| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2665481 = | 76 (0.770) | 7 (0.080) | 6/138 | NT | 10.1% | intergenic (‑108/+71) | USA300TCH1516_02535/sdhA | hypothetical protein/L‑serine dehydratase, alpha chain |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2665525 = | 59 (0.700) | intergenic (‑152/+27) | USA300TCH1516_02535/sdhA | hypothetical protein/L‑serine dehydratase, alpha chain | |||||
ACAGCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2665581‑2665481‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agatgcttcttTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCCAG > USA300TCH1516_ALE/2665525‑2665613 ACAGCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATA > 1:485960/1‑91ACAGCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATA > 1:3041100/1‑91 CAGCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAG < 1:107245/91‑1 CAGCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAG < 1:107282/91‑1 CAGCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAG < 1:3581772/91‑1 CAGCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAG < 1:3125839/91‑1 GCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGAT < 1:2413501/91‑1 CTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATG < 1:4008465/91‑1 CTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATG > 1:1250226/1‑91 TGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGC < 1:311121/91‑1 TGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGC < 1:239473/91‑1 AGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTC > 1:331253/1‑91 AGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTC > 1:2130703/1‑91 GATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCT < 1:604202/91‑1 GATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCT > 1:2312419/1‑91 ATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTT < 1:1192991/91‑1 ATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAACATTTTATTG > 1:3966179/1‑91 GATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTA > 1:2334035/1‑91 AAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTT > 1:1012912/1‑91 CATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAG > 1:1862061/1‑91 CATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAG > 1:766861/1‑91 TGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGT > 1:1160791/1‑91 TGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCA > 1:3250721/1‑91 AGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTGTTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTG < 1:3290145/91‑1 GATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGC > 1:4701/1‑91 GATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGC > 1:3674289/1‑91 ATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCT < 1:2412150/91‑1 TGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTT > 1:2873275/1‑91 TGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTT > 1:1221981/1‑91 GCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTC < 1:2344874/91‑1 CTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTACCCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCG < 1:186846/91‑1 CTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCG > 1:2187748/1‑91 CTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCG > 1:3204388/1‑91 TCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCC < 1:1523703/91‑1 TCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCC > 1:526649/1‑91 TCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCC < 1:3096939/91‑1 CTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCCA < 1:1359244/91‑1 TTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCCAG < 1:2102736/91‑1 TTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCCAG < 1:2102735/91‑1 TTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCCAG < 1:2102046/91‑1 TTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCCAG < 1:902228/91‑1 TTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCCAG < 1:902258/91‑1 TTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCCAG < 1:902283/91‑1 ACAGCTGAAGATATGGTTAAAAATAATTAATGAGATAACAATAAAATATTGATAAAAAAGAAGCATCTGTCTGGATCATTAGTACCAGATAGATGCTTCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2665581‑2665481‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agatgcttcttTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCCAG > USA300TCH1516_ALE/2665525‑2665613 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |