| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2665481 = | 76 (0.770) | 7 (0.080) | 6/138 | NT | 10.1% | intergenic (‑108/+71) | USA300TCH1516_02535/sdhA | hypothetical protein/L‑serine dehydratase, alpha chain |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2665525 = | 59 (0.700) | intergenic (‑152/+27) | USA300TCH1516_02535/sdhA | hypothetical protein/L‑serine dehydratase, alpha chain | |||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GTTATTTTAGATATACGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATAT > USA300TCH1516_ALE/2665391‑2665571 | gTTATTTTAGATATACGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTa > 1:2602283/1‑91 (MQ=255) ctggcgaagcaattaaacgtaaaatctttggcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaaa < 1:902283‑M1/2‑1 (MQ=255) ctggcgaagcaattaaacgtaaaatctttggcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaaa < 1:902258‑M1/2‑1 (MQ=255) ctggcgaagcaattaaacgtaaaatctttggcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaaa < 1:902228‑M1/2‑1 (MQ=255) ctggcgaagcaattaaacgtaaaatctttggcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaaa < 1:2102736‑M1/2‑1 (MQ=255) ctggcgaagcaattaaacgtaaaatctttggcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaaa < 1:2102046‑M1/2‑1 (MQ=255) tggcgaagcaattaaacgtaaaatctttggcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaaag < 1:1359244‑M1/3‑1 (MQ=255) ggcgaagcaattaaacgtaaaatctttggcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaaaga < 1:1523703‑M1/4‑1 (MQ=255) ggcgaagcaattaaacgtaaaatctttggcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaaaga > 1:526649‑M1/88‑91 (MQ=255) aTTTTAGCTATACGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTaaga < 1:2067177/91‑1 (MQ=255) ttttAGATATACGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTaagaa > 1:644112/1‑91 (MQ=255) tttAGATATACGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTaagaag < 1:105755/91‑1 (MQ=255) cgaagcaattaaacgtaaaatctttggcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaaagaag > 1:3204388‑M1/86‑91 (MQ=255) cgaagcaattaaacgtaaaatctttggcacagctgaagatatgggtaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaaagaag < 1:186846‑M1/6‑1 (MQ=255) ttAGATATACGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGc < 1:2864143/91‑1 (MQ=255) gaagcaattaaacgtaaaatctttggcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGc < 1:2344874‑M1/7‑1 (MQ=255) tAGATATACGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCa < 1:3624479/91‑1 (MQ=255) aagcaattaaacgtaaaatctttggcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCa > 1:1221981‑M1/84‑91 (MQ=255) aagcaattaaacgtaaaatctttggcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCa > 1:2873275‑M1/84‑91 (MQ=255) agcaattaaacgtaaaatctttggcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCat < 1:2412150‑M1/9‑1 (MQ=255) aGATATACGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCat > 1:1548541/1‑91 (MQ=255) gcaattaaacgtaaaatctttggcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCatc > 1:4701‑M1/82‑91 (MQ=255) gcaattaaacgtaaaatctttggcacagctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCatc > 1:3674289‑M1/82‑91 (MQ=255) gATATACGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCatc < 1:3620276/91‑1 (MQ=255) caattaaacgtaaaatctttggcacagctgaagatatggttaaaaacaattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCatct < 1:3290145‑M1/11‑1 (MQ=255) atatACGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCatct < 1:3456833/91‑1 (MQ=255) atatACGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCatct < 1:1638871/91‑1 (MQ=255) tataCGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCatcta < 1:716145/91‑1 (MQ=255) ataCGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCatctat < 1:781202/91‑1 (MQ=255) cGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTg > 1:1103158/1‑91 (MQ=255) gggCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTGTCTggat < 1:1728846/91‑3 (MQ=255) ggCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTAc > 1:3212429/1‑91 (MQ=255) ggCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTAc > 1:454135/1‑91 (MQ=255) gcgcTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACt < 1:3601946/91‑1 (MQ=255) cgcTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTa > 1:2148777/1‑91 (MQ=255) cTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAAt < 1:2606403/91‑1 (MQ=255) cTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAAt < 1:596124/91‑1 (MQ=255) cTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAAt > 1:1414486/1‑91 (MQ=255) ttGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGAt < 1:3241167/91‑1 (MQ=255) ttGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGAt < 1:3241146/91‑1 (MQ=255) tGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATc > 1:321925/1‑91 (MQ=255) cAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCca > 1:3127358/1‑91 (MQ=255) cAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCca < 1:1698204/91‑1 (MQ=255) cAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCca > 1:4001027/1‑91 (MQ=255) cAATCACTATTTTGATTAGTATGCAGTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCATAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCca < 1:3297919/91‑1 (MQ=255) aTCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCcaga > 1:1299133/1‑91 (MQ=255) cTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCcagacaga < 1:2244722/91‑1 (MQ=255) tATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGAt < 1:1930795/91‑1 (MQ=255) tATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGAt < 1:1056044/91‑1 (MQ=255) tATTTTGATTAGTATGCATTTGCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGAt < 1:1440022/91‑1 (MQ=255) ctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATg > 1:766861‑M1/54‑91 (MQ=255) ctgaagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATg > 1:1862061‑M1/54‑91 (MQ=255) ttttGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACATATGc < 1:3281235/91‑1 (MQ=255) ttttGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGc < 1:3650689/91‑1 (MQ=255) ttttGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACACATGc < 1:3280248/91‑1 (MQ=255) ttGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGctt < 1:1550433/91‑1 (MQ=255) ttGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGctt < 1:1550455/91‑1 (MQ=255) aagatatggttaaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGctt > 1:1012912‑M1/51‑91 (MQ=255) aTTAGTACGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGcttctt < 1:2075521/91‑1 (MQ=255) aTTAGTAAGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGcttctt < 1:2073038/91‑1 (MQ=255) tAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCtttt > 1:307449/1‑91 (MQ=255) tAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCtttt > 1:2170438/1‑91 (MQ=255) tAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCtttt > 1:2170331/1‑91 (MQ=255) tATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTa < 1:2925174/91‑1 (MQ=255) taaaaataattaatgagataacaataaaatattgataaaaAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATc > 1:2334035‑M1/41‑91 (MQ=255) tGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATc < 1:2992879/91‑1 (MQ=255) gCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCa > 1:1726679/1‑91 (MQ=255) gCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCa < 1:1340988/91‑1 (MQ=255) cATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGTTCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCaa < 1:775751/91‑1 (MQ=255) cATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCaa < 1:1709351/91‑1 (MQ=255) cATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCaa < 1:1488180/91‑1 (MQ=255) tttCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAatat > 1:2056762/1‑91 (MQ=255) ttCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATAtt < 1:4117367/91‑1 (MQ=255) ttCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATAtt > 1:1354363/1‑91 (MQ=255) tCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTAtctc > 1:4095537/1‑91 (MQ=255) cAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCa > 1:2029044/1‑91 (MQ=255) cAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCa < 1:1835614/91‑1 (MQ=255) cAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCa > 1:916619/1‑91 (MQ=255) 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cttcAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCattaatt < 1:534342/91‑1 (MQ=255) cttcAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCattaatt > 1:4041642/1‑91 (MQ=255) ttcAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCattaatta < 1:1023836/91‑1 (MQ=255) cAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAattatt > 1:667610/1‑91 (MQ=255) cAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAattatt > 1:668474/1‑91 (MQ=255) gagaTAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTAtttt > 1:1490609/1‑91 (MQ=255) aaTTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAAcc < 1:3051454/91‑1 (MQ=255) aaTTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAAcc < 1:2123918/91‑1 (MQ=255) aaTTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAAcc < 1:1667808/91‑1 (MQ=255) aaTTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAAcc < 1:4032214/91‑1 (MQ=255) aaTTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAAcc > 1:1077738/1‑91 (MQ=255) aTTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCa < 1:3290035/91‑1 (MQ=255) ttAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCat > 1:2183535/1‑91 (MQ=255) AAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCatat < 1:1192991‑M1/91‑1 (MQ=255) | GTTATTTTAGATATACGGGGGCGCTTTTGCAATCACTATTTTGATTAGTATGCATTTTCCATAAATCTTTCAACTTCTTCAGAGATAATTAAGAAGCATCTATCTGGTACTAATGATCCAGACAGATGCTTCTTTTTTATCAATATTTTATTGTTATCTCATTAATTATTTTTAACCATAT > USA300TCH1516_ALE/2665391‑2665571 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |