New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2665481 = | 76 (0.770) | 7 (0.080) | 6/138 | NT | 10.1% | intergenic (‑108/+71) | USA300TCH1516_02535/sdhA | hypothetical protein/L‑serine dehydratase, alpha chain |
? | USA300TCH1516_ALE | 2665525 = | 59 (0.700) | intergenic (‑152/+27) | USA300TCH1516_02535/sdhA | hypothetical protein/L‑serine dehydratase, alpha chain |
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
TAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCTGTGCCAAAGATTTTACGTTTAATTGCTTCGCCAGTT > USA300TCH1516_ALE/2665436‑2665615 | tAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCtttt > 1:2170331/1‑91 (MQ=255) tAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCtttt > 1:2170438/1‑91 (MQ=255) tAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCtttt > 1:307449/1‑91 (MQ=255) tATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTa < 1:2925174/91‑1 (MQ=255) taaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATc > 1:2334035‑M1/41‑91 (MQ=255) gCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCa > 1:1726679/1‑91 (MQ=255) gCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCa < 1:1340988/91‑1 (MQ=255) cATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGTTCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCaa < 1:775751/91‑1 (MQ=255) cATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCaa < 1:1709351/91‑1 (MQ=255) tttCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAatat > 1:2056762/1‑91 (MQ=255) ttCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATAtt > 1:1354363/1‑91 (MQ=255) ttCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATAtt > 1:1355215/1‑91 (MQ=255) ttCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATAtt < 1:4117367/91‑1 (MQ=255) atgagataacaataaaatattgataaaaaagaagcatctgtctggatcattagtaccagatagatgcttcttTTTTATCAACATTTTATTg > 1:3966179‑M2/73‑91 (MQ=255) 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aCTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCatt < 1:1269625/91‑1 (MQ=255) tcttcAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCattaat > 1:1020394/1‑91 (MQ=255) cttcAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCattaatt > 1:4041642/1‑91 (MQ=255) cttcAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCattaatt > 1:4041286/1‑91 (MQ=255) cttcAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCattaatt < 1:3676763/91‑1 (MQ=255) cttcAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCattaatt < 1:534342/91‑1 (MQ=255) ttcAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCattaatta < 1:1023836/91‑1 (MQ=255) cAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAattatt > 1:668474/1‑91 (MQ=255) cAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAattatt > 1:667610/1‑91 (MQ=255) gagaTAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTAtttt > 1:1490609/1‑91 (MQ=255) agaTAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTAttttt < 1:1541369/91‑1 (MQ=255) gataaaaaagaagcatctgtctggatcattagtaccagatagatgcttcttTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTa > 1:2334035‑M2/52‑91 (MQ=255) aaTTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAAcc < 1:3051454/91‑1 (MQ=255) aaTTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAAcc < 1:4032214/91‑1 (MQ=255) aaTTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAAcc < 1:2123918/91‑1 (MQ=255) aTTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCa < 1:3290035/91‑1 (MQ=255) AAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCatat < 1:1192991‑M1/91‑1 (MQ=255) AGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATc < 1:604202‑M1/91‑1 (MQ=255) AGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATc > 1:2312419‑M1/1‑91 (MQ=255) GAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCt > 1:2130703‑M1/1‑91 (MQ=255) GAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCt > 1:331253‑M1/1‑91 (MQ=255) aagcatctgtctggatcattagtaccagatagatgcttcttTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCtt > 1:1012912‑M2/42‑91 (MQ=255) GCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCa < 1:311121‑M1/91‑1 (MQ=255) GCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCa < 1:239473‑M1/91‑1 (MQ=255) catctgtctggatcattagtaccagatagatgcttcttTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAg > 1:766861‑M2/39‑91 (MQ=255) CATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAg > 1:1250226‑M1/1‑91 (MQ=255) ATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGc < 1:2413501‑M1/91‑1 (MQ=255) CTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCtg < 1:3581772‑M1/91‑1 (MQ=255) CTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCtg < 1:3125839‑M1/91‑1 (MQ=255) CTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCtg < 1:107245‑M1/91‑1 (MQ=255) CTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCtg < 1:107282‑M1/91‑1 (MQ=255) tgtctggatcattagtaccagatagatgcttcttTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATATCTTCAGCtgt > 1:1160791‑M2/35‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |