| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2850817 = | 79 (0.800) | 18 (0.220) | 10/132 | NT | 22.3% | intergenic (+16/+103) | pcp/USA300HOU_RS14605 | Pyrrolidone‑carboxylate peptidase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2850866 = | 60 (0.740) | intergenic (+65/+54) | pcp/USA300HOU_RS14605 | Pyrrolidone‑carboxylate peptidase/hypothetical protein | |||||
AACAATGTCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2850920‑2850817‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttagggtgcttttgGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTAAAATTTACAAA > USA300TCH1516_ALE/2850866‑2850955 AACAATGTCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAAT < 1:1743708/91‑1AACAATGTCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAAT > 1:1809504/1‑91 ATGTCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGG > 1:280524/1‑91 ATGTCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGG > 1:907532/1‑91 TGTCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAAGAAATTAGGG > 1:3964735/1‑91 TGTCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGG < 1:1252896/91‑1 TGTCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGG > 1:3812783/1‑91 TGTCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGG < 1:2390040/91‑1 TGTCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGG < 1:2159971/91‑1 TGTCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGG < 1:1812711/91‑1 GTCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGT < 1:948520/91‑1 TCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTG > 1:1389377/1‑91 GTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCT < 1:4039043/91‑1 TTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTT > 1:780986/1‑91 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TTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCC > 1:25360/1‑91 TTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCC < 1:3947001/91‑1 TAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTGCTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCT < 1:3402872/91‑1 TAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCT < 1:3628270/91‑1 AGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATGATGATGTACTTTAGCTAAACGCCATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTA > 1:3316243/1‑91 GGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTAAA < 1:1024178/91‑1 GGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTAAA > 1:2678069/1‑91 GGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTAAA < 1:3009987/91‑1 GGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCGAAA > 1:3343354/1‑91 GTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTAAAA < 1:2640132/91‑1 GTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTAAAA < 1:1110889/91‑1 GTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTAAAA > 1:198661/1‑91 GTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTAAAA > 1:198693/1‑91 GTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTAAAA > 1:3649279/1‑91 GTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTAAAA > 1:3649184/1‑91 GTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACCTCCTAAAA < 1:1755531/91‑1 GCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTAAAATT < 1:2481098/91‑1 CTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTAAAATTT < 1:2664372/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |