New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000731 | = 17565 | 310 (0.880) | 16 (0.050) | 10/146 | NT | 5.5% | coding (481/738 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0023 | bacitracin ABC ATP binding cassette transporter, membrane protein |
? | CP000731 | = 17593 | 265 (0.830) | coding (453/738 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0023 | bacitracin ABC ATP binding cassette transporter, membrane protein |
Only 100 of 385 total aligned reads displayed.
TATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAGCATACCTAGCATTAAAGTTAGCAAC > CP000731/17503‑17683 | tattatGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCg > 1:3884443/1‑91 (MQ=255) attatGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGc < 1:1947696‑M2/91‑2 (MQ=255) attatGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGc > 1:1850198‑M2/1‑90 (MQ=255) ttatGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGcc > 1:2763608‑M2/1‑89 (MQ=255) tatGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGcca < 1:3020009‑M2/91‑4 (MQ=255) atGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGccaa < 1:469119‑M2/91‑5 (MQ=255) atGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGccaa > 1:1498713‑M2/1‑87 (MQ=255) attttcaagggttaagccagagtttaataattgattcattctttacatttgTTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAAt > 1:1822036‑M1/52‑91 (MQ=255) ggTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGccaata > 1:3086612‑M2/1‑85 (MQ=255) gTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGccaataa > 1:3983735‑M2/1‑84 (MQ=255) ttAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCGAATAAc < 1:3224001/91‑1 (MQ=255) ttAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAAc < 1:3808822/91‑1 (MQ=255) ttAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAAc < 1:483000/91‑1 (MQ=255) tAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACa > 1:3803053/1‑91 (MQ=255) aaaaCAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGCCAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACaa > 1:3508806/1‑91 (MQ=255) aaaCAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACaaa > 1:2201174/1‑91 (MQ=255) cAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGt < 1:352315/91‑1 (MQ=255) aaTTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTa < 1:1274396/91‑1 (MQ=255) aTTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAGTAACAAATGTaa < 1:3196181/91‑1 (MQ=255) aTTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTaa < 1:624158/91‑1 (MQ=255) aTTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTaa > 1:4110838/1‑91 (MQ=255) tgGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAgaa > 1:342006/1‑91 (MQ=255) gggAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAgaat < 1:3467753/91‑1 (MQ=255) gggAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAgaat > 1:1907394/1‑91 (MQ=255) gAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAgaatga > 1:2706953/1‑91 (MQ=255) aCATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAgaatgaat < 1:2827999/91‑1 (MQ=255) aCATAATTTTTAAAATAGATCGACAAAATAATGATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAgaatgaat < 1:3550167/91‑1 (MQ=255) cATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATc > 1:2342454/1‑91 (MQ=255) aTAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCa < 1:450702/91‑1 (MQ=255) tAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCaa > 1:2958977/1‑91 (MQ=255) aaTTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAat > 1:1372864/1‑91 (MQ=255) aaTTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAat > 1:3815537/1‑91 (MQ=255) aTTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAatt > 1:3400079/1‑91 (MQ=255) aTTTTTAAAATATATCGACAAAATAATGATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCGATAACAAATGTAAAGAATGAATCAatt < 1:495286/91‑1 (MQ=255) tttttAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAatta < 1:4046373/91‑1 (MQ=255) ttttAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAattat < 1:3692933/91‑1 (MQ=255) ttttAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAattat > 1:1525849/1‑91 (MQ=255) tttAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAattatt > 1:3140839/1‑91 (MQ=255) tttAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAattatt < 1:796871/91‑1 (MQ=255) tttAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAattatt < 1:1992915/91‑1 (MQ=255) ttAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAAttatta < 1:1315516/91‑1 (MQ=255) aaaaTATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTaaa > 1:2291332/1‑91 (MQ=255) aaTATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAAct < 1:2489162/91‑1 (MQ=255) tatatCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAActct < 1:2531784/91‑1 (MQ=255) atatCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTg < 1:4133777/91‑1 (MQ=255) atatCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTg < 1:9597/91‑1 (MQ=255) tatCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTgg < 1:2427347/91‑1 (MQ=255) tatCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTgg < 1:3285254/91‑1 (MQ=255) atCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGc < 1:1228520/91‑1 (MQ=255) cGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCtt < 1:2365641/91‑1 (MQ=255) cAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAAc < 1:612862/91‑1 (MQ=255) aaaaTAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAAcc < 1:3120067/91‑1 (MQ=255) aaaaTAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAAcc < 1:2348428/91‑1 (MQ=255) aaaTAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAAccc < 1:377973/91‑1 (MQ=255) aaaTAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAAccc < 1:760134/91‑1 (MQ=255) aaaTAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAAGAACACTCCGCCAGTAACAAATGTAAGGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAAccc < 1:3312494/91‑1 (MQ=255) aataatTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCt < 1:3430222/91‑1 (MQ=255) taatTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTg < 1:848060/91‑1 (MQ=255) ttattGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGccaataattattttgtcgatatattttaaaaattatgttcccacaattgttttaac < 1:2222803‑M2/91‑57 (MQ=255) TTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGaaa < 1:169804‑M1/91‑1 (MQ=255) TGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGc > 1:1893903‑M1/1‑91 (MQ=255) TGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGc > 1:532292‑M1/1‑91 (MQ=255) TGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCAAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGc > 1:2557379‑M1/1‑91 (MQ=255) GGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCa > 1:1639757‑M1/1‑91 (MQ=255) gtggAGATAATATCCATAATAACACTCCGccaataattattttgtcgatatattttaaaaattatgttcccacaattgttttaaccataat < 1:4067116‑M2/91‑63 (MQ=255) GTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCaa > 1:1247909‑M1/1‑91 (MQ=255) tggAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAAt > 1:356617/1‑91 (MQ=255) ggAGATAATATCCATAATAACACTCCGccaataattattttgtcgatatattttaaaaattatgttcccacaattgttttaaccataataa < 1:2057732‑M2/91‑65 (MQ=255) gagaTAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAg < 1:2094720/91‑1 (MQ=255) agaTAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAGc < 1:3392636/91‑1 (MQ=255) gaTAATATCCATAATAACACTCCGccaataattattttgtcgatatattttaaaaattatgttcccacaattgttttaaccataataatta < 1:2140170‑M2/91‑68 (MQ=255) taataTCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAGCATa < 1:965560/91‑1 (MQ=255) taataTCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAGCATa > 1:1577842/1‑91 (MQ=255) atatCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAGCATAcc > 1:3053144/1‑91 (MQ=255) atatCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAGCATAcc > 1:657405/1‑91 (MQ=255) atatCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAGCATAcc > 1:3892796/1‑91 (MQ=255) tatCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAGCATACCt < 1:364305/91‑1 (MQ=255) tatCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAGCATACCt < 1:1787237/91‑1 (MQ=255) tatCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAGCATACCt < 1:2331875/91‑1 (MQ=255) atCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAGCATACCTa > 1:567244/1‑91 (MQ=255) tCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAGCATACCTAg < 1:1076978/91‑1 (MQ=255) ccATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAGCATACCTAGc < 1:1051295/91‑1 (MQ=255) taataaCACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAGCATACCTAGCAtt < 1:2256928/91‑1 (MQ=255) aataaCACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAGCATACCTAGCATTa < 1:1181067/91‑1 (MQ=255) aataaCACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAGCATACCTAGCATTa < 1:2890131/91‑1 (MQ=255) aaCACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGANAATGCAATNGCATACCTAGCATTAAAg < 1:3370517/91‑1 (MQ=255) acacTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAGCATACCTAGCATTAAAGt < 1:143414/91‑1 (MQ=255) acTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAGCATACCTAGCATTAAAGTTa > 1:1331521/1‑91 (MQ=255) acTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAGCATACCTAGCATTAAAGTTa < 1:660463/91‑1 (MQ=255) cTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAGCATACCTAGCATTAAAGTTAg > 1:301054/1‑91 (MQ=255) cTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAGCATACCTAGCATTAAAGTTAg < 1:3722289/91‑1 (MQ=255) cTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAGCATACCTAGCATTAAAGTTAg > 1:512500/1‑91 (MQ=255) tCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAGCATACCTAGCATTAAAGTTAGc > 1:1754206/1‑91 (MQ=255) tCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAGCATACCTAGCATTAAAGTTAGc < 1:2234756/91‑1 (MQ=255) ccGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAGCATACCTAGCATTAAAGTTAGCa > 1:2604301/1‑91 (MQ=255) ccGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAGCATACCTAGCATTAAAGTTAGCa > 1:3833960/1‑91 (MQ=255) ccGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAGCATACCTAGCATTAAAGTTAGCa > 1:2047648/1‑91 (MQ=255) ccGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAGCATACCTAGCATTAAAGTTAGCa < 1:2879936/91‑1 (MQ=255) gCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAGCATACCTAGCATTAAAGTTAGCAAc < 1:295407/91‑1 (MQ=255) gCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAGCATACCTAGCATTAAAGTTAGCAAc > 1:1400386/1‑91 (MQ=255) | TATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAATAGCATACCTAGCATTAAAGTTAGCAAC > CP000731/17503‑17683 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |