| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 17565 | 310 (0.880) | 16 (0.050) | 10/146 | NT | 5.5% | coding (481/738 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0023 | bacitracin ABC ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| ? | CP000731 | = 17593 | 265 (0.830) | coding (453/738 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0023 | bacitracin ABC ATP binding cassette transporter, membrane protein | |||||
CAGAATTAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000731/17469‑17565‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttattggCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATTATTTTGTCGATATATTTTAAAAATTATGTTCCCACAATTGTTTTAACCATAAT < CP000731/17593‑17504 CAGAATTAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAAT < 1:1384678/91‑1CAGAATTAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAAT < 1:1384742/91‑1CAGAATTAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAAT < 1:1385149/91‑1CAGAATTAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAAT < 1:291630/91‑1CAGAATTAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAAT > 1:3147109/1‑91CAGAATTAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAAT > 1:661947/1‑91CAGAATTAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAAT > 1:3147223/1‑91CAGAATTAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAAT < 1:4051580/91‑1CAGAATTAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAAT > 1:3148957/1‑91 AGAATTAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATGATT > 1:3266208/1‑91 AGAATTAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATT > 1:1281554/1‑91 AGAATTAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATT < 1:2268237/91‑1 AGAATTAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATT > 1:484606/1‑91 AGAATTAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATT < 1:4034181/91‑1 AGAATTAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGCTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATT > 1:3600868/1‑91 AATTAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTAT < 1:557118/91‑1 ATTAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATT < 1:3494028/91‑1 ATTAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATT < 1:202136/91‑1 ATTAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATT < 1:219128/91‑1 TTAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTG > 1:763483/1‑91 TTAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTG < 1:2200116/91‑1 TAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGG > 1:316547/1‑91 TAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGG < 1:2823134/91‑1 TAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGG < 1:73787/91‑1 TAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGG > 1:2836277/1‑91 TAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGG < 1:793482/91‑1 TAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGG > 1:1574056/1‑91 TAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGG > 1:1576118/1‑91 TAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGG < 1:1857171/91‑1 TAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGG > 1:1875596/1‑91 GTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGCGGAGTGTTATTATGGATATTAT < 1:1976704/91‑1 TAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATC < 1:2140151/91‑1 TAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATC < 1:2140170/91‑1 TTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCC < 1:2055938/91‑1 TTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCC < 1:2055906/91‑1 TTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCC < 1:2057732/91‑1 ATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCAC < 1:4067136/91‑1 ATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCAC < 1:4067116/91‑1 TGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAAT < 1:3086239/91‑1 GGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATA < 1:3713330/91‑1 GTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAA < 1:1789143/91‑1 GTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAA < 1:2222787/91‑1 GTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAA < 1:2222803/91‑1 TTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAAT < 1:1403844/91‑1 TAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATT < 1:303483/91‑1 AAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATTA < 1:553061/91‑1 TTATTGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATTATTTTGTCGATATATTTTAAAAATTATGTTCCCACAATTGTTTTAAC > 1:3983735/1‑91 TTATTGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATTATTTTGTCGATATATTTTAAAAATTATGTTCCCACAATTGTTTTAAC > 1:2359389/1‑91 TTATTGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATTATTTTGTCGATATATTTTAAAAATTATGTTCCCACAATTGTTTTAAC > 1:996494/1‑91 TATTGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATTATTTTGTCGATATATTTTAAAAATTATGTTCCCACAATTGTTTTAACC > 1:3086612/1‑91 ATTGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATTATTTTGTCGATATATTTTAAAAATTATGTTCCCACAATTGTTTTAACCA < 1:1746173/91‑1 ATTGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATTATTTTGTCGATATATTTTAAAAATTATGTTCCCACAATTGTTTTAACCA > 1:3406478/1‑91 ATTGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATTATTTTGTCGATATATTTTAAAAATTATGTTCCCACAATTGTTTTAACCA > 1:1551410/1‑91 TTGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATTATTTTGTCGATATATTTTAAAAATTATGTTCCCACAATTGTTTTAACCAT > 1:1498713/1‑91 TTGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATTATTTTGTCGATATATTTTAAAAATTATGTTCCCACAATTGTTTTAACCAT > 1:1498342/1‑91 TTGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATTATTTTGTCGATATATTTTAAAAATTATGTTCCCACAATTGTTTTAACCAT < 1:469119/91‑1 TTGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATTATTTTGTCGATATATTTTAAAAATTATGTTCCCACAATTGTTTTAACCAT < 1:468859/91‑1 TTGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATTATTGTGTCGATATATTTTAAAAATTATGTTCCCACAATTGTTTTAACCAT < 1:3307147/91‑1 TGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATTATTTTGTCGATATATTTTAAAAATTATGTTCCCACAATTGTTTTAACCATA < 1:3019999/91‑1 TGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATTATTTTGTCGATATATTTTAAAAATTATGTTCCCACAATTGTTTTAACCATA > 1:2762731/1‑91 TGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATTATTTTGTCGATATATTTTAAAAATTATGTTCCCACAATTGTTTTAACCATA < 1:3020009/91‑1 TGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATTATTTTGTCGATATATTTTAAAAATTATGTTCCCACAATTGTTTTAACCATA < 1:3020052/91‑1 TGGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATTATTTTGTCGATATATTTTAAAAATTATGTTCCCACAATTGTCTTAACTATA > 1:3729854/1‑91 GGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATTATTTTGTCGATATATTTTAAAAATTATGTTCCCACAATTGTTTTAACCATAA < 1:2140075/91‑1 GGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATTATTTTGTCGATATATTTTAAAAATTATGTTCCCACAATTGTTTTAACCATAA < 1:388489/91‑1 GGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATTATTTTGTCGATATATTTTAAAAATTATGTTCCCACAATTGTTTTAACCATAA > 1:2763608/1‑91 GGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATTATTTTGTCGATATATTTTAAAAATTATGTTCCCACAATTGTTTTAACCATAA < 1:3115875/91‑1 GGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATTATTTTGTCGATATATTTTAAAAATTATGTTCCCACAATTGTTTTAACCATAA > 1:1507338/1‑91 GGCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATTATTTTGTCGATATATTTTAAAAATTATGTTCCCACAATTGTTTTAACCATAA > 1:2762729/1‑91 GCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATTATTTTGTCGATATATTTTAAAAATTATGTTCCCACAATTGTTTTAACCATAAT < 1:1157833/91‑1 GCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATTATTTTGTCGATATATTTTAAAAATTATGTTCCCACAATTGTTTTAACCATAAT < 1:2394422/91‑1 GCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATTATTTTGTCGATATATTTTAAAAATTATGTTCCCACAATTGTTTTAACCATAAT < 1:1502282/91‑1 GCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATTATTTTGTCGATATATTTTAAAAATTATGTTCCCACAATTGTTTTAACCATAAT < 1:1947696/91‑1 GCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATTATTTTGTCGATATATTTTAAAAATTATGTTCCCACAATTGTTTTAACCATAAT > 1:1850198/1‑91 CAGAATTAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000731/17469‑17565‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttattggCGGAGTGTTATTATGGATATTATCTCCACCAATAATTATTTTGTCGATATATTTTAAAAATTATGTTCCCACAATTGTTTTAACCATAAT < CP000731/17593‑17504 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |