New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000731 | 22935 = | 341 (0.970) | 20 (0.060) | 10/146 | NT | 6.6% | coding (1392/1467 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0028 | macrolide transporter |
? | CP000731 | 22963 = | 253 (0.790) | coding (1420/1467 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0028 | macrolide transporter |
Only 100 of 418 total aligned reads displayed.
TGAACCAACTAATTTTTTAGATATTAAAACATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAA > CP000731/22845‑23024 | tataaatgaacctaatattcaatataaattagtgtatagtttttaagttatatcatgaagagattgtcctgttaattcccattttttatct > 1:809551‑M1/91‑91 (MQ=255) tataaatgaacctaatattcaatataaattagtgtatagtttttaagttatatcatgaagagattgtcctgttaattcccattttttatct > 1:3932365‑M1/91‑91 (MQ=255) tGAACCAACTAATTTTTTAGATATTAAAACATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACAt < 1:3727479/91‑1 (MQ=255) tGAACCAACTAATTTTTTAGATATTAAAACATCAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACAt > 1:2527351/1‑91 (MQ=255) gAACCAACTAATTTTTTAGATATTAAAACATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATg > 1:3647437/1‑91 (MQ=255) ataaatgaacctaatattcaatataaattagtgtatagtttttaagttatatcatgaagagattgtcctgttaattcccattttttatcTg > 1:1965274‑M1/90‑91 (MQ=255) aaCCAACTAATTTTTTAGATATTAAAACATTAGCAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGa < 1:3405179/91‑1 (MQ=255) aaCCAACTAATTTTTTAGATATTAAAACATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGa < 1:2013526/91‑1 (MQ=255) aaCCAACTAATTTTTTAGATATTAAAACATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGa > 1:272446/1‑91 (MQ=255) aaatgaacctaatattcaatataaattagtgtatagtttttaagttatatcatgaagagattgtcctgttaattcccattttttatcTGAt > 1:973239‑M1/88‑91 (MQ=255) aatgaacctaatattcaatataaattagtgtatagtttttaagttatatcatgaagagattgtcctgttaattcccattttttatcTGATa > 1:2136984‑M1/87‑91 (MQ=255) cAACTAATTTTTTAGATATTAAAACATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATAc < 1:1603722/91‑1 (MQ=255) atgaacctaatattcaatataaattagtgtatagtttttaagttatatcatgaagagattgtcctgttaattcccattttttatcTGATAc < 1:2866324‑M1/6‑1 (MQ=255) atgaacctaatattcaatataaattagtgtatagtttttaagttatatcatgaagagattgtcctgttaattcccattttttatcTGATAc > 1:2092489‑M1/86‑91 (MQ=255) tgaacctaatattcaatataaattagtgtatagtttttaagttatatcatgaagagattgtcctgttaattcccattttttatcTGATACa < 1:164278‑M1/7‑1 (MQ=255) aaCTAATTTTTTAGATATTAAAACATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACa < 1:3746343/91‑1 (MQ=255) aaCTAATTTTTTAGATATTAAAACATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACa < 1:2244140/91‑1 (MQ=255) aCTAATTTTTTAGATATTAAAACATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATATaa > 1:4123880/1‑91 (MQ=255) cTAATTTTTTAGATATTAAAACATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAg > 1:2774415/1‑91 (MQ=255) cTAATTTTTTAGATATTAAAACATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAg > 1:2425872/1‑91 (MQ=255) cTAATTTTTTAGATATTAAAACATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAg > 1:1541034/1‑91 (MQ=255) tAATTTTTTAGATATTAAAACATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAgg > 1:3582682/1‑91 (MQ=255) tAATTTTTTAGATATTAAAACATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAgg < 1:1713825/91‑1 (MQ=255) tAATTTTTTAGATATTAAAACATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAgg < 1:521551/91‑1 (MQ=255) aaTTTTTTAGATATTAAAACATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAGTCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGt < 1:3333157/91‑1 (MQ=255) aTTTTTTAGATATTAAAACATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGtt < 1:3781834/91‑1 (MQ=255) ttttttAGATATTAAAACATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGACTAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGttt < 1:3294109/91‑1 (MQ=255) ttttttAGATATTAAAACATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGttt > 1:3158278/1‑91 (MQ=255) ttttttAGATATTAAAACATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGttt < 1:2833111/91‑1 (MQ=255) tttttAGATATTAAAACATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTg < 1:1183140/91‑1 (MQ=255) tttAGATATTAAAACATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGtt > 1:561323/1‑91 (MQ=255) aGATATTAAAACATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTaaa < 1:1080377/91‑1 (MQ=255) tataaattagtgtatagtttttaagttatatcatgaagagattgtcctgttaattcccattttttatcTGATACAAGGTTTGTTAAACATg > 1:836324‑M1/69‑91 (MQ=255) ttAAAACATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGt < 1:1131002/91‑1 (MQ=255) ataaattagtgtatagtttttaagttatatcatgaagagattgtcctgttaattcccattttttatcTGATACAAGGTTTGTTAAACATGt > 1:1038502‑M1/68‑91 (MQ=255) aaaaCATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTAt < 1:86599/91‑1 (MQ=255) attagtgtatagtttttaagttatatcatgaagagattgtcctgttaattcccattttttatcTGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCa > 1:3942349‑M1/64‑91 (MQ=255) aaCATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCa < 1:2754189/91‑1 (MQ=255) aCATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAg < 1:2602280/91‑1 (MQ=255) aCATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAg < 1:2887693/91‑1 (MQ=255) cATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGa > 1:2824014/1‑91 (MQ=255) aTTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGAt < 1:3893916/91‑1 (MQ=255) aTTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGAt < 1:4011931/91‑1 (MQ=255) aTTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGAt < 1:1914465/91‑1 (MQ=255) aTTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGAt < 1:481919/91‑1 (MQ=255) ttAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATa > 1:1220732/1‑91 (MQ=255) ttAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATa < 1:1759688/91‑1 (MQ=255) gtgtatagtttttaagttatatcatgaagagattgtcctgttaattcccattttttatcTGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATa > 1:2909007‑M1/60‑91 (MQ=255) gAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATaaaa < 1:900280/91‑1 (MQ=255) aaGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATaaaaa > 1:3118943/1‑91 (MQ=255) aaGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATaaaaa > 1:2464176/1‑91 (MQ=255) aGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATaaaaaa > 1:2102135/1‑91 (MQ=255) gCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAAt < 1:3792550/91‑1 (MQ=255) aTTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATgg < 1:2349646/91‑1 (MQ=255) aTTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATgg > 1:218489/1‑91 (MQ=255) tAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGa > 1:3056493/1‑91 (MQ=255) aTGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTaa < 1:404461/91‑1 (MQ=255) aTGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTaa < 1:2985160/91‑1 (MQ=255) tGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAAc > 1:3084379/1‑91 (MQ=255) tttATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAg < 1:728913/91‑1 (MQ=255) tttATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAg < 1:2302937/91‑1 (MQ=255) tATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGa < 1:2645516/91‑1 (MQ=255) tATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGa > 1:3670948/1‑91 (MQ=255) aTGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGAc > 1:651305/1‑91 (MQ=255) aTGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGAc < 1:1407781/91‑1 (MQ=255) tGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACa < 1:40375/91‑1 (MQ=255) tGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACa < 1:2674266/91‑1 (MQ=255) tGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACa < 1:3721983/91‑1 (MQ=255) gAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACaa < 1:1884331/91‑1 (MQ=255) gAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACaa < 1:454990/91‑1 (MQ=255) gAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACaa < 1:419518/91‑1 (MQ=255) aataaataTCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAAt > 1:1847555/1‑91 (MQ=255) aaataTCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAAtctc < 1:2366280/91‑1 (MQ=255) aaataTCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAAtctc < 1:3622898/91‑1 (MQ=255) aataTCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATctct < 1:1061685/91‑1 (MQ=255) tatCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTc > 1:1291752/1‑91 (MQ=255) tatCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTc < 1:1781234/91‑1 (MQ=255) atCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCa < 1:1107783/91‑1 (MQ=255) ccTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATg > 1:1160183/1‑91 (MQ=255) ggAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGata > 1:3021125/1‑91 (MQ=255) aTCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTACACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATaa > 1:3497303/1‑91 (MQ=255) tCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAAc < 1:3519639/91‑1 (MQ=255) cATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACt < 1:611141/91‑1 (MQ=255) aTTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACtt < 1:1592077/91‑1 (MQ=255) aTTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACtt < 1:743228/91‑1 (MQ=255) aTTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACtt < 1:2040162/91‑1 (MQ=255) aTTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACtt < 1:3257114/91‑1 (MQ=255) ttttGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTa > 1:1008618/1‑91 (MQ=255) tttGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTaa > 1:3246253/1‑91 (MQ=255) tttGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTaa > 1:1325267/1‑91 (MQ=255) ttGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTaaa < 1:3377574/91‑1 (MQ=255) ttGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTaaa > 1:4075327/1‑91 (MQ=255) ttGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAACGGGAATTAACAGGCCAATCTCTTCATGATATAACTTaaa > 1:3850754/1‑91 (MQ=255) ttACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACt > 1:2176090/1‑91 (MQ=255) tACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACta < 1:3482437/91‑1 (MQ=255) aTCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATac > 1:3455829/1‑91 (MQ=255) acaTGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACt < 1:3603830/91‑1 (MQ=255) acaTGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACt < 1:1466598/91‑1 (MQ=255) caTGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAATAACTATACACTa < 1:3204915/91‑1 (MQ=255) caTGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTa < 1:2735749/91‑1 (MQ=255) | TGAACCAACTAATTTTTTAGATATTAAAACATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAA > CP000731/22845‑23024 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |