| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2850817 = | 79 (0.800) | 18 (0.220) | 10/132 | NT | 22.3% | intergenic (+16/+103) | pcp/USA300HOU_RS14605 | Pyrrolidone‑carboxylate peptidase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2850866 = | 60 (0.740) | intergenic (+65/+54) | pcp/USA300HOU_RS14605 | Pyrrolidone‑carboxylate peptidase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
GCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCT > USA300TCH1516_ALE/2850727‑2850907 | tttgtaaattttaggaagttaaaaaaagaagactaaacaatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcc > 1:341900‑M1/91‑91 (MQ=255)gCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAAC > 1:1659488‑M1/1‑91 (MQ=255)gCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAAC > 1:2835595‑M1/1‑91 (MQ=255) aaattttaggaagttaaaaaaagaagactaaacaatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAg < 1:2664372‑M1/6‑1 (MQ=255) aaattttaggaagttaaaaaaagaagactaaacaatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAg > 1:1380573‑M1/86‑91 (MQ=255) tGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCA < 1:3753922‑M1/91‑1 (MQ=255) tGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTAGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCA < 1:1028006‑M1/91‑1 (MQ=255) ttttaggaagttaaaaaaagaagactaaacaatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCAc > 1:198693‑M1/83‑91 (MQ=255) ttttaggaagttaaaaaaagaagactaaacaatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCAc < 1:2640132‑M1/9‑1 (MQ=255) ttttaggaagttaaaaaaagaagactaaacaatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCAc > 1:3649279‑M1/83‑91 (MQ=255) ttttaggaagttaaaaaaagaagactaaacaatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCAc < 1:1110889‑M1/9‑1 (MQ=255) tttcggaagttaaaaaaagaagactaaacaatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCAcc > 1:3343354‑M1/82‑91 (MQ=255) tttaggaagttaaaaaaagaagactaaacaatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCAcc < 1:1024178‑M1/10‑1 (MQ=255) cTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTCCACCTAGCCCTGGACACAACGGAATAGGTATAAGTGCACAAACAAAATCACCC > 1:3855001‑M1/1‑91 (MQ=255) ggaagttaaaaaaagaagactaaacaatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTaa < 1:3947001‑M1/14‑1 (MQ=255) ggaagttaaaaaaagaagactaaacaatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTaa > 1:25360‑M1/78‑91 (MQ=255) ggaagttaaaaaaagaagactaaacaatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTaa < 1:2275815‑M1/14‑1 (MQ=255) cAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAA > 1:2517723‑M1/1‑91 (MQ=255) aGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAt > 1:222490/1‑91 (MQ=255) gCCATTGAAGCTATTTCTACTGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGGATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAtt > 1:2445387/1‑91 (MQ=255) ccATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAttt < 1:2888014/91‑1 (MQ=255) cATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTg < 1:1748626/91‑1 (MQ=255) aTTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGt < 1:3896326/91‑1 (MQ=255) aTTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGt < 1:1650451/91‑1 (MQ=255) tGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTa < 1:964931/91‑1 (MQ=255) gCTATTTCTAATGGTGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAAGGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGttt < 1:4149146/91‑1 (MQ=255) gCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGttt < 1:3029918/91‑1 (MQ=255) gCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGttt < 1:2853067/91‑1 (MQ=255) cTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTa > 1:2920436/1‑91 (MQ=255) cTATCTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTa < 1:1502194/91‑1 (MQ=255) aagaagactaaacaatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTa > 1:4108066‑M1/66‑91 (MQ=255) aTTTCTAATGATGAGGCTGTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATATGAGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAg > 1:1511980/1‑91 (MQ=255) tttCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGt > 1:2416803/1‑91 (MQ=255) ttCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTc < 1:3614302/91‑1 (MQ=255) ttCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTc < 1:2550086/91‑1 (MQ=255) tCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCt < 1:3263520/91‑1 (MQ=255) tCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCt > 1:2706425/1‑91 (MQ=255) cTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTa > 1:1991699/1‑91 (MQ=255) cTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTa > 1:601958/1‑91 (MQ=255) taaacaatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAAc > 1:304481‑M1/58‑91 (MQ=255) aaTGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAagttagacttaaactaacaa < 1:586908‑M1/91‑21 (MQ=255) atgatgAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACt > 1:1508529/1‑91 (MQ=255) aaacaatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACt > 1:493279‑M1/57‑91 (MQ=255) acaatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACttt > 1:322129‑M1/55‑91 (MQ=255) tgaGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAagttagacttaaactaacaaattag < 1:1773366‑M1/91‑26 (MQ=255) tgaGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttag > 1:916575‑M2/1‑87 (MQ=255) tgaGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttag > 1:2132167‑M2/1‑87 (MQ=255) gaGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagg > 1:855379‑M2/1‑86 (MQ=255) atgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAgg > 1:2682278‑M1/52‑91 (MQ=255) atgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAgg > 1:2684280‑M1/52‑91 (MQ=255) tgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAggg > 1:2754366‑M1/51‑91 (MQ=255) aGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAagttagacttaaactaacaaattaggg < 1:1884149‑M1/91‑28 (MQ=255) aGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttaggg < 1:3286326‑M2/91‑7 (MQ=255) gtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGt > 1:2179685‑M1/50‑91 (MQ=255) gATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtg > 1:1610379‑M2/1‑83 (MQ=255) cgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGc > 1:2766893‑M1/48‑91 (MQ=255) cgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGc > 1:2767063‑M1/48‑91 (MQ=255) cgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGc > 1:1328885‑M1/48‑91 (MQ=255) ttACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtgctt < 1:731730‑M2/91‑12 (MQ=255) tACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtgcttt < 1:3528214‑M2/91‑13 (MQ=255) tACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtgcttt < 1:1122121‑M2/91‑13 (MQ=255) acacCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtgctttt < 1:4076604‑M2/91‑14 (MQ=255) acacCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtgctttt < 1:3246687‑M2/91‑14 (MQ=255) cacCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtgcttttg < 1:920821‑M2/91‑15 (MQ=255) cacCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtgcttttg < 1:568047‑M2/91‑15 (MQ=255) cacCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtgcttttg < 1:2288056‑M2/91‑15 (MQ=255) cacCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtgcttttg > 1:1618995‑M2/1‑77 (MQ=255) cacCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtgcttttg < 1:3819585‑M2/91‑15 (MQ=255) acCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTgg > 1:2088764/1‑91 (MQ=255) acCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTgg > 1:70663/1‑91 (MQ=255) acCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTgg < 1:1639487/91‑1 (MQ=255) tAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGgatg > 1:1067098/1‑91 (MQ=255) aGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGgatga > 1:3108171/1‑91 (MQ=255) aGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGgatga > 1:57475/1‑91 (MQ=255) gCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTCGgatgat > 1:2064761/1‑91 (MQ=255) gCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTAGgatgat > 1:2064235/1‑91 (MQ=255) acaACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACa > 1:330347/1‑91 (MQ=255) aaCGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGt > 1:634307/1‑91 (MQ=255) 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cacaAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTAtt > 1:2566727/1‑91 (MQ=255) acaaacaaAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTAGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTAttt < 1:3496665/91‑1 (MQ=255) caaaAGCACCCTAAagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgtttgtgcacttataactattccgttgtgcccagggctaggtg < 1:2288056‑M1/91‑78 (MQ=255) caaaAGCACCCTAAagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgtttgtgcacttataactattccgttgtgcccagggctaggtg < 1:568047‑M1/91‑78 (MQ=255) caaaAGCACCCTAAagttagacttaaactaacaaattagggtgcttttgtttgtgcacttataactattccgttgtgcccagggctaggtg < 1:3819585‑M1/91‑78 (MQ=255) CAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCt < 1:2552672‑M1/91‑1 (MQ=255) | GCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCT > USA300TCH1516_ALE/2850727‑2850907 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |