| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2850817 = | 79 (0.800) | 18 (0.220) | 10/132 | NT | 22.3% | intergenic (+16/+103) | pcp/USA300HOU_RS14605 | Pyrrolidone‑carboxylate peptidase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2850866 = | 60 (0.740) | intergenic (+65/+54) | pcp/USA300HOU_RS14605 | Pyrrolidone‑carboxylate peptidase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
ACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTAAAATTTACAAA > USA300TCH1516_ALE/2850776‑2850955 | acCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTgg > 1:70663/1‑91 (MQ=255)acCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTgg > 1:2088764/1‑91 (MQ=255)acCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTgg < 1:1639487/91‑1 (MQ=255) ccTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGga < 1:1740739/91‑1 (MQ=255) tAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGgatg > 1:1067098/1‑91 (MQ=255) tAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGgatg > 1:3809235/1‑91 (MQ=255) aGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGgatga > 1:57495/1‑91 (MQ=255) aGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGgatga > 1:3108170/1‑91 (MQ=255) gCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTCGgatgat > 1:2064761/1‑91 (MQ=255) gCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTAGgatgat > 1:2064680/1‑91 (MQ=255) gCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTAGgatgat > 1:2064235/1‑91 (MQ=255) acaACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACa > 1:330347/1‑91 (MQ=255) aaCGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGt > 1:634307/1‑91 (MQ=255) aCGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGtt > 1:3995963/1‑91 (MQ=255) cGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGttt > 1:1395927/1‑91 (MQ=255) cGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGttt < 1:1207248/91‑1 (MQ=255) cGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGttt < 1:1207060/91‑1 (MQ=255) aaTAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTAc > 1:2850429/1‑91 (MQ=255) aTAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACt < 1:911820/91‑1 (MQ=255) tAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACta > 1:345995/1‑91 (MQ=255) gTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACtata > 1:3656883/1‑91 (MQ=255) gTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACtata > 1:2379301/1‑91 (MQ=255) ataAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatg > 1:2259541/1‑91 (MQ=255) taAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatga < 1:1583253/91‑1 (MQ=255) taAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatga < 1:2760745/91‑1 (MQ=255) aaGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatgat > 1:3642801/1‑91 (MQ=255) aaGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatgat < 1:961088/91‑1 (MQ=255) aGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatgatg > 1:1970606/1‑91 (MQ=255) aGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatgatg < 1:3396981/91‑1 (MQ=255) aGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatgatg < 1:3396982/91‑1 (MQ=255) aGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatgatg < 1:394772/91‑1 (MQ=255) cacaAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTAtt > 1:2188497/1‑91 (MQ=255) cacaAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTAtt > 1:2566727/1‑91 (MQ=255) cacaAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTAtt > 1:2566513/1‑91 (MQ=255) acaaacaaAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTAGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTAttt < 1:3496665/91‑1 (MQ=255) aacaaaAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAg > 1:1118850/1‑91 (MQ=255) CAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCt < 1:2552672‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTa > 1:3333329‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTa < 1:1428984‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTa < 1:2164608‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTa < 1:797732‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTaa < 1:1331732‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTaaa > 1:780986‑M1/1‑91 (MQ=255) agcaccctaaagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAAc > 1:438704‑M2/46‑91 (MQ=255) AGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAAc < 1:4039043‑M1/91‑1 (MQ=255) gcaccctaaagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACg > 1:1328885‑M2/45‑91 (MQ=255) gcaccctaaagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACg > 1:2767063‑M2/45‑91 (MQ=255) CACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGa > 1:1389377‑M1/1‑91 (MQ=255) accctaaagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGAc > 1:2179272‑M2/43‑91 (MQ=255) accctaaagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGAc > 1:2179822‑M2/43‑91 (MQ=255) ccctaaagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACa > 1:2754366‑M2/42‑91 (MQ=255) CCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACa < 1:1252896‑M1/91‑1 (MQ=255) CCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACa < 1:1812711‑M1/91‑1 (MQ=255) CCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACa < 1:2159971‑M1/91‑1 (MQ=255) CCCTAATTTCTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACa > 1:3964735‑M1/1‑91 (MQ=255) cctaaagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACAt > 1:2683358‑M2/41‑91 (MQ=255) cctaaagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACAt > 1:2682278‑M2/41‑91 (MQ=255) CCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACAt > 1:280524‑M1/1‑91 (MQ=255) CCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACAt > 1:907532‑M1/1‑91 (MQ=255) taaagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTg > 1:3827928‑M2/39‑91 (MQ=255) taaagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTg > 1:1090478‑M2/39‑91 (MQ=255) aaagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGt > 1:322129‑M2/38‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |