| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | 1172 = | 4257 (0.430) | 335 (0.040) | 38/148 | NT | 7.3% | coding (23/192 nt) | USA300HOU_RS15665 | hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | 1187 = | 4514 (0.490) | coding (8/192 nt) | USA300HOU_RS15665 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 2302 total aligned reads displayed.
CAAAAATCGAGAATTTTTAATTTTTCTCTAAAAACTCCGTAAGAGCATAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGCCAGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_012417/1267‑1172‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gccagaCCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACG > NC_012417/1187‑1277 AAAAATCGAGAATTTTTAATTTTTCTCTAAAAACTCCGTAAGAGCATAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGa > 1:2620878/1‑90 AAAAATCGAGAATTTTTAATTTTTCTCTAAAAACTCCGTAAGAGCATAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGC < 1:487271/91‑1 AAAAATCGAGAATTTTTAATTTTTCTCTAAAAACTCCGTAAGAGCATAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGC > 1:2485023/1‑91 AAAAATCGAGAATTTTTAATTTTTCTCTAAAAACTCCGTAAGAGCATAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGC < 1:2937723/91‑1 AAAATCGAGAATTTTTAATTTTTCTCTATAACCTCCGTAAGAGCATGAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGCC < 1:1953049/91‑1 AAAATCGAGAATTTTTAATTTTTCTCTAAAAACTCCGTAAGAGCATAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGCC > 1:2531805/1‑91 AAAATCGAGAATTTTTAATTTTTCTCTAAAAACTCCGTAAGAGCATAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGCC < 1:3407304/91‑1 AAATCGAGAATTTTTAATTTTTCTCTAAAAACTCCGTAAGAGCATAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGCCA < 1:3819965/91‑1 AAATCGAGAATTTTTAATTTTTCTCTAAAAACTCCGTAAGAGCATAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGCCA < 1:2320838/91‑1 AAATCGAGAATTTTTAATTTTTCTCTAAAAACTCCGTAAGAGCATAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGCCA > 1:599052/1‑91 AAATCGAGAATTTTTAATTTTTCTCTAAAAACTCCGTAAGAGCATAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGCCA < 1:3052929/91‑1 AAATCGAGAATTTTTAATTTTTCTCTAAAAACTCCGTAAGAGCATAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGCCA < 1:3255171/91‑1 AAATCGAGAATTTTTAATTTTTCTCTAAAAACTCCGTAAGAGCATAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGCCA > 1:1116184/1‑91 AAATCGAGAATTTTTAATTTTTCTCTAAAAACTCCGTAAGAGCATAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGCCA > 1:1240745/1‑91 AAATCGAGAATTTTTAATTTTTCTCTAAAAACTCCGTAAGAGCATAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGCCA > 1:13793/1‑91 AAATCGAGAATTTTTAATTTTTCTCTAAAAACTCCGTAAGAGCATAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGCCA > 1:1338773/1‑91 AAATCGAGAATTTTTAATTTTTCTCTAAAAACGCCGTAAGAGCATAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGCCA < 1:1629709/91‑1 AATCGAGAATTTTTAATTTTTCTCTAAAAACTCCGTAAGAGCATAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGCCAG < 1:3162043/91‑1 AATCGAGAATTTTTAATTTTTCTCTAAAAACTCCGTAAGAGCATAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGCCAG < 1:1078314/91‑1 AATCGAGAATTTTTAATTTTTCTCTAAAAACTCCGTAAGAGCATAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGCCAG < 1:1206424/91‑1 AATCGAGAATTTTTAATTTTTCTCTAAAAACTCCGTAAGAGCATAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGCCAG > 1:2745028/1‑91 AATCGAGAATTTTTAATTTTTCTCTAAAAACTCCGTAAGAGCATAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGCCAG < 1:4114163/91‑1 AATCGAGAATTTTTAATTTTTCTCTAAAAACTCCGTAAGAGCATAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGCCAG > 1:1001559/1‑91 AATCGAGAATTTTTAATTTTTCTCTAAAAACTCCGTAAGAGCATAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGCCAG < 1:861417/91‑1 AATCGAGAATTTTTAATTTTTCTCTAAAAACTCCGTAAGAGCATAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGCCAG < 1:4012301/91‑1 AATCGAGAATTTTCAATTTTTCTCTAAAAACTCCGTAAGAGCAGAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGCCAG < 1:4143506/91‑1 ATCGAGAATTTTTAATTTTTCTCTAAAAACTCCGTAAGAGCATAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGCCAGA < 1:834865/91‑1 ATCGAGAATTTTTAATTTTTCTCTAAAAACTCCGTAAGAGCATAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGCCAGA < 1:1159768/91‑1 ATCGAGAATTTTTAATTTTTCTCTAAAAACTCCGTAAGAGCATAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGCCAGA < 1:509725/91‑1 ATCGAGAATTTTTAATTTTTCTCTAAAAACTCCGTAAGAGCATAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGCCAGA < 1:2136795/91‑1 ATCGAGAATTTTTAATTTTTCTCTAAAAACTCCGTAAGAGCATAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGCCAGA < 1:2214559/91‑1 GAGAATTTTTAATTTTTCTCTAAAAACTCCGTAAGAGCATAAGGAGAATTTGCTATCATTCAAAAATGATAGGTCTGGCTTTGCCAGACCT < 1:280437/91‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |