| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 17565 | 310 (0.880) | 16 (0.050) | 10/146 | NT | 5.5% | coding (481/738 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0023 | bacitracin ABC ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| ? | CP000731 | = 17593 | 265 (0.830) | coding (453/738 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0023 | bacitracin ABC ATP binding cassette transporter, membrane protein | |||||
Only 100 of 481 total aligned reads displayed.
TAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAA > CP000731/17475‑17655 | tAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGG < 1:793482‑M1/91‑1 (MQ=255)ggttgctaactttaatgctaggtatgctattgcattttcaagggttaagccagagtttaataattgattcattctttacatttgTTATtgg < 1:214346‑M1/7‑1 (MQ=255)ggttgctaactttaatgctaggtatgctattgcattttcaagggttaagccagagtttaataattgattcattctttacatttgTTATtgg < 1:3703882‑M1/7‑1 (MQ=255) aGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATtggt > 1:1040487/1‑91 (MQ=255) aGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATtggt > 1:252108/1‑91 (MQ=255) aGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATtggt > 1:2534669/1‑91 (MQ=255) aGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATtggt > 1:1495213/1‑91 (MQ=255) gCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATtggtg > 1:832328/1‑91 (MQ=255) aGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGga < 1:1104777/91‑1 (MQ=255) aGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGga < 1:288845/91‑1 (MQ=255) gTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGgag < 1:391137/91‑1 (MQ=255) gTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGgag < 1:2748205/91‑1 (MQ=255) tCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGgaga < 1:3967536/91‑1 (MQ=255) cATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGat < 1:2463764/91‑1 (MQ=255) aTTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGata > 1:2354063/1‑91 (MQ=255) ttAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGataa < 1:1278756/91‑1 (MQ=255) tAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGataat < 1:3163602/91‑1 (MQ=255) aaaTTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGataata < 1:2612392/91‑1 (MQ=255) aaTTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAatat > 1:3985576/1‑91 (MQ=255) aaTTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAatat < 1:430628/91‑1 (MQ=255) aaTTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAatat < 1:2443219/91‑1 (MQ=255) tttATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATcc < 1:3424368/91‑1 (MQ=255) tttATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATcc < 1:284949/91‑1 (MQ=255) aTCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCata < 1:2555446/91‑1 (MQ=255) tCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCataa > 1:987624/1‑91 (MQ=255) aaaGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCataata < 1:2691578/91‑1 (MQ=255) aaaGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCataata < 1:1408225/91‑1 (MQ=255) aaGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCAtaataa > 1:1782879/1‑91 (MQ=255) aaGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCAtaataa < 1:551989/91‑1 (MQ=255) aaGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCAtaataa > 1:497354/1‑91 (MQ=255) aaGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCAtaataa > 1:3659978/1‑91 (MQ=255) aGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAac < 1:3821277/91‑1 (MQ=255) gTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGcggagtgttattatggatattat < 1:1976704‑M1/91‑24 (MQ=255) aaTTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACt < 1:584440/91‑1 (MQ=255) aaTTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACt > 1:3257338/1‑91 (MQ=255) attattATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATATTAACACTc < 1:1376739/91‑1 (MQ=255) tattatGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCg > 1:3884572/1‑91 (MQ=255) attatGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGcggagtgttattatggatattatctccac < 1:4067136‑M1/91‑30 (MQ=255) ttatGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGcc > 1:1507338‑M2/1‑89 (MQ=255) tatGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGcca < 1:3020009‑M2/91‑4 (MQ=255) atGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACACAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGccaa < 1:3307147‑M2/91‑5 (MQ=255) atGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGccaa > 1:1498713‑M2/1‑87 (MQ=255) attttcaagggttaagccagagtttaataattgattcattctttacatttgTTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAAt > 1:1822036‑M1/52‑91 (MQ=255) ggTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGccaata > 1:3086612‑M2/1‑85 (MQ=255) gTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGcggagtgttattatggatattatctccaccaataa < 1:2222787‑M1/91‑36 (MQ=255) ttcaagggttaagccagagtttaataattgattcattctttacatttgTTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAAc > 1:3053343‑M1/49‑91 (MQ=255) ttAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAAc < 1:3808246/91‑1 (MQ=255) ttAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAAc < 1:3012143/91‑1 (MQ=255) aaaaCAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGCCAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACaa > 1:3509287/1‑91 (MQ=255) aaaaCAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACaa > 1:96523/1‑91 (MQ=255) aaaCAATTGTGGGAACATAATATTTAAAATATAACGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAAAATCCATAATAACACTCCGCCAATAACaaa > 1:1339439/1‑91 (MQ=255) aCAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATg < 1:3484548/91‑1 (MQ=255) cAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATATCAAATGt > 1:2073814/1‑91 (MQ=255) aaTTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTa < 1:472628/91‑1 (MQ=255) aTTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAGTAACAAATGTaa < 1:3196181/91‑1 (MQ=255) aTTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTaa > 1:4110838/1‑91 (MQ=255) aTTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTaa < 1:2049297/91‑1 (MQ=255) ttGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTaaa > 1:1448627/1‑91 (MQ=255) tgtgGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAg < 1:2187059/91‑1 (MQ=255) gtgGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAga > 1:712685/1‑91 (MQ=255) gtgGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAga > 1:659771/1‑91 (MQ=255) tgGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAgaa < 1:1924999/91‑1 (MQ=255) gggAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAgaat > 1:2336579/1‑91 (MQ=255) aaCATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAgaatgaa > 1:3570107/1‑91 (MQ=255) aCATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAgaatgaat < 1:3407533/91‑1 (MQ=255) aTAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAGCAAATGTAAAGAATGAATCa < 1:517322/91‑1 (MQ=255) tAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCaa > 1:2963918/1‑91 (MQ=255) aaTTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAGTAACAAATGTAAAGAATGAATCAat > 1:3853547/1‑91 (MQ=255) aaTTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAat > 1:2809183/1‑91 (MQ=255) aTTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAatt > 1:3399738/1‑91 (MQ=255) aTTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAatt > 1:621168/1‑91 (MQ=255) aTTTTTAAAATATATAGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAatt > 1:3533610/1‑91 (MQ=255) tttttAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAatta > 1:1561230/1‑91 (MQ=255) tttttAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAatta < 1:4046373/91‑1 (MQ=255) tttAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAattatt < 1:3123231/91‑1 (MQ=255) tttAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAattatt < 1:1870358/91‑1 (MQ=255) aaTATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAAct < 1:2238832/91‑1 (MQ=255) atatatCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAActc > 1:2295915/1‑91 (MQ=255) tatatCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAActct < 1:3322391/91‑1 (MQ=255) atatCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTg < 1:46791/91‑1 (MQ=255) aCAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTaa < 1:1900073/91‑1 (MQ=255) aaaaTAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAAcc < 1:1849517/91‑1 (MQ=255) aaaTAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAAccc < 1:1191606/91‑1 (MQ=255) aaaTAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAAccc < 1:3787527/91‑1 (MQ=255) ataatTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCtt < 1:2228107/91‑1 (MQ=255) taatTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTg < 1:2829920/91‑1 (MQ=255) taatTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTg > 1:1642743/1‑91 (MQ=255) aatTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGa < 1:3749666/91‑1 (MQ=255) TTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGaaa < 1:169804‑M1/91‑1 (MQ=255) attGGcggagtgttattatggatattatctccaccaataattattttgtcgatatattttaaaaattatgttcccacaattgttttaacca < 1:1746173‑M1/91‑87 (MQ=255) TGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGc > 1:2954822‑M1/1‑91 (MQ=255) TGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCAAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGc > 1:3454031‑M1/1‑91 (MQ=255) ggcggagtgttattatggatattatctccaccaataattattttgtcgatatattttaaaaattatgttcccacaattgttttaaccataa > 1:2763608‑M1/1‑2 (MQ=255) ggcggagtgttattatggatattatctccaccaataattattttgtcgatatattttaaaaattatgttcccacaattgttttaaccataa < 1:2140075‑M1/91‑90 (MQ=255) GGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCa > 1:338282‑M1/1‑91 (MQ=255) GGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCa > 1:905417‑M1/1‑91 (MQ=255) GGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCa > 1:1580446‑M1/1‑91 (MQ=255) gcggagtgttattatggatattatctccaccaataattattttgtcgatatattttaaaaattatgttcccacaattgttttaaccataat < 1:2394422‑M1/91‑91 (MQ=255) gcggagtgttattatggatattatctccaccaataattattttgtcgatatattttaaaaattatgttcccacaattgttttaaccataat < 1:1157833‑M1/91‑91 (MQ=255) GTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCaa > 1:1247909‑M1/1‑91 (MQ=255) | TAGCAGTCATTAAATTTATCAAAGTAATTATTATGGTTAAAACAATTGTGGGAACATAATTTTTAAAATATATCGACAAAATAATTATTGGTGGAGATAATATCCATAATAACACTCCGCCAATAACAAATGTAAAGAATGAATCAATTATTAAACTCTGGCTTAACCCTTGAAAATGCAA > CP000731/17475‑17655 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |