| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | 1 = | 0 (0.000) | 279 (0.030) | 15/160 | NT | 19.7% | intergenic (–/‑279) | –/USA300HOU_RS14890 | –/replication protein |
| ? | NC_012417 | 3063 = | 2269 (0.230) | intergenic (‑389/–) | USA300HOU_RS14900/– | hypothetical protein/– | |||||
Only 100 of 11853 total aligned reads displayed.
ATAGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTCTTTTTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_012417/2973‑3125 | taGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑AT < 1:3629422‑M1/91‑1 (MQ=255) taGAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑AT > 1:3785634‑M1/1‑91 (MQ=255) gAAATAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAA < 1:3229159‑M1/91‑1 (MQ=255) aaTAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAA > 1:2514353‑M1/1‑91 (MQ=255) tAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATaaaaaa > 1:1566331/1‑91 (MQ=255) tAACTCGATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATaaaaaa < 1:538269/91‑1 (MQ=255) actcgATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAAcc < 1:2322159‑M2/86‑1 (MQ=255) actcgATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAAcc > 1:2630643‑M2/6‑91 (MQ=255) tcgATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAAcccc > 1:1971876‑M2/4‑91 (MQ=255) cgATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCa > 1:498821‑M2/3‑91 (MQ=255) cgATTTTATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCa < 1:311540‑M2/89‑1 (MQ=255) ttttATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGtt > 1:3295841/1‑91 (MQ=255) ttATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTAT < 1:292970‑M1/91‑1 (MQ=255) ttATATATATAGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTAT < 1:752743‑M1/91‑1 (MQ=255) 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tataGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATAttatta > 1:4124845/1‑91 (MQ=255) taGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAg > 1:419473/1‑91 (MQ=255) taGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAg > 1:858523/1‑91 (MQ=255) aGCTGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAgg < 1:2472650/91‑1 (MQ=255) tGTAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGgtgt < 1:2816567/91‑1 (MQ=255) tAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCg > 1:3512354/1‑91 (MQ=255) tAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCg < 1:3591/91‑1 (MQ=255) tAACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCg < 1:2893670/91‑1 (MQ=255) aaCTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGa > 1:1869081/1‑91 (MQ=255) ACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGaa < 1:1224601‑M1/91‑1 (MQ=255) ACTGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGaa < 1:575407‑M1/91‑1 (MQ=255) ctgtaatatcaacagtGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAAt > 1:462728‑M2/17‑91 (MQ=255) ctgtaatatcaacagtGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAAt > 1:679781‑M2/17‑91 (MQ=255) TGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATc < 1:1651328‑M1/91‑1 (MQ=255) TGTTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATc < 1:786101‑M1/91‑1 (MQ=255) TTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCtt > 1:2120928‑M1/1‑91 (MQ=255) TTGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCtt < 1:2242984‑M1/91‑1 (MQ=255) tGATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTa < 1:2552528/91‑1 (MQ=255) gATATTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAa < 1:3155084‑M2/91‑2 (MQ=255) tatTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAaat > 1:82377‑M2/1‑88 (MQ=255) atTACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAaata < 1:1486553‑M2/91‑5 (MQ=255) tACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAaataat > 1:643522‑M2/1‑85 (MQ=255) tACAGTGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAaataat < 1:2591063‑M2/91‑7 (MQ=255) acagtGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAataata > 1:1526866‑M2/6‑91 (MQ=255) cagtGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATAc > 1:2202266‑M2/5‑91 (MQ=255) cagtGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATAc > 1:1330006‑M2/5‑91 (MQ=255) gtGTTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTg < 1:2861421‑M2/89‑1 (MQ=255) gtTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTggg < 1:1690155/91‑1 (MQ=255) gtTTAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTggg < 1:2012653/91‑1 (MQ=255) tttAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTgggg < 1:3367525/91‑1 (MQ=255) ttAAACGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTggggg > 1:4046125/1‑91 (MQ=255) aaaCGTGTTTTTGTGCGTGAAAGGAAAATTTGACA‑ATAAAAAACCCCAGTTATATTATTAAGGTGTCGAATCTTAAATAATACTGGGGGTc < 1:2356463/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |