| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2793464 = | 115 (1.170) | 5 (0.060) | 4/140 | NT | 5.1% | coding (2179/2982 nt) | yueB | ESX secretion system protein YueB |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2793513 = | 86 (1.000) | coding (2130/2982 nt) | yueB | ESX secretion system protein YueB | |||||
AATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGATTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2793563‑2793464‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gctgatttttATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTC > USA300TCH1516_ALE/2793513‑2793602 AATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAG < 1:560807/91‑1 ATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGC > 1:1686346/1‑91 TTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCT < 1:3481208/91‑1 TTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTG > 1:3927593/1‑91 ACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGAT > 1:4040258/1‑91 ACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGAT < 1:1417274/91‑1 CCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGATT > 1:2703173/1‑91 CCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGATT > 1:3007353/1‑91 CCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGATT > 1:3007417/1‑91 ACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGATTTTT < 1:1955829/91‑1 AAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTG > 1:2952478/1‑91 AATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGG > 1:1937817/1‑91 ATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGT > 1:3897980/1‑91 CAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAA > 1:2581837/1‑91 CAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGATTTTTAATTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAA > 1:2582291/1‑91 GCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAA < 1:2205494/91‑1 GCTGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAA < 1:3867943/91‑1 TGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATC > 1:2256120/1‑91 TGATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATC > 1:362015/1‑91 GATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCG > 1:514020/1‑91 GATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCG > 1:514004/1‑91 GATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCG > 1:3375726/1‑91 GATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCG > 1:514237/1‑91 GATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCG > 1:2912972/1‑91 GATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCG > 1:64696/1‑91 ATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGC < 1:3706721/91‑1 ATTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGC > 1:3882554/1‑91 TTTTTATTTAGTAATCCTATCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCT > 1:2562491/1‑91 TTTTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCT > 1:1976636/1‑91 TTTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGT < 1:2918845/91‑1 TTATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTT < 1:3128946/91‑1 TATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTC > 1:3584269/1‑91 TATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTC < 1:1047306/91‑1 TATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTC < 1:589770/91‑1 TATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTC > 1:1326807/1‑91 TATGTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTC < 1:3337412/91‑1 AATTTACCAACGTTATTAAATGGTTATGATCAAGCGGTAGGATTACTAAATAAAAATCAGCCACAAGCGAAAAAGGCTTTATCAGATTTAGCTGATTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2793563‑2793464‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gctgatttttATTTAGTAATCCTACCGCTTGATCATAACCATTTAATAACGTTGGTAAATTTTTATTCACACTTGCTGTCGCATTAGTTAATCGCTGTTC > USA300TCH1516_ALE/2793513‑2793602 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |