| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2588442 | 128 (1.300) | 13 (0.150) | 7/142 | NT | 11.2% | intergenic (+25/+143) | yehR/gltB_2 | putative lipoprotein YehR/Glutamate synthase [NADPH] large chain |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2588473 | 92 (1.050) | intergenic (+56/+112) | yehR/gltB_2 | putative lipoprotein YehR/Glutamate synthase [NADPH] large chain | |||||
TTAGTTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2588344‑2588442‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gccctcagaATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGCATTTTTAAGTTATAAACTATTTGTCGTCCATTTTATCTTTTTCTTTTAAA < USA300TCH1516_ALE/2588473‑2588384 TTAGTTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATG < 1:1237641/91‑1TTAGTTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATG > 1:3242990/1‑91TTAGTTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATG > 1:3242780/1‑91 TAGTTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGC < 1:1821070/91‑1 AGTTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCC < 1:421110/91‑1 AGTTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCC < 1:436206/91‑1 GTTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCC > 1:3994214/1‑91 GTTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCC > 1:3994195/1‑91 TTTTGGAAAACTTGAAAAGCAATTATAGCACAGAGGTTTGAAAGAAAAAGATAGAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCT < 1:3852212/91‑1 TTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCT > 1:343574/1‑91 TTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTC > 1:3244817/1‑91 GAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGA > 1:2677156/1‑91 AGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCT < 1:509526/91‑1 AGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCT < 1:509461/91‑1 AGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCT < 1:510565/91‑1 AGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCT < 1:1882390/91‑1 GTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTA < 1:1811087/91‑1 AAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTG < 1:1599610/91‑1 AAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGA < 1:4118766/91‑1 AAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAG‑ATAAG‑ACTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGG < 1:1925186/91‑1 AGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGG < 1:2133171/91‑1 GAAAAAGATAAAATGGACGACAAATTGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGG < 1:1169773/91‑1 GAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGG < 1:245518/91‑1 GAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGG < 1:1169087/91‑1 AAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGC < 1:3060518/91‑1 GCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGGGGGCATTTTTAAGTTATAAACTATTTGTCGTCCATTTTATCTTTTT < 1:3293023/91‑1 GCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGGGGGCATTTTTAAGTTATAAACTATTTGTCGTCCATTTTATCTTTTT < 1:3293132/91‑1 GCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGGGGGCATTTTTAAGTTATAAACTATTTGTCGTCCATTTTATCTTTTT < 1:3293144/91‑1 GCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGGGGGCATTTTTAAGTTATAAACTATTTGTCGTCCATTTTATCTTTTT < 1:3293351/91‑1 GCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGCATTTTTAAGTTATAAACTATTTGTCGTCCATTTTATCTTTTT > 1:748251/1‑91 GCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGCATTTTTAAGTTATAAACTATTTGTCGTCCATTTTATCTTTTT < 1:291653/91‑1 GCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGCATTTTTAAGTTATAAACTATTTGTCGTCCATTTTATCTTTTT > 1:748570/1‑91 GCCCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGCATTTTTAAGTTATAAACTATTTGTCGTCCATTTTATCTTTTT > 1:1478138/1‑91 CCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGCATTTTTAAGTTATAAACTATTTGTCGTCCATTTTATCTTTTTCT > 1:878656/1‑91 CCTCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGCATTTTTAAGTTATAAACTATTTGTCGTCCATTTTATCTTTTTCT > 1:1212484/1‑91 TCAGCATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGCATTTTTAAGTTATAAACTATTTGTCGTCCATTTTATCTTTTTCTTT < 1:3461269/91‑1 TCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGCATTTTTAAGTTATAAACTATTTGTCGTCCATTTTATCTTTTTCTTT < 1:470164/91‑1 TCAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGCATTTTTAAGTTATAAACTATTTGTCGTCCATTTTATCTTTTTCTTT > 1:2998935/1‑91 CAGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGCATTTTTAAGTTATAAACTATTTGTCGTCCATTTTATCTTTTTCTTTT < 1:3017010/91‑1 AGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTCTCTCAGGGCATTCTTAAGTTATAAAGTATTTGTCGTCCATTTTATCTTTTTCTTTTA > 1:3315756/1‑91 AGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGCATTTTTAAGTTATAAACTATTTGTCGTCCATTTTATCTTTTTCTTTTA > 1:3935098/1‑91 AGAATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGCATTTTTAAGTTATAAACTATTTGTCGTCCATTTTATCTTTTTCTTTTA < 1:249389/91‑1 AATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGCATTTTTAAGTNATAAACTATTTGTCGTCCATTTTATCTTTTTCTTTTAAA > 1:3264217/1‑91 TTAGTTTTGAAAAACTTGAAAAGCAATTAAAGCACAGAGGTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2588344‑2588442‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gccctcagaATATGAATTAAGGTTTGTAACCTTAGTCTTATCTGAGGGCATTTTTAAGTTATAAACTATTTGTCGTCCATTTTATCTTTTTCTTTTAAA < USA300TCH1516_ALE/2588473‑2588384 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |