| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2772633 = | 105 (1.070) | 17 (0.210) | 7/134 | NT | 20.0% | intergenic (+7/+53) | phoB/USA300TCH1516_02632 | Alkaline phosphatase 3/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2772676 = | 48 (0.580) | intergenic (+50/+10) | phoB/USA300TCH1516_02632 | Alkaline phosphatase 3/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
ATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTTAA > USA300TCH1516_ALE/2772586‑2772766 | aTACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTa < 1:3140688/91‑1 (MQ=255) tACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTAt < 1:878339/91‑1 (MQ=255) tACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTAt < 1:690784/91‑1 (MQ=255) aCAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATg < 1:2254429/91‑1 (MQ=255) aCAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTGATg > 1:3735584/1‑91 (MQ=255) cAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATgg > 1:1114792/1‑91 (MQ=255) cAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATgg > 1:2014638/1‑91 (MQ=255) cAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATgg > 1:3020741/1‑91 (MQ=255) cAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATgg > 1:1114504/1‑91 (MQ=255) cAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATgg > 1:680062/1‑91 (MQ=255) aGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGt < 1:2765017/91‑1 (MQ=255) aGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGt < 1:770681/91‑1 (MQ=255) aGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGt < 1:264393/91‑1 (MQ=255) aGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTAAAACAGGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGt < 1:770521/91‑1 (MQ=255) 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aaaTAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCTAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTa > 1:1915627/1‑91 (MQ=255) aaaTAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCCCTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATAGTTTAATTTAGTa > 1:4140296/1‑91 (MQ=255) aaaTAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTa < 1:3462763/91‑1 (MQ=255) aataatATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTAc < 1:2371718/91‑1 (MQ=255) aataatATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTAc < 1:1652199/91‑1 (MQ=255) ataataTTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACt > 1:2714993/1‑91 (MQ=255) tatTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAAt > 1:2474564/1‑91 (MQ=255) tatTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAAt < 1:4042490/91‑1 (MQ=255) tGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTa > 1:3785606/1‑91 (MQ=255) atatTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTg > 1:506053/1‑91 (MQ=255) atatTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTg < 1:2274569/91‑1 (MQ=255) atatTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTg > 1:209073/1‑91 (MQ=255) atatTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTg > 1:1240764/1‑91 (MQ=255) atatTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTg > 1:838575/1‑91 (MQ=255) tatTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGc > 1:2788227/1‑91 (MQ=255) atTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCt < 1:428601/91‑1 (MQ=255) atTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCt > 1:538910/1‑91 (MQ=255) ttCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCtt < 1:1563973/91‑1 (MQ=255) ttCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCtt > 1:2552501/1‑91 (MQ=255) aGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGtt > 1:2630705/1‑91 (MQ=255) gTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTa > 1:1835511/1‑91 (MQ=255) aGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAacac < 1:2844840/91‑1 (MQ=255) ccataaaaaattcccgaacaccttgttatagtgctcgggaatttttttATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACg > 1:1326784‑M2/49‑91 (MQ=255) aaaaaaa‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCt > 1:2236079/1‑91 (MQ=255) AAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCtt > 1:1123234‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCtt > 1:1230863‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCtt > 1:4146180‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCtt > 1:331515‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCtt < 1:3082548‑M1/91‑1 (MQ=255) aaaaattcccgaacaccttgttatagtgctcgggaatttttttATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCtt > 1:2660494‑M2/44‑91 (MQ=255) AAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTg > 1:591592‑M1/1‑91 (MQ=255) AA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTa > 1:2074148‑M1/1‑91 (MQ=255) 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tttATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGt < 1:911718‑M2/88‑1 (MQ=255) ttATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGtt < 1:57754‑M2/89‑1 (MQ=255) ttATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGtt > 1:2496355‑M2/3‑91 (MQ=255) ttATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGtt > 1:3932877‑M2/3‑91 (MQ=255) tATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTTa > 1:2501923‑M2/2‑91 (MQ=255) aTGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTTaa < 1:1796258/91‑1 (MQ=255) | ATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAA‑TTCCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTTGGTATTTTTTAAATGCGAAGTATAAACCGCCAACTAATGTTAA > USA300TCH1516_ALE/2772586‑2772766 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |