| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 17199 | 253 (0.720) | 20 (0.070) | 11/138 | NT | 7.8% | intergenic (‑138/+109) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0021/USA300HOU_pUSA300HOUMR0023 | IS431 mec transposase/bacitracin ABC ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| ? | CP000731 | = 17213 | 254 (0.840) | intergenic (‑152/+95) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0021/USA300HOU_pUSA300HOUMR0023 | IS431 mec transposase/bacitracin ABC ATP binding cassette transporter, membrane protein | |||||
Only 100 of 393 total aligned reads displayed.
AACAGAACCTCCTAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCAAATTCTGTCAACCCTTCAACTACACCTAAAATAAATGCTTTAATCTGCTCTATAAAA > CP000731/17109‑17289 | aGAACCTCCTAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACaata < 1:2993894/91‑1 (MQ=255) gAACCTCCTAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACaataa < 1:3609204/91‑1 (MQ=255) gAACCTCCTAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACaataa < 1:1963090/91‑1 (MQ=255) gAACCTCCTAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACaataa > 1:1348843/1‑91 (MQ=255) aaCCTCCTAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACaataat > 1:2713120/1‑91 (MQ=255) aCCTCCTAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATc > 1:1722927/1‑91 (MQ=255) tcctAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCata < 1:2361843/91‑1 (MQ=255) cctAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCatat > 1:2517189/1‑91 (MQ=255) cctAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCatat > 1:2598602/1‑91 (MQ=255) cctAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCatat > 1:1829718/1‑91 (MQ=255) ctAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATg < 1:370625/91‑1 (MQ=255) tAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGa < 1:401587/91‑1 (MQ=255) tAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGa > 1:501592/1‑91 (MQ=255) aaCTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGAc > 1:892761/1‑91 (MQ=255) 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aTTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAggtcatatgattattgttg < 1:2759103‑M1/91‑20 (MQ=255) aTTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCtgttg < 1:977286‑M2/91‑6 (MQ=255) tACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAggtcatatgattattgttgat < 1:1570636‑M1/91‑22 (MQ=255) tACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCtgttgat < 1:1740378‑M2/91‑8 (MQ=255) tACCACATTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAGCCACATATCATCAACAATAATCATATGACCtgttgat > 1:3508025‑M2/1‑84 (MQ=255) accaccTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCtgttgatg < 1:3040620‑M2/91‑9 (MQ=255) accaccTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCtgttgatg > 1:3959811‑M2/1‑83 (MQ=255) aaaaGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGa < 1:2680734/91‑1 (MQ=255) aaaaGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGa < 1:2113972/91‑1 (MQ=255) aaGTAGTTGCAGACGTACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGc > 1:3540042/1‑91 (MQ=255) aaGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGc > 1:836755/1‑91 (MQ=255) agtagtTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCa > 1:3429458/1‑91 (MQ=255) agtagtTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCa < 1:1929983/91‑1 (MQ=255) tagtTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCaaa > 1:1080825/1‑91 (MQ=255) tagtTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCaaa > 1:1883607/1‑91 (MQ=255) tagtTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCaaa < 1:3107001/91‑1 (MQ=255) ttGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCAAATTc < 1:4032473/91‑1 (MQ=255) ttGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCAAATTc > 1:599250/1‑91 (MQ=255) tGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCAAATTCt > 1:813218/1‑91 (MQ=255) tGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTCAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCAAATTCt < 1:3676162/91‑1 (MQ=255) gCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCAAATTCTg < 1:3843298/91‑1 (MQ=255) cAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCAAATTCTGt > 1:1014483/1‑91 (MQ=255) gACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCAAATTCTGTCa > 1:2194308/1‑91 (MQ=255) gACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCAAATTCTGTCa > 1:780382/1‑91 (MQ=255) 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cTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCAAATCCTGTCAACCCtt < 1:3183257/91‑1 (MQ=255) ttCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCAAATTCTGTCAACCCTTc > 1:2655512/1‑91 (MQ=255) cTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCAAATTCTGTCAACCCTTCAAc > 1:1773772/1‑91 (MQ=255) aaaTCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCAAATTCTGTCAACCCTTCAACTa > 1:2897605/1‑91 (MQ=255) aaaTCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCAAATTCTGTCAACCCTTCAACTa < 1:392078/91‑1 (MQ=255) aTCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCtgttgatgatatgtggttaaacactgctgacgatttaggaagt < 1:1044242‑M2/91‑44 (MQ=255) tCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCAAATTCTGTCAACCCTTCAACTacac < 1:2228957/91‑1 (MQ=255) tCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCAAATTCTGTCAACCCTTCAACTacac > 1:2020237/1‑91 (MQ=255) 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catcaACAggtcatatgattattgttgatgatatgtggttaaacactgctgacgatttaggaagtgcgtctgcaactacttttaaggtggt > 1:2764811‑M1/1‑8 (MQ=255) catcaACAggtcatatgattattgttgatgatatgtggttaaacactgctgacgatttaggaagtgcgtctgcaactacttttaaggtggt < 1:2374024‑M1/91‑84 (MQ=255) atcaACAATAATCATATGACCtgttgatgatatgtggttaaacactgctgacgatttaggaagtgcgtctgcaactacttttaaggtggta < 1:1699061‑M2/91‑71 (MQ=255) tcaACAggtcatatgattattgttgatgatatgtggttaaacactgctgacgatttaggaagtgcgtctgcaactacttttaaggtggtaa > 1:29214‑M1/1‑6 (MQ=255) tcaACAATAATCATATGACCtgttgatgatatgtggttaaacactgctgacgatttaggaagtgcgtctgcaactacttttaaggtggtaa < 1:874031‑M2/91‑72 (MQ=255) caacaaTAATCATATGACCtgttgatgatatgtggttaaacactgctgacgatttaggaagtgcgtctgcaactacttttaaggtggtaat < 1:614328‑M2/91‑73 (MQ=255) caACAggtcatatgattattgttgatgatatgtggttaaacactgctgacgatttaggaagtgcgtctgcaactacttttaaggtggtaat < 1:91496‑M1/91‑87 (MQ=255) caACAggtcatatgattattgttgatgatatgtggttaaacactgctgacgatttaggaagtgcgtctgcaactacttttaaggtggtaat > 1:2152063‑M1/1‑5 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |