| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 11951 = | 356 (1.020) | 33 (0.110) | 12/134 | NT | 10.7% | intergenic (+114/+109) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0014/USA300HOU_pUSA300HOUMR0015 | recombinase/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | 11987 = | 254 (0.860) | intergenic (+150/+73) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0014/USA300HOU_pUSA300HOUMR0015 | recombinase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 484 total aligned reads displayed.
ATGAATCTACTAAATAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGAAAAAAGCGTACAAATTCGTACGCTTTTTTAATATAATACCT > CP000731/11861‑12041 | atgatgaagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatt < 1:1669417‑M1/1‑1 (MQ=255)atgatgaagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatt < 1:3075835‑M1/1‑1 (MQ=255)atgatgaagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatt < 1:4110153‑M1/1‑1 (MQ=255)atgatgaagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatt > 1:576321‑M1/91‑91 (MQ=255)atgatgaagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatt > 1:2033461‑M1/91‑91 (MQ=255) tgatgaagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatta > 1:1598916‑M1/90‑91 (MQ=255) atgaagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTaaa < 1:1236662‑M1/4‑1 (MQ=255) tgaagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTaaaa < 1:277779‑M1/5‑1 (MQ=255) aTCTACTAAATAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTaaaa > 1:816291/1‑91 (MQ=255) tCTACTAAATAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAAt > 1:1970948/1‑91 (MQ=255) gaagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAAt > 1:425355‑M1/86‑91 (MQ=255) aagatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAAtc < 1:3356498‑M1/7‑1 (MQ=255) tactaAATAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAAtct > 1:2321382/1‑91 (MQ=255) agatacttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAAtct > 1:2378393‑M1/84‑91 (MQ=255) taAATAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCat < 1:660578/91‑1 (MQ=255) aaaTAATTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCata < 1:2126686/91‑1 (MQ=255) cttaaaacgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAATCTCataa < 1:1429591‑M1/13‑1 (MQ=255) taatTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCataata < 1:3880313/91‑1 (MQ=255) aatTTTATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAatat < 1:1454506/91‑1 (MQ=255) ttttATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATAttt < 1:1516362/91‑1 (MQ=255) ttttATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATAttt > 1:3233247/1‑91 (MQ=255) tttATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATAtttt > 1:495232/1‑91 (MQ=255) acgttcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAATCTCATAATAtttt > 1:3387855‑M1/73‑91 (MQ=255) ttATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTc < 1:1871829/91‑1 (MQ=255) ttATATATCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTc > 1:3091466/1‑91 (MQ=255) atatatCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCt > 1:784013/1‑91 (MQ=255) tcattagtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAATCTCATAATATTTTCCTg > 1:3013225‑M1/69‑91 (MQ=255) tatCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGtt < 1:2557493/91‑1 (MQ=255) tCATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTAt < 1:1400788/91‑1 (MQ=255) cATTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATg < 1:2203459/91‑1 (MQ=255) agtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATg > 1:2276035‑M1/64‑91 (MQ=255) gtgaaacaggtattatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATga > 1:1107563‑M1/63‑91 (MQ=255) aTTAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATga < 1:978482/91‑1 (MQ=255) tAACATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATgaga < 1:1065563/91‑1 (MQ=255) aaCATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGAt < 1:2239554/91‑1 (MQ=255) aCATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGAtt > 1:290361/1‑91 (MQ=255) cATACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGAttt < 1:2106315/91‑1 (MQ=255) aTACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGAtttt > 1:71821/1‑91 (MQ=255) aTACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGAtttt > 1:1361942/1‑91 (MQ=255) tACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGCCAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTta > 1:4140498/1‑91 (MQ=255) tACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTta > 1:3420519/1‑91 (MQ=255) tACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTta < 1:3795657/91‑1 (MQ=255) tACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTta < 1:1002566/91‑1 (MQ=255) tACAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTta > 1:448877/1‑91 (MQ=255) aCAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTtaa < 1:3835230/91‑1 (MQ=255) cAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTtaat > 1:294353/1‑91 (MQ=255) cAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTtaat > 1:1912185/1‑91 (MQ=255) cAAAGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTtaat < 1:1480811/91‑1 (MQ=255) aaaGACTTTGATTCAATGTCACTCGCTGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTcaata < 1:3861627/91‑1 (MQ=255) aaGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTtaataa > 1:346190/1‑91 (MQ=255) aaGACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTtaataa < 1:770522/91‑1 (MQ=255) ttatattaaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTtaataat > 1:4071746‑M1/51‑91 (MQ=255) gACTTTGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTtaataata > 1:850274/1‑91 (MQ=255) ttGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAacac > 1:1295328/1‑91 (MQ=255) ttGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAacac > 1:1809522/1‑91 (MQ=255) taaaaaagcgtacgaatttgtacgcttttttcttgtgttattatTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAAcaca > 1:1765184‑M1/45‑91 (MQ=255) tGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAAcaca < 1:2991902/91‑1 (MQ=255) tGATTCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAAcaca < 1:3559025/91‑1 (MQ=255) ttCAATGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATACCACAAGa > 1:2075767/1‑91 (MQ=255) aTGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGaaaaa > 1:2962828/1‑91 (MQ=255) aTGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGaaaaa < 1:3708492/91‑1 (MQ=255) aTGTCACTCGATGTAAAAGAGACGTTCTGACAGCGTCTAAAATCTCATAATATTTTCCTGTTATGAGATTTTAATAATAACACAAGaaaaa > 1:3515619/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |