| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2772633 = | 105 (1.070) | 17 (0.210) | 7/134 | NT | 20.0% | intergenic (+7/+53) | phoB/USA300TCH1516_02632 | Alkaline phosphatase 3/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2772676 = | 48 (0.580) | intergenic (+50/+10) | phoB/USA300TCH1516_02632 | Alkaline phosphatase 3/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
GCTTACGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTT > USA300TCH1516_ALE/2772543‑2772723 | gCTTACGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑aa > 1:103823/1‑91 (MQ=255)gCTTACGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑aa < 1:2645508/91‑1 (MQ=255) taacattagttggcggtttatacttcgcacttaaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccata > 1:3319684‑M1/91‑91 (MQ=255) aacattagttggcggtttatacttcgcatttaaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccataa > 1:2496355‑M1/90‑91 (MQ=255) aacattagttggcggtttatacttcgcatttaaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccataa < 1:57754‑M1/2‑1 (MQ=255) acattagttggcggtttatacttcgcatttaaacaatcccaagaacctgttaaccaagcccctaacattgagtactaaattaaaccataaa < 1:3313522‑M1/3‑1 (MQ=255) acattagttggcggtttatacttcgcatttaaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccataaa < 1:911718‑M1/3‑1 (MQ=255) cattagttggcggtttatacttcgcatttaaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccataaaa < 1:2417999‑M1/4‑1 (MQ=255) cattagttggcggtttatacttcgcatttaaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccataaaa < 1:3385153‑M1/4‑1 (MQ=255) ggACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑t < 1:2277062/91‑1 (MQ=255) tagttggcggtttatacttcgcatttaaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAA‑t > 1:2876957‑M1/85‑91 (MQ=255) aCCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑c < 1:3546171/91‑1 (MQ=255) cTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑ccc < 1:979013/91‑1 (MQ=255) aGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGa < 1:975811/91‑1 (MQ=255) ggcggtttatacttcgcatttaaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAA‑TT‑CCCg > 1:2767086‑M1/80‑91 (MQ=255) gcggtttatacttcgcatttaaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAA‑TT‑CCCGa < 1:1365343‑M1/13‑1 (MQ=255) gcggtttatacttcgcatttaaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAA‑TT‑CCCGa > 1:557867‑M1/79‑91 (MQ=255) tCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AATAAAA‑TT‑CCCGCGCa > 1:3739720/1‑91 (MQ=255) tCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGCGCa > 1:3737735/1‑91 (MQ=255) aaTCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACtat < 1:3043445/91‑1 (MQ=255) aTCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACtata > 1:3520726/1‑91 (MQ=255) tCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCATAAAAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACtat > 1:411768/1‑91 (MQ=255) tCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATaa < 1:4017814/91‑1 (MQ=255) tCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATaa > 1:537375/1‑91 (MQ=255) tAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAgg > 1:962978/1‑91 (MQ=255) cgcatttaaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAg > 1:239267‑M1/66‑91 (MQ=255) gTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGgtg < 1:1769680/91‑1 (MQ=255) atttaaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGgtg > 1:83166‑M1/63‑91 (MQ=255) tAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCg < 1:3564310/91‑1 (MQ=255) taaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTc > 1:111813‑M1/60‑91 (MQ=255) aaTATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGCGCACTATAACAAGGTGTTCgg > 1:1254273/1‑91 (MQ=255) aaTATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCgg < 1:367264/91‑1 (MQ=255) atatCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCggg < 1:2169886/91‑1 (MQ=255) aaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCg > 1:2187698‑M1/59‑91 (MQ=255) aaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCg > 1:2187541‑M1/59‑91 (MQ=255) aaaaaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCg > 1:1870848‑M1/59‑91 (MQ=255) atCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGaa < 1:2822311/91‑1 (MQ=255) aaataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGa > 1:2476127‑M1/56‑91 (MQ=255) cGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAAtt > 1:3085641/1‑91 (MQ=255) cGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAAtt > 1:3085665/1‑91 (MQ=255) aataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGaa > 1:982091‑M1/55‑91 (MQ=255) aataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGaa > 1:1518095‑M1/55‑91 (MQ=255) gAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAAttt < 1:571774/91‑1 (MQ=255) ataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAAATT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGaa > 1:2253241‑M1/54‑91 (MQ=255) ataccaagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAA‑ATACCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGaa > 1:2252799‑M1/54‑91 (MQ=255) aaaaTACATAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAATAA‑TG‑CCCGATCACTATAACAAGGTGTTCGGGAAtttt < 1:186480/91‑1 (MQ=255) aaaaTACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAAtttt > 1:901311/1‑91 (MQ=255) aaaTACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAAttttt < 1:1682138/91‑1 (MQ=255) aTACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTa < 1:2167552/91‑1 (MQ=255) tACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTAt < 1:690784/91‑1 (MQ=255) tACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTAt < 1:1375242/91‑1 (MQ=255) aagaacgtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAAATT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAAttttt > 1:2660494‑M1/49‑91 (MQ=255) aCAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATg > 1:2683742/1‑91 (MQ=255) aCAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTGATg > 1:3735207/1‑91 (MQ=255) cAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATgg < 1:3929450/91‑1 (MQ=255) cAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATgg > 1:680062/1‑91 (MQ=255) cAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATgg < 1:1849636/91‑1 (MQ=255) cAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATgg > 1:2014638/1‑91 (MQ=255) cAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATgg > 1:1114504/1‑91 (MQ=255) cAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATgg > 1:3020741/1‑91 (MQ=255) aGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGt < 1:770681/91‑1 (MQ=255) aGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGt < 1:2765017/91‑1 (MQ=255) aGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTAAAACAGGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGt < 1:770521/91‑1 (MQ=255) aaaGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGttt > 1:2888318/1‑91 (MQ=255) gtgttaaccaagcacctaacattgagtactaaattaaaccatAAAAAAATT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGt > 1:728607‑M1/43‑91 (MQ=255) cAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTCTAATTTa > 1:2068270/1‑91 (MQ=255) aaaaaTAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAg < 1:630675/91‑1 (MQ=255) aaaaaTAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAg > 1:2327469/1‑91 (MQ=255) aaaaaTAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAg > 1:2526118/1‑91 (MQ=255) aaaaaTAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGCTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAg > 1:144820/1‑91 (MQ=255) aaaaTAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGt > 1:2805928/1‑91 (MQ=255) aaaaTAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGt < 1:3948349/91‑1 (MQ=255) aaaaTAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGt > 1:1262595/1‑91 (MQ=255) aaaaTAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGt < 1:2322782/91‑1 (MQ=255) aaaTAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCTAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTa > 1:1915627/1‑91 (MQ=255) aaaTAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCCCTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATAGTTTAATTTAGTa > 1:4140296/1‑91 (MQ=255) aaaTAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTa < 1:3462763/91‑1 (MQ=255) aataatATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTAc < 1:1652199/91‑1 (MQ=255) ataataTTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACt > 1:2714993/1‑91 (MQ=255) tatTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAAt < 1:4042490/91‑1 (MQ=255) tGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTa > 1:3785606/1‑91 (MQ=255) atatTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTg > 1:506053/1‑91 (MQ=255) atatTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTg > 1:1240750/1‑91 (MQ=255) atatTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTg > 1:209073/1‑91 (MQ=255) atatTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTg < 1:2274569/91‑1 (MQ=255) atatTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTg > 1:838575/1‑91 (MQ=255) tatTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGc > 1:2788227/1‑91 (MQ=255) atTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCt < 1:428601/91‑1 (MQ=255) atTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCt > 1:538910/1‑91 (MQ=255) ttCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCtt < 1:1563973/91‑1 (MQ=255) ttCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCtt > 1:2552501/1‑91 (MQ=255) aGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGtt < 1:550122/91‑1 (MQ=255) aGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGtt > 1:2630705/1‑91 (MQ=255) gTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTa < 1:262569/91‑1 (MQ=255) gTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTa > 1:1835511/1‑91 (MQ=255) aGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAacac < 1:2844840/91‑1 (MQ=255) aT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGtt > 1:3143416/1‑91 (MQ=255) AAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCtt > 1:1230863‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCtt > 1:1123234‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCtt > 1:4146180‑M1/1‑91 (MQ=255) | GCTTACGGACCTAGATCAGAATCATTTAGTGGTAATATCGAAAATACAGAAAGCGCAAAAATAATATTTGATATATTCAAGTAAAGCAT‑‑AAAAAAA‑TT‑CCCGAGCACTATAACAAGGTGTTCGGGAATTTTTTATGGTTTAATTTAGTACTCAATGTTAGGTGCTTGGTTAACACGTTCTT > USA300TCH1516_ALE/2772543‑2772723 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |