| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2588442 | 128 (1.300) | 13 (0.150) | 7/142 | NT | 11.2% | intergenic (+25/+143) | yehR/gltB_2 | putative lipoprotein YehR/Glutamate synthase [NADPH] large chain |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2588473 | 92 (1.050) | intergenic (+56/+112) | yehR/gltB_2 | putative lipoprotein YehR/Glutamate synthase [NADPH] large chain | |||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
GTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTT > USA300TCH1516_ALE/2588383‑2588563 | gTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCatat > 1:2565522/1‑91 (MQ=255) tAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATtct > 1:3935098‑M2/1‑88 (MQ=255) tAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATACTTTATAACTTAAGAATGCCCTGAGAGAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATtct > 1:3315756‑M2/1‑88 (MQ=255) aaagaaaaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATtctga > 1:2998935‑M2/1‑86 (MQ=255) aaagaaaaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATtctga < 1:470164‑M2/91‑6 (MQ=255) aaagaaaaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATgctga < 1:3461269‑M2/91‑6 (MQ=255) agaaaaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATtctgagg > 1:878656‑M2/1‑84 (MQ=255) agaaaaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATtctgagg > 1:1212484‑M2/1‑84 (MQ=255) aaaaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATtctgagggc < 1:291653‑M2/91‑10 (MQ=255) aaaaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATtctgagggc > 1:748570‑M2/1‑82 (MQ=255) aaaaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATtctgagggc > 1:1478138‑M2/1‑82 (MQ=255) aaaaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCCCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATtctgagggc < 1:3293351‑M2/91‑10 (MQ=255) aaaaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCCCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATtctgagggc < 1:3293023‑M2/91‑10 (MQ=255) aaaaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCCCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATtctgagggc < 1:3293132‑M2/91‑10 (MQ=255) aaaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCt < 1:619053/91‑1 (MQ=255) aaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCtt > 1:354950/1‑91 (MQ=255) aaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCtt < 1:556510/91‑1 (MQ=255) aaagaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCtt > 1:355016/1‑91 (MQ=255) aaagaTAAAATGGACGACAAATAGCGTATAACTAAGAAGTGCCCTCAGCTAAGACTAAGGTTACATACCTTAATTCATATTCTGAGGGCtt < 1:1871836/91‑1 (MQ=255) gaTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTaa < 1:2748917/91‑1 (MQ=255) aTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAat > 1:3043217/1‑91 (MQ=255) aTAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAat > 1:3044160/1‑91 (MQ=255) aaaTGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATAtt < 1:2802988/91‑1 (MQ=255) tGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGa < 1:1776838/91‑1 (MQ=255) tGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGa < 1:2918739/91‑1 (MQ=255) tGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGa < 1:3993874/91‑1 (MQ=255) gacgacAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAg < 1:3019574/91‑1 (MQ=255) gacgacAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAg < 1:1840714/91‑1 (MQ=255) acgacAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGt > 1:2138395/1‑91 (MQ=255) acgacAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGt < 1:4059271/91‑1 (MQ=255) cgacAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGtt < 1:3647525/91‑1 (MQ=255) cgacAAATAGTTTATAACTTAAAAACGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGtt < 1:3866829/91‑1 (MQ=255) gacAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTc > 1:1068193/1‑91 (MQ=255) gacAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTc < 1:2715566/91‑1 (MQ=255) gacAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTc < 1:253053/91‑1 (MQ=255) cAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCtt < 1:2097094/91‑1 (MQ=255) cAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCtt > 1:495752/1‑91 (MQ=255) aaTAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTtgt < 1:1300875/91‑1 (MQ=255) aaTAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTtgt < 1:1216529/91‑1 (MQ=255) aGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTtgtgtg > 1:3370519/1‑91 (MQ=255) aGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTtgtgtg < 1:3374374/91‑1 (MQ=255) aGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTtgtgtg > 1:3877688/1‑91 (MQ=255) ttATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGAcc < 1:2600290/91‑1 (MQ=255) ttATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGAcc < 1:1200821/91‑1 (MQ=255) taACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTGATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGc < 1:4145452/91‑1 (MQ=255) taACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGc < 1:2129310/91‑1 (MQ=255) aaCTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCa > 1:755351/1‑91 (MQ=255) aaCTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCa < 1:2741195/91‑1 (MQ=255) aaCTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCa < 1:2738146/91‑1 (MQ=255) aaCTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCa < 1:1008731/91‑1 (MQ=255) aaCTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCa > 1:2063933/1‑91 (MQ=255) cTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATc < 1:598401/91‑1 (MQ=255) cTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATc < 1:598482/91‑1 (MQ=255) tAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCa > 1:2035410/1‑91 (MQ=255) aaaaaTGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCac < 1:1079760/91‑1 (MQ=255) aaTGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCactac < 1:2901733/91‑1 (MQ=255) tGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCActacta < 1:961995/91‑1 (MQ=255) cccTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAGT‑CTTATctgagggcatttttaagttataaactatttgtcgtccattttatctttttctt < 1:1925186‑M2/91‑54 (MQ=255) cccTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATtctgagggcatttttaagttataaactatttgtcgtccattttatctttttc < 1:245518‑M2/91‑53 (MQ=255) cccTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATtctgagggcatttttaagttataaactatttgtcgtccattttatctttttc < 1:1169087‑M2/91‑53 (MQ=255) cccTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAat > 1:677843/1‑91 (MQ=255) cccTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAat > 1:3718521/1‑91 (MQ=255) tCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATtctgagggcatttttaagttataaactatttgtcgtccattttatctttttcttt < 1:4118766‑M2/91‑56 (MQ=255) cAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATtctgagggcatttttaagttataaactatttgtcgtccattttatctttttctttt < 1:1599610‑M2/91‑57 (MQ=255) cAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATaa < 1:3955297/91‑1 (MQ=255) cAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATaa < 1:2886401/91‑1 (MQ=255) cAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATaa < 1:2581392/91‑1 (MQ=255) cAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATaa < 1:2950671/91‑1 (MQ=255) aGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATaaa < 1:864893/91‑1 (MQ=255) aGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATaaa < 1:3805652/91‑1 (MQ=255) aGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATaaa < 1:3670521/91‑1 (MQ=255) gATGAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATaaaa < 1:3217007/91‑1 (MQ=255) tAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATtctgagggcatttttaagttataaactatttgtcgtccattttatctttttcttttaaac < 1:1811087‑M2/91‑61 (MQ=255) tAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAatt < 1:2251100/91‑1 (MQ=255) aaGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATAGTTGAAGTTCTTGTGTGACCGGCATCCACTACTAATATAAAatta > 1:1392941/1‑91 (MQ=255) aGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATtctgagggcatttttaagttataaactatttgtcgtccattttatctttttcttttaaacct < 1:509526‑M2/91‑63 (MQ=255) aGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATtctgagggcatttttaagttataaactatttgtcgtccattttatctttttcttttaaacct < 1:510565‑M2/91‑63 (MQ=255) aGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATtctgagggcatttttaagttataaactatttgtcgtccattttatctttttcttttaaacct < 1:1882390‑M2/91‑63 (MQ=255) 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atatTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCgctgc > 1:1846665/1‑91 (MQ=255) atTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCtt < 1:4054995/91‑1 (MQ=255) atTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCtt < 1:30798/91‑1 (MQ=255) ttCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCttt < 1:3911901/91‑1 (MQ=255) ttCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCttt < 1:3911834/91‑1 (MQ=255) ttCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCttt < 1:35635/91‑1 (MQ=255) | GTTTAAAAGAAAAAGATAAAATGGACGACAAATAGTTTATAACTTAAAAATGCCCTCAGATAAGACTAAGGTTACAAACCTTAATTCATATTCTGAGGGCTTTAATATTTGAAGTTCTTGTGTGACCAGCATCCACTACTAATATAAAATTATTTGCAGTAACGCTAAAATCCGCTGCTTT > USA300TCH1516_ALE/2588383‑2588563 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |