| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | 1 = | 0 (0.000) | 279 (0.030) | 15/160 | NT | 19.7% | intergenic (–/‑279) | –/USA300HOU_RS14890 | –/replication protein |
| ? | NC_012417 | 3063 = | 2269 (0.230) | intergenic (‑389/–) | USA300HOU_RS14900/– | hypothetical protein/– | |||||
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
CCACTTTTCGTCATATCTTTTAACGTTTTATTATCTTGATTTTCGGTTATACTTCTAGTAGTATTATATTGCAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_012417/74‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AT‑AAAA‑‑A‑‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTAT‑‑‑‑ > NC_012417/3063‑3125 CCACTTTTCGTCATATCTTTTAACGTTTTATTATCTTGATTTTCGGTTATACTTCTAGTAGTATTATATTGCATAT‑AAAA‑‑A‑‑A‑CCCCAGTTA > 1:1004258/1‑91 CGTTTTATTATCTTGATTTTCGGTTATACTTCTAGTAGTATTATATTGCATAT‑AAAA‑‑AG‑ACCCCCAG‑‑‑TATTATTAAGGTGTCGAATCTTAA < 1:2378570/91‑1 CGTTTTATTATCTTGATTTTCGGTTATACTTCTAGTAGTATTATATTGCATAT‑AAAA‑‑AG‑ACCCCCAG‑‑‑TATTATTAAGGTGTCGAATCTTAA < 1:1695024/91‑1 GTTTTATTATCTTGATTTTCGGTTATACTTCTAGTAGTATTATATTGCATAT‑AAAA‑‑AG‑ACCCCCAG‑‑‑TATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAA < 1:2755538/91‑1 GTTTTATTATCTTGATTTTCGGTTATACTTCTAGTAGTATTATATTGCATAT‑AAAA‑‑AG‑ACCCCCAG‑‑‑TATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAA < 1:2035833/91‑1 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ATTATCTTGATTTTCGGTTATACTTCTAGTAGTATTATATTGCATAT‑AAAA‑‑AG‑ACCCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATA < 1:409374/91‑1 ATTATCTTGATTTTCGGTTATACTTCTAGTAGTATTATATTGCATAT‑AAAA‑‑AG‑ACCCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATA < 1:689730/91‑1 ATTATCTTGATTTTCGGTTATACTTCTAGTAGTATTATATTGCATAT‑AAAA‑‑AG‑ACCCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATA < 1:3944376/91‑1 ATTATCTTGATTTTCGGTTATACTTCTAGTAGTATTATATTGCATAT‑AAAA‑‑AG‑ACCCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATA < 1:2430711/91‑1 ATTATCTTGATTTTCGGTTATACTTCTAGTAGTATTATATTGCATAT‑AAAA‑‑AG‑ACCCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATA < 1:2356661/91‑1 TTATCTTGATTTTCGGTTATACTTCTAGTAGTATTATATTGCATAT‑AAAA‑‑AGTC‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAA < 1:503411/91‑1 TTATCTTGATTTTCGGTTATACTTCTAGTAGTATTATATTGCATAT‑AAAA‑‑AG‑ACCCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAA < 1:478345/91‑1 TTATCTTGATTTTCGGTTATACTTCTAGTAGTATTATATTGCATAT‑AAAA‑‑AG‑ACCCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAA < 1:3412493/91‑1 TTATCTTGATTTTCGGTTATACTTCTAGTAGTATTATATTGCATAT‑AAAA‑‑AG‑ACCCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAA < 1:3895023/91‑1 TTATCTTGATTTTCGGTTATACTTCTAGTAGTATTATATTGCATAT‑AAAA‑‑AG‑ACCCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAA < 1:2316911/91‑1 TATCTTGATTTTCGGTTATACTTCTAGTAGTATTATATTGCATAT‑AAAA‑‑AG‑ACCCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAAT < 1:2456324/91‑1 TATCTTGATTTTCGGTTATACTTCTAGTAGTATTATATTGCATAT‑AAAA‑‑AG‑ACCCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAAT < 1:609234/91‑1 TATCTTGATTTTCGGTTATACTTCTAGTAGTATTATATTGCATAT‑AAAA‑‑AG‑ACCCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAAT < 1:3023201/91‑1 TATCTTGATTTTCGGTTATACTTCTAGTAGTATTATATTGCATAT‑AAAA‑‑AG‑ACCCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAAT < 1:2110261/91‑1 TATCTTGATTTTCGGTTATACTTCTAGTAGTATTATATTGCATAT‑AAAA‑‑AG‑ACCCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAAT < 1:2167268/91‑1 TCTTGATTTTCGGTTATACTTCTAGTAGTATTATATTGCATAT‑AAAA‑‑AG‑ACCCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATAC < 1:660062/91‑1 TCTTGATTTTCGGTTATACTTCTAGTAGTATTATATTGCATAT‑AAAA‑‑AG‑ACCCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATAC < 1:2057500/91‑1 TCTTGATTTTCGGTTATACTTCTAGTAGTATTATATTGCATAT‑AAAA‑‑AG‑ACCCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATAC < 1:370615/91‑1 CTTGATTTTCGGTTATACTTCTAGTAGTATTATATTGCATATAAAAA‑‑A‑‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTG < 1:1407943/91‑1 CTTGATTTTCGGTTATACTTCTAGTAGTATTATATTGCATAT‑AAAA‑‑A‑‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGG < 1:3242072/91‑1 TTGATTTTCGGTTATACTTCTAGTAGTATTATATTGCATAT‑AAAA‑‑AG‑ACCCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAGTACTG < 1:3135962/91‑1 TTGATTTTCGGTTATACTTCTAGTAGTATTATATTGCATAT‑AAAA‑‑AG‑ACCCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTG < 1:3250393/91‑1 TTGATTTTCGGTTATACTTCTAGTAGTATTATATTGCATAT‑AAAA‑‑A‑‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGG < 1:1659470/91‑1 TTGATTTTCGGTTATACTTCTAGTAGTATTATATTGCATAT‑AAAA‑‑A‑‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGG < 1:1735839/91‑1 TTGATTTTCGGTTATACTTCTAGTAGTATTATATTGCATAT‑AAAA‑‑A‑‑A‑CCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGG < 1:1086375/91‑1 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> NC_012417/3063‑3125 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |