| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 22935 = | 341 (0.970) | 20 (0.060) | 10/146 | NT | 6.6% | coding (1392/1467 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0028 | macrolide transporter |
| ? | CP000731 | 22963 = | 253 (0.790) | coding (1420/1467 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0028 | macrolide transporter | |||||
ATATAAATTAGTGTATAGTTTTTAAGTTATATCATGAAGAGATTGTCCTGTTAATTCCCATTTTTTATCTGATACATGTTTAACAAACCTTGTATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000731/23031‑22935‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgtatcaGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCATTTATA > CP000731/22963‑23052 ATATAAATTAGTGTATAGTTTTTAAGTTATATCATGAAGAGATTGTCCTGTTAATTCCCATTTTTTATCTGATACATGTTTAACAAACCTT > 1:4097514/1‑91ATATAAATTAGTGTATAGTTTTTAAGTTATATCATGAAGAGATTGTCCTGTTAATTCCCATTTTTTATCTGATACATGTTTAACAAACCTT < 1:3942933/91‑1ATATAAATTAGTGTATAGTTTTTAAGTTATATCATGAAGAGATTGTCCTGTTAATTCCCATTTTTTATCTGATACATGTTTAACAAACCTT > 1:442640/1‑91ATATAAATTAGTGTATAGTTTTTAAGTTATATCATGAAGAGATTGTCCTGTTAATTCCCATTTTTTATCTGATACATGTTTAACAAACCTT > 1:1578890/1‑91ATATAAATTAGTGTATAGTTTTTAAGTTATATCATGAAGAGATTGTCCTGTTAATTCCCATTTTTTATCTGATACATGTTTAACAAACCTT < 1:3894934/91‑1 TATAAATTAGTGTATAGTTTTTAAGTTATTTCATGAAGAGATTGTCCTGTTAATTCCCATTTTTTATCTGATACATGTTTAACAAACCTTG < 1:1035549/91‑1 TATAAATTAGTGTATAGTTTTTAAGTTATATCATGAAGAGATTGTCCTGTTAATTCCCATTTTTTATCTGATACATGTTTAACAAACCTTG < 1:3803174/91‑1 TATAAATTAGTGTATAGTTTTTAAGTTATATCATGAAGAGATTGTCCTGTTAATTCCCATTTTTTATCTGATACATGTTTAACAAACCTTG > 1:3527421/1‑91 TATAAATTAGTGTATAGTTTTTAAGTTATATCATGAAGAGATTGTCCTGTTAATTCCCATTTTTTATCTGATACATGTTTAACAAACCTTG < 1:515004/91‑1 TATAAATTAGTGTATAGTTTTTAAGTTATATCATGAAGAGATTGTCCTGTTAATTCCCATTTTTTATCTGATACATGTTTAACAAACCTTG < 1:514957/91‑1 TATAAATTAGTGTATAGTTTTGAAGTTATATCATGAAGAGATTGTCCTGTTAATTCCCATTTTTTATCTGATACATGTTTAACAAACCTTG < 1:1353145/91‑1 ATAAATTAGTGTATAGTTTTTAAGTTATATCATGAAGAGATTGTCCTGTTAATTCCCATTTTTTATCTGATACATGTTTAACAAACCTTGT > 1:1846451/1‑91 ATAAATTAGTGTATAGTTTTTAAGTTATATCATGAAGAGATTGTCCTGTTAATTCCCATTTTTTATCTGATACATGTTTAACAAACCTTGT > 1:3058742/1‑91 ATAAATTAGTGTATAGTTTTTAAGTTATATCATGAAGAGATTGTCCTGTTAATTCCCATTTTTTATCTGATACATGTTTAACAAACCTTGT < 1:415041/91‑1 ATAAATTAGTGTATAGTTTTTAAGTTATATCATGAAGAGATTGTCCTGTTAATTCCCATTTTTTATCTGATACATGTTTAACAAACCTTGT < 1:3117765/91‑1 TAAATTAGTGTATAGTTTTTAAGTTATATCATGAAGAGATTGTCCTGTTAATTCCCATTTTTTATCTGATACATGTTTAACAAACCTTGTA < 1:3519250/91‑1 TAAATTAGTGTATAGTTTTTAAGTTATATCATGAAGAGATTGTCCTGTTAATTCCCATTTTTTATCTGATACATGTTTAACAAACCTTGTA < 1:520427/91‑1 AAATTAGTGTATAGTTTTTAAGTTATATCATGAAGAGATTGTCCTGTTAATTCCCATTTTTTATCTGATACATGTTTAACAAACCTTGTAT < 1:2374056/91‑1 AAATTAGTGTATAGTTTTTAAGTTATATCATGAAGAGATTGTCCTGTTAATTCCCATTTTTTATCTGATACATGTTTAACAAACCTTGTAT < 1:3395130/91‑1 AAATTAGTGTATAGTTTTTAAGTTATATCATGAAGAGATTGTCCTGTTAATTCCCATTTTTTATCTGATACATGTTTAACAAACCTTGTAT < 1:4101374/91‑1 AAATTAGTGTATAGTTTTTAAGTTATATCATGAAGAGATTGTCCTGTTAATTCCCATTTTTTATCTGATACATGTTTAACAAACCTTGTAT < 1:979123/91‑1 AAATTAGTGTATAGTTTTTAAGTTATATCATGAAGAGATTGTCCTGTTAATTCCCATTTTTTATCTGATACATGTTTAACAAACCTTGTAT > 1:872640/1‑91 AAATTAGTGTATAGTTTTTAAGTTATATCATGAAGAGATTGTCCTGTTAATTCCCATTTTTTATCTGATACATGTTTAACAAACCTTGTAT < 1:75396/91‑1 AATTAGTGTATAGTTTTTAAGTTATATCATGAAGAGATTGTCCTGTTAATTCCCATTTTTTATCTGATACATGTTTAACAAACCTTGTAcc > 1:654650/1‑89 AATTAGTGTATAGTTTTTAAGTTATATCATGAAGAGATTGTCCTGTTAATTCCCATTTTTTATCTGATACATGTTTAACAAACCTTGTATC > 1:653980/1‑91 AATTAGTGTATAGTTTTTAAGTTATATCATGAAGAGATTGTCCTGTTAATTCCCATTTTTTATCTGATACATGTTTAACAAACCTTGTATC > 1:3416162/1‑91 AATTAGTGTATAGTTTTTAAGTTATATCATGAAGAGATTGTCCTGTTAATTCCCATTTTTTATCTGATACATGTTTAACAAACCTTGTATC < 1:3045321/91‑1 AATTAGTGTATAGTTTTTAAGTTATATCATGAAGAGATTGTCCTGTTAATTCCCATTTTTTATCTGATACATGTTTAACAAACCTTGTATC < 1:2895952/91‑1 AATTAGTGTATAGTTTTTAAGTTATATCATGAAGAGACTGTCCTGTTAATTCCCATTTTTTATCTCATACATGTTTAACAAACCTCGTATC > 1:3861861/1‑91 TATCTGATACATGTTTAACAAACCTTGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACAC > 1:2909007/1‑91 ATCTGATACATGTTTAACAAACCTTGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACT > 1:3086987/1‑91 ATCTGATACATGTTTAACAAACCTTGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACT > 1:3091053/1‑91 CTGATACATGTTTAACAAACCTTGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAA > 1:846218/1‑91 CTGATACATGTTTAACAAACCTTGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAA > 1:1142491/1‑91 CTGATACATGTTTAACAAACCTTGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAA > 1:2996177/1‑91 CTGATACATGTTTAACAAACCTTGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAA > 1:2997957/1‑91 TGATACATGTTTAACAAACCTTGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAAT > 1:3942105/1‑91 TGATACATGTTTAACAAACCTTGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAAT > 1:2655558/1‑91 TGATACATGTTTAACAAACCTTGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAAT > 1:3942349/1‑91 ACATGTTTAACAAACCTTGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTAT > 1:1038502/1‑91 ACATGTTTAACAAACCTTGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTAT > 1:1040257/1‑91 ACATGTTTAACAAACCTTGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTAT > 1:1067966/1‑91 CATGTTTAACAAACCTTGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATA > 1:836324/1‑91 ATGTTTAACAAACCTTGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATAT > 1:153516/1‑91 TGTTTAACAAACCTTGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATT > 1:1107745/1‑91 TGTTTAACAAACCTTGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATT > 1:2730531/1‑91 GTTTAACAAACCTTGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTG > 1:1164513/1‑91 AAACCTTGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTA > 1:276499/1‑91 AAACCTTGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTA > 1:276419/1‑91 TGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCA < 1:3475490/91‑1 TGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCA < 1:163961/91‑1 TGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCA < 1:164278/91‑1 GTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCAT > 1:2092489/1‑91 GTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCAT > 1:4084257/1‑91 GTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCAT > 1:3244535/1‑91 GTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCAT < 1:2866324/91‑1 TATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCATT > 1:2713957/1‑91 TATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCATT > 1:2136984/1‑91 TATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCATT > 1:951413/1‑91 TATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCATT > 1:3098900/1‑91 TATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCATT < 1:715924/91‑1 TATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCATT > 1:3882920/1‑91 TATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCATT > 1:3882892/1‑91 ATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCATTT > 1:973239/1‑91 TCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCATTTA > 1:2504249/1‑91 TCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCATTTA < 1:2743073/91‑1 TCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCATTTA > 1:3249370/1‑91 CAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTCGGTTCATTTAT > 1:3758957/1‑91 CAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCATTTAT > 1:1570522/1‑91 CAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCATTTAT > 1:1965274/1‑91 CAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCATTTAT > 1:1965689/1‑91 AGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCATTTATA > 1:539233/1‑91 AGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCATTTATA < 1:3915348/91‑1 AGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCATTTATA > 1:739773/1‑91 AGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCATTTATA < 1:187353/91‑1 AGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCATTTATA > 1:809551/1‑91 AGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCATTTATA > 1:2111654/1‑91 AGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCATTTATA > 1:3932365/1‑91 ATATAAATTAGTGTATAGTTTTTAAGTTATATCATGAAGAGATTGTCCTGTTAATTCCCATTTTTTATCTGATACATGTTTAACAAACCTTGTATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP000731/23031‑22935‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgtatcaGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCATTTATA > CP000731/22963‑23052 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |