| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP000731 | 11951 = | 356 (1.020) | 33 (0.110) | 12/134 | NT | 10.7% | intergenic (+114/+109) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0014/USA300HOU_pUSA300HOUMR0015 | recombinase/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | 11987 = | 254 (0.860) | intergenic (+150/+73) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0014/USA300HOU_pUSA300HOUMR0015 | recombinase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
CATTAGTGAAACAGGTATTATATTAAAAAAGCGTACGAATTTGTACGCTTTTTTCTTGTGTTATTATTAAAATCTCATAACAGGAAAATATTATGAGATTTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000731/12053‑11951‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttatgagattttaATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCTGTTTCACTAATGAACGTTTTAAGTATCTTCATCAT > CP000731/11987‑12076 ATTAGTGAACCAGGTATTATATTAAAAAAGCGTACGAATTTGTACGCTTTTTTCTTGTGTTATTATTAAAATCTCATAACAGGAAAATATT > 1:2085305/1‑91 ATTAGTGAAACAGGTATTATATTAAAAAAGCGTACGAATTTGTACGCTTTTTTCTTGTGTTATTATTAAAATCTCATAACAGGAAAATATT > 1:932253/1‑91 ATTAGTGAAACAGGTATTATATTAAAAAAGCGTACGAATTTGTACGCTTTTTTCTTGTGTTATTATTAAAATCTCATAACAGGAAAATATT > 1:519718/1‑91 TTAGTGAAACAGGTATTATATTAAAAAAGCGTACGAATTTGTACGCTTTTTTCTTGTGTTATTATTAAAATCTCATAACAGGAAAATATTA > 1:1940768/1‑91 TTAGTGAAACAGGTATTATATTAAAAAAGCGTACGAATTTGTACGCTTTTTTCTTGTGTTATTATTAAAATCTCATAACAGGAAAATATTA > 1:236990/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |