| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2772633 = | 105 (1.070) | 17 (0.210) | 7/134 | NT | 20.0% | intergenic (+7/+53) | phoB/USA300TCH1516_02632 | Alkaline phosphatase 3/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2772676 = | 48 (0.580) | intergenic (+50/+10) | phoB/USA300TCH1516_02632 | Alkaline phosphatase 3/hypothetical protein | |||||
TTAAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG‑AA‑TTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2772735‑2772633‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcggg‑aa‑ttttttATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTTA > USA300TCH1516_ALE/2772676‑2772765 TTAAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCT < 1:4066865/91‑1 TAAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTC < 1:3984842/91‑1 TAAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACCAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTC > 1:3306530/1‑91 AAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCG < 1:1844419/91‑1 AAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCG < 1:3581726/91‑1 AAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCG > 1:4100672/1‑91 AAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCG > 1:2533247/1‑91 AAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTAAAGTGCTCGG > 1:3649180/1‑91 AAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG < 1:59581/91‑1 AAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG < 1:62435/91‑1 AAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATCCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG < 1:1736433/91‑1 ATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAGCGTTGAGTACTAAATTAAACCATTAAATATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG‑AA‑T < 1:3318818/91‑1 ATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG‑AA‑T < 1:3753741/91‑1 TACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG‑AA‑TT > 1:3550298/1‑91 TACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG‑AA‑TT > 1:2074148/1‑91 CCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG‑AA‑TTTT < 1:1565967/91‑1 CAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG‑AA‑TTTTT > 1:591592/1‑91 AAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG‑AA‑TTTTTT < 1:3082548/91‑1 AAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG‑AA‑TTTTTT > 1:331515/1‑91 AAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG‑AA‑TTTTTT > 1:4146180/1‑91 AAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG‑AA‑TTTTTT > 1:1230863/1‑91 AAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG‑AA‑TTTTTT > 1:1123234/1‑91 ACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG‑AATTTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACAC > 1:728607/1‑91 CCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG‑AATTTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACG > 1:1326784/1‑91 AAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG‑AATTTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTT > 1:2660494/1‑91 TTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGGTAT‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTAT > 1:2252799/1‑91 TTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG‑AATTTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTAT > 1:2253241/1‑91 TTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG‑AA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATT > 1:982091/1‑91 TTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG‑AA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATT > 1:1518095/1‑91 TCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG‑AA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTT > 1:2476127/1‑91 TCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG‑AA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTGCTTGGTATTT > 1:285731/1‑91 CCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG‑AA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTT > 1:1849842/1‑91 CGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG‑AA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTT > 1:1870848/1‑91 CGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG‑AA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTT > 1:2187541/1‑91 CGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG‑AA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTT > 1:2187698/1‑91 GAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG‑AA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTA > 1:111813/1‑91 CACCTTGTTATAGTGCTCGGG‑AA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAAT > 1:83166/1‑91 CTTGTTATAGTGCTCGGG‑AA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCG > 1:239267/1‑91 CTTGTTATAGTGCTCGGG‑AA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCG > 1:1782209/1‑91 TCGGG‑AA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGC < 1:1365343/91‑1 TCGGG‑AA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGC > 1:557915/1‑91 TCGGG‑AA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGC > 1:557867/1‑91 TCGGG‑AA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGC > 1:557865/1‑91 CGGG‑AA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCC > 1:2767086/1‑91 GGG‑AA‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCA > 1:2767926/1‑91 A‑TTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTA > 1:2876957/1‑91 TTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATG < 1:2417999/91‑1 TTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATG < 1:3385153/91‑1 TTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGT < 1:2279134/91‑1 TTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGT < 1:911718/91‑1 TTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGGGCTTGGTTAACAGGTTCTTGGGATTGTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGT < 1:3313522/91‑1 TTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTT < 1:57754/91‑1 TTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTT > 1:2496355/1‑91 TTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTT > 1:3932877/1‑91 TATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAGTGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTTA > 1:3319684/1‑91 TATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTTA > 1:1895636/1‑91 TATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTTA > 1:2501923/1‑91 TTAAAAAATACCAAGAACGTGTTAACCAAGCACCTAACATTGAGTACTAAATTAAACCATAAAAAATTCCCGAACACCTTGTTATAGTGCTCGGG‑AA‑TTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2772735‑2772633‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcggg‑aa‑ttttttATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTTA > USA300TCH1516_ALE/2772676‑2772765 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |