| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 198 | 386 (1.100) | 24 (0.070) | 7/146 | NT | 6.1% | intergenic (–/‑34) | –/repA | –/replication protein A |
| ? | CP000731 | = 216 | 393 (1.230) | intergenic (–/‑16) | –/repA | –/replication protein A | |||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
TTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTACCTCTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000731/102‑198‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acctcttTCCATATTTTAGTTTGGTAAGAGGTAATAAAACGTTTTTATTTAGCTTTACATTTATTTAATGATTTAGGTGCTTGCACTAAGATATTAT < CP000731/216‑127 TTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTA > 1:2508374/1‑91TTTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTA > 1:1310426/1‑91 TTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTAC < 1:1511811/91‑1 TTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTAC < 1:2663919/91‑1 TTCGATACTTGTATTATATAATGAATAATATCTTAGTGCAAGCACCTAAATCATTAAATAAATGTAAAGCTAAATAAAAACGTTTTATTAC > 1:2584838/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |