New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP000731 | 22935 = | 341 (0.970) | 20 (0.060) | 10/146 | NT | 6.6% | coding (1392/1467 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0028 | macrolide transporter |
? | CP000731 | 22963 = | 253 (0.790) | coding (1420/1467 nt) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0028 | macrolide transporter |
Only 100 of 395 total aligned reads displayed.
ACATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCATTTATAT > CP000731/22873‑23053 | gcATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAg < 1:217835/90‑1 (MQ=255) aCATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAg < 1:2653873/91‑1 (MQ=255) aCATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAg > 1:2022077/1‑91 (MQ=255) aCATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAg < 1:830407/91‑1 (MQ=255) cATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGGTACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGa > 1:1175363/1‑91 (MQ=255) cATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGa < 1:1116418/91‑1 (MQ=255) cATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGa < 1:2892522/91‑1 (MQ=255) agtgtatagtttttaagttatatcatgaagagattgtcctgttaattcccattttttatcTGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGAt > 1:3086987‑M1/61‑91 (MQ=255) aTTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGAt < 1:3893916/91‑1 (MQ=255) aTTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGAt < 1:484974/91‑1 (MQ=255) ttAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATa < 1:1759688/91‑1 (MQ=255) ttAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATa > 1:159493/1‑91 (MQ=255) aGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATaaa > 1:131492/1‑91 (MQ=255) aaGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATaaaaa > 1:2464176/1‑91 (MQ=255) aaGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGATTGTTAAACATGTATCAGATaaaaa > 1:3880378/1‑91 (MQ=255) aGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATaaaaaa > 1:2102135/1‑91 (MQ=255) gCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAAt > 1:1790300/1‑91 (MQ=255) gCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAAt < 1:3028766/91‑1 (MQ=255) aTTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATgg < 1:1288017/91‑1 (MQ=255) gAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAAt > 1:2044266/1‑91 (MQ=255) aTGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTaa < 1:37895/91‑1 (MQ=255) tGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAAc > 1:2935561/1‑91 (MQ=255) aTGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAACATGGGAATTAACAGGAc > 1:3548450/1‑91 (MQ=255) aTGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGAc > 1:651305/1‑91 (MQ=255) tGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACa > 1:325239/1‑91 (MQ=255) tGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACa < 1:40375/91‑1 (MQ=255) tGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACa < 1:46192/91‑1 (MQ=255) tGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACa < 1:2674266/91‑1 (MQ=255) gAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACaa < 1:3507112/91‑1 (MQ=255) gAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACaa < 1:419518/91‑1 (MQ=255) taaataTCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAAtct < 1:710079/91‑1 (MQ=255) taaataTCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAAtct > 1:3655347/1‑91 (MQ=255) taaataTCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAAtct < 1:2289738/91‑1 (MQ=255) aaataTCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAAtctc < 1:2366220/91‑1 (MQ=255) aaataTCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAAtctc < 1:3622898/91‑1 (MQ=255) aataTCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATctct < 1:1061685/91‑1 (MQ=255) aataTCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATctct > 1:2831454/1‑91 (MQ=255) atatCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCtt < 1:890825/91‑1 (MQ=255) atatCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCtt < 1:848496/91‑1 (MQ=255) tatCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTc < 1:73713/91‑1 (MQ=255) tCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCAt < 1:2597894/91‑1 (MQ=255) ccTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATg < 1:3983645/91‑1 (MQ=255) ggAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGAATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGata > 1:3296542/1‑91 (MQ=255) gAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGatat < 1:1917720/91‑1 (MQ=255) aaTCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGAtata < 1:1897689/91‑1 (MQ=255) aaTCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGAtata > 1:1204242/1‑91 (MQ=255) aaTCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGAtata < 1:3714262/91‑1 (MQ=255) cATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACt < 1:611141/91‑1 (MQ=255) cATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACt < 1:272648/91‑1 (MQ=255) cATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACt < 1:2810252/91‑1 (MQ=255) aTTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACtt > 1:1858410/1‑91 (MQ=255) ttttGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTa > 1:1008618/1‑91 (MQ=255) ttttGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTa > 1:2420151/1‑91 (MQ=255) tttGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTaa > 1:547834/1‑91 (MQ=255) ttGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTaaa > 1:4075327/1‑91 (MQ=255) ttGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTaaa > 1:3122466/1‑91 (MQ=255) ttGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTaaa < 1:3377574/91‑1 (MQ=255) tACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACta < 1:4099751/91‑1 (MQ=255) cATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACtata > 1:2859271/1‑91 (MQ=255) aTCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATac > 1:3455829/1‑91 (MQ=255) tatctgatacatgtttaacaaaccttgtatcaGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATacac > 1:2909007‑M2/33‑91 (MQ=255) acaTGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACt < 1:1466598/91‑1 (MQ=255) caTGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAATAACTATACACTa < 1:3204915/91‑1 (MQ=255) ctgatacatgtttaacaaaccttgtatcaGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTaa > 1:1142491‑M2/30‑91 (MQ=255) ctgatacatgtttaacaaaccttgtatcaGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTaa > 1:2996177‑M2/30‑91 (MQ=255) aTGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTaa < 1:3484700/91‑1 (MQ=255) aTGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTaa > 1:1423808/1‑91 (MQ=255) tgatacatgtttaacaaaccttgtatcaGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAAt > 1:3942349‑M2/29‑91 (MQ=255) ATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAAttt < 1:75396‑M1/91‑1 (MQ=255) ACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTtat > 1:3058742‑M1/1‑91 (MQ=255) CAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTtata < 1:514957‑M1/91‑1 (MQ=255) CAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTtata < 1:3803174‑M1/91‑1 (MQ=255) CAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGAAATAACTTAAAAACTATACACTAATTtata < 1:1035549‑M1/91‑1 (MQ=255) tgtttaacaaaccttgtatcaGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATAtt > 1:1107745‑M2/22‑91 (MQ=255) aGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATAtt > 1:912604/1‑91 (MQ=255) ggTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTg > 1:2617766/1‑91 (MQ=255) gTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGa > 1:3424637/1‑91 (MQ=255) tttGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGaa > 1:357737/1‑91 (MQ=255) gTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAGTCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAatat > 1:3597629/1‑91 (MQ=255) gTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAatat < 1:287156/91‑1 (MQ=255) ttAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATAtt < 1:2351268/91‑1 (MQ=255) tAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTa < 1:3826630/91‑1 (MQ=255) tAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTa < 1:169252/91‑1 (MQ=255) tAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTa < 1:2226748/91‑1 (MQ=255) tAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTa < 1:3403106/91‑1 (MQ=255) aaaccttgtatcaGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTa > 1:276419‑M2/14‑91 (MQ=255) aaCATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAgg < 1:1962359/91‑1 (MQ=255) aaCATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAgg > 1:1395178/1‑91 (MQ=255) aaCATGTATCAGAGAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAgg < 1:4153209/91‑1 (MQ=255) aCATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGt < 1:778331/91‑1 (MQ=255) cATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGtt < 1:3092524/91‑1 (MQ=255) cATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGtt > 1:2328770/1‑91 (MQ=255) tgtatcaGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCa < 1:164278‑M2/84‑1 (MQ=255) gtatcaGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCAt > 1:3244535‑M2/7‑91 (MQ=255) tatcaGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCAtt > 1:2136984‑M2/6‑91 (MQ=255) atcaGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCAttt > 1:973239‑M2/5‑91 (MQ=255) tcaGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCATTta < 1:2743073‑M2/88‑1 (MQ=255) caGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTCGGTTCATTtat > 1:3758957‑M2/3‑91 (MQ=255) caGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCATTtat > 1:1570522‑M2/3‑91 (MQ=255) aGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCATTtata < 1:3915348‑M2/90‑1 (MQ=255) | ACATTAGAAGCATTAGAAATGTTTATGAATAAATATCCTGGAATCATTTTGTTTACATCACATGATACAAGGTTTGTTAAACATGTATCAGATAAAAAATGGGAATTAACAGGACAATCTCTTCATGATATAACTTAAAAACTATACACTAATTTATATTGAATATTAGGTTCATTTATAT > CP000731/22873‑23053 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |