| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 17199 | 253 (0.720) | 20 (0.070) | 11/138 | NT | 7.8% | intergenic (‑138/+109) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0021/USA300HOU_pUSA300HOUMR0023 | IS431 mec transposase/bacitracin ABC ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| ? | CP000731 | = 17213 | 254 (0.840) | intergenic (‑152/+95) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0021/USA300HOU_pUSA300HOUMR0023 | IS431 mec transposase/bacitracin ABC ATP binding cassette transporter, membrane protein | |||||
CAACTTTGCAACAGAACCTCCTAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000731/17100‑17199‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatcatcaacaGGTCATATGATTATTGTTGATGATATGTGGTTAAACACTGCTGACGATTTAGGAAGTGCGTCTGCAACTACTTTTAAGGTGGTAATACAG < CP000731/17213‑17124 CAACTTTGCAACAGAACCTCCTAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATA < 1:669311/91‑1 gACTTTGCAACAGAACCTCCTAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATAT < 1:1646399/90‑1 AACTTTGCAACAGAACCTCCTAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATAT > 1:1582525/1‑91 AACTTTGCAACAGAACCTCCTAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATAT > 1:279473/1‑91 AACTTTGCAACAGAACCTCCTAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATAT > 1:279823/1‑91 AACTTTGCAACAGAACCTCCTAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATAT > 1:949073/1‑91 AACTTTGCAACAGAACCTCCTAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATAT < 1:2532701/91‑1 AACTTTGCAACAGAACCTCCTAACTGTATTACCACCTTAAAAGTACTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATAT > 1:78844/1‑91 ACTTTGCAACAGAACCTCCTAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGTACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATC > 1:973540/1‑91 ACTTTGCAACAGAACCTCCTAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATC > 1:2969506/1‑91 ACTTTGCAACAGAACCTCCTAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATC > 1:1085127/1‑91 ACTTTGCAACAGAACCTCCTAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATC > 1:1809109/1‑91 ACTTTGCAACAGAACCTCCTAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATC > 1:2299333/1‑91 ACTTTGCAACAGAACCTCCTAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATC > 1:2856508/1‑91 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CP000731/17100‑17199‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatcatcaacaGGTCATATGATTATTGTTGATGATATGTGGTTAAACACTGCTGACGATTTAGGAAGTGCGTCTGCAACTACTTTTAAGGTGGTAATACAG < CP000731/17213‑17124 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |