91 (MQ=255) aGATAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGtat > 1:499464/1‑91 (MQ=255) aTAACGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTatat < 1:1721307/91‑1 (MQ=255) aCGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTaa < 1:1079010/91‑1 (MQ=255) aCGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTaa > 1:2243389/1‑91 (MQ=255) aCGAAGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTGGTATATTaa > 1:2241155/1‑91 (MQ=255) aGACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACgg > 1:1553814/1‑91 (MQ=255) gACATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGa > 1:2579867/1‑91 (MQ=255) cATAATAAAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATa > 1:351745/1‑91 (MQ=255) taataaAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATaaa < 1:2468161/91‑1 (MQ=255) taataaAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATaaa < 1:2467374/91‑1 (MQ=255) aataaAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAat > 1:3844573/1‑91 (MQ=255) ataaAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAatt < 1:1038304/91‑1 (MQ=255) ataaAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAatt > 1:1422515/1‑91 (MQ=255) ataaAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAatt < 1:806926/91‑1 (MQ=255) ataaAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAatt > 1:968346/1‑91 (MQ=255) taaAAAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAatta < 1:2838154/91‑1 (MQ=255) aaaaaaGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAattat < 1:79202/91‑1 (MQ=255) AAAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTCTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAattattat < 1:3683349‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAattattatt > 1:1416398‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAattattatt < 1:198247‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAattattatt < 1:679586‑M1/91‑1 (MQ=255) agacttggtcgaatcgtggatgatatattatcaaacgcacggctcgaacaagtctttATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTAttt > 1:1565687‑M2/58‑91 (MQ=255) gacttggtcgaatcgtggatgatatattatcaaacgcacggctcgaacaagtctttATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTa > 1:2188930‑M2/57‑91 (MQ=255) GACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTa < 1:2530532‑M1/91‑1 (MQ=255) GACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTa < 1:3030944‑M1/91‑1 (MQ=255) GACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTa < 1:54703‑M1/91‑1 (MQ=255) GACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTa < 1:54714‑M1/91‑1 (MQ=255) GACTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCCTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTa < 1:2664870‑M1/91‑1 (MQ=255) CTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAAt < 1:1662936‑M1/91‑1 (MQ=255) CTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAAt < 1:1680001‑M1/91‑1 (MQ=255) CTTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAAt < 1:1662921‑M1/91‑1 (MQ=255) TTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAAtt < 1:3246130‑M1/91‑1 (MQ=255) TTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAAtt < 1:1272212‑M1/91‑1 (MQ=255) TTGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAAtt < 1:1272476‑M1/91‑1 (MQ=255) TGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTg > 1:4022269‑M1/1‑91 (MQ=255) TGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTg > 1:2985457‑M1/1‑91 (MQ=255) TGTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTg < 1:1076945‑M1/91‑1 (MQ=255) ggtcgaatcgtggatgatatattatcaaacgcacggctcgaacaagtctttATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTgg > 1:2731577‑M2/52‑91 (MQ=255) GTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTgg < 1:4108859‑M1/91‑1 (MQ=255) GTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTgg < 1:2668068‑M1/91‑1 (MQ=255) GTTCGAGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTgg < 1:2091626‑M1/91‑1 (MQ=255) aGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCa > 1:4055948/1‑91 (MQ=255) aGCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCa > 1:4055990/1‑91 (MQ=255) gCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCAt < 1:3986447/91‑1 (MQ=255) gCCGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCAt < 1:3047244/91‑1 (MQ=255) atcgtggatgatatattatcaaacgcacggctcgaacaagtctttATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCAt > 1:346927‑M2/46‑91 (MQ=255) ccGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCATg > 1:3373138/1‑91 (MQ=255) ccGTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCATg < 1:2111495/91‑1 (MQ=255) gTGCGTTTGATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCATGcc > 1:2753496/1‑91 (MQ=255) 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gATAATATATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCATGCCATCTTTcc < 1:1428206/91‑1 (MQ=255) aataTATCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCATGCCATCTTTCCAAg > 1:2931843/1‑91 (MQ=255) atatatCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCATGCCATCTTTCCAAGt < 1:2853270/91‑1 (MQ=255) atatCATCCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCATGCCATCTTTCCAAGttt < 1:1182740/91‑1 (MQ=255) atcatcCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCATGCCATCTTTCCAAGTTTGa < 1:3246997/91‑1 (MQ=255) atcatcCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCATGCCATCTTTCCAAGTTTGa < 1:162569/91‑1 (MQ=255) tcatcCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCATGCCATCTTTCCAAGTTTGAt > 1:1257560/1‑91 (MQ=255) tcatcCACGATTCGACCAAGTCTTTATTCTTTGTATATTAAACGGATAAATTATTATTTAATTGGATTCATGCCATCTTTCCAAGTTTGAt > 1:2346400/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |