| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 1692 | 388 (1.110) | 21 (0.070) | 7/144 | NT | 5.4% | intergenic (+477/‑379) | repA/USA300HOU_pUSA300HOUMR0003 | replication protein A/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | = 1696 | 387 (1.230) | intergenic (+481/‑375) | repA/USA300HOU_pUSA300HOUMR0003 | replication protein A/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
ATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000731/1595‑1692‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctatcattCAAAAATGATAGATCTGGCAAGGCCAGACATTCCAAGGGTTTTAAGTTATTTTAAAGTGATATCATACAAAGCTGTAGTGTCACACTTTT < CP000731/1696‑1607 ATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATC > 1:944184/1‑91ATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATC > 1:943603/1‑91ATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATC > 1:2364744/1‑91ATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATC > 1:3236736/1‑91ATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATC > 1:3235666/1‑91ATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATC < 1:2401634/91‑1ATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATC < 1:2608637/91‑1ATGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATC > 1:3041903/1‑91 TGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCT < 1:3092749/91‑1 TGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCT < 1:2155786/91‑1 TGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCT < 1:280151/91‑1 TGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCT < 1:3092373/91‑1 TGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCT < 1:1338223/91‑1 TGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCT < 1:3347860/91‑1 TGTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCT < 1:3515085/91‑1 GTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTA < 1:1778699/91‑1 GTAGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTA > 1:1623394/1‑91 TAGCGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTAT < 1:3210886/91‑1 AGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGGTATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATC < 1:2781026/91‑1 AGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATC < 1:1718547/91‑1 AGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATC < 1:1810223/91‑1 AGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATC < 1:3300526/91‑1 AGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATC < 1:1271228/91‑1 AGTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATC < 1:1577572/91‑1 GTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGCATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCA > 1:3887477/1‑91 GTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCA < 1:2453768/91‑1 GTGTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCA > 1:274013/1‑91 GTCACAAAAGTGTGACACTACAGGTTTGTATGGTATGACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCGTGCCAGATCTATCATT < 1:2522427/91‑1 GTCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATT < 1:2522537/91‑1 TCACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTC < 1:701932/91‑1 ACAAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTCAA < 1:2524346/91‑1 AAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTCAAAA < 1:730133/91‑1 AAAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTCAAAA < 1:3097172/91‑1 AAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTCAAAAA < 1:4116842/91‑1 AAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTCAAAAA < 1:426807/91‑1 AAAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTCAAAAA < 1:2109839/91‑1 AAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTCAAAAAT < 1:147134/91‑1 AAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTCAAAAAT < 1:2626140/91‑1 AAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTCAAAAAT < 1:191729/91‑1 AAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTCAAAAAT < 1:697035/91‑1 AAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTCAAAAAT < 1:1223046/91‑1 AAGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTCAAAAAT < 1:1654159/91‑1 AGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTCAAAAATG < 1:3941811/91‑1 AGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTCAAAAATG < 1:1157888/91‑1 AGTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTCAAAAATG < 1:2414897/91‑1 GTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTCAAAAATGA < 1:4055307/91‑1 GTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTCAAAAATGA < 1:4055308/91‑1 GTGTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTCAAAAATGA < 1:83202/91‑1 GTGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTCAAAAATGATA < 1:3880508/91‑1 TGACACTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATAACTTAAAACCCTTGGAATGTCTGGCCTTGCCAGATCTATCATTCAAAAATGATAG < 1:2204472/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |