| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | 1172 = | 4257 (0.430) | 335 (0.040) | 38/148 | NT | 7.3% | coding (23/192 nt) | USA300HOU_RS15665 | hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | 1187 = | 4514 (0.490) | coding (8/192 nt) | USA300HOU_RS15665 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 12844 total aligned reads displayed.
ATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACG > NC_012417/1098‑1277 | cgagaatttttaatttttctctaaaaactccgtaagagcataaggagaatttgctatcattcaaaaatgataggTCTGGCTTTGCCAGAcc > 1:779561‑M1/75‑91 (MQ=255)atatTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACC > 1:3068789‑M1/1‑91 (MQ=255)atatTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACC > 1:740168‑M1/1‑91 (MQ=255) tatTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCT > 1:439195‑M1/1‑91 (MQ=255) tatTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCT < 1:1159644‑M1/91‑1 (MQ=255) atTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTA > 1:1829030‑M1/1‑91 (MQ=255) ttGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTAT > 1:352352‑M1/1‑91 (MQ=255) tgtgTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAGAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATC > 1:3300788‑M1/1‑91 (MQ=255) tgtgTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATC < 1:1549573‑M1/91‑1 (MQ=255) aatttttaatttttctctaaaaactccgtaagagcataaggagaatttgctatcattcaaaaatgataggtctggctttgccagaCCTATc < 1:3564846‑M2/6‑1 (MQ=255) gtCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATT > 1:2169386‑M1/1‑91 (MQ=255) tcacaaaaataagacagtacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCAttt < 1:387744‑M2/71‑1 (MQ=255) tcacaaaaataagacagtacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCAttt < 1:1435641‑M2/71‑1 (MQ=255) ttaatttttctctaaaaactccgtaagagcataaggagaatttgctatcattcaaaaatgataggtctggctttgccagaCCTATCAtttt < 1:1325259‑M2/11‑1 (MQ=255) cacaaaaataagacagtacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCAtttt < 1:2697552‑M2/72‑1 (MQ=255) cacaAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTca < 1:1984031‑M1/91‑3 (MQ=255) cacaAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTca < 1:1672851‑M1/91‑3 (MQ=255) acaaaaataagacagtacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCAttttt < 1:476646‑M2/73‑1 (MQ=255) acaAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTcaa < 1:1284758‑M1/91‑4 (MQ=255) caAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTcaaa < 1:2429896‑M1/91‑5 (MQ=255) aaaaTAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTcaaaaa < 1:2020719‑M1/91‑7 (MQ=255) aaaTAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTcaaaaat < 1:3033450‑M1/91‑8 (MQ=255) aaaTAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaat > 1:2286813‑M2/1‑88 (MQ=255) aaaTAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaat > 1:323917‑M2/1‑88 (MQ=255) aaaTAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTAaat < 1:3338138‑M2/91‑4 (MQ=255) aaTAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatg < 1:2206387‑M2/91‑5 (MQ=255) aaTAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatg < 1:2058334‑M2/91‑5 (MQ=255) tAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCGTTTTTGaatgat > 1:3174719‑M2/1‑85 (MQ=255) aGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatgatag < 1:376237‑M2/91‑9 (MQ=255) aGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatgatag < 1:1590908‑M2/91‑9 (MQ=255) aGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatgatag > 1:1750100‑M2/1‑83 (MQ=255) aGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatgatag < 1:2249828‑M2/91‑9 (MQ=255) aGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatgatag < 1:2580480‑M2/91‑9 (MQ=255) aGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTCGaatgatag < 1:3975705‑M2/91‑9 (MQ=255) gacagtacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGc > 1:1118118‑M2/9‑91 (MQ=255) gacagtacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGc > 1:2621230‑M2/9‑91 (MQ=255) gacagtacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGc > 1:3269543‑M2/9‑91 (MQ=255) gacagtacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTGTTGAATGATAGc < 1:3211862‑M2/83‑1 (MQ=255) acagtacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCa > 1:1629002‑M2/8‑91 (MQ=255) cagtacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCaa > 1:1078388‑M2/7‑91 (MQ=255) tacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAAtt < 1:2996076‑M2/88‑1 (MQ=255) gCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTcc > 1:3611280/1‑91 (MQ=255) cTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCt > 1:1713261/1‑91 (MQ=255) cTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCt < 1:1000864/91‑1 (MQ=255) ttGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTa > 1:2461468/1‑91 (MQ=255) tGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTAt < 1:518626/91‑1 (MQ=255) gTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATg > 1:2093048/1‑91 (MQ=255) tATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTCTCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGc > 1:3678421/1‑91 (MQ=255) tATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGc < 1:4143149/91‑1 (MQ=255) aTGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGct > 1:1199866/1‑91 (MQ=255) tGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGctc > 1:2396653/1‑91 (MQ=255) atatCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCtt > 1:1239630/1‑91 (MQ=255) atatCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCtt > 1:3646650/1‑91 (MQ=255) tatCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTa > 1:2960588/1‑91 (MQ=255) 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ccagaCCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATaaa < 1:1399354‑M2/86‑1 (MQ=255) ccAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATCAAAAATcgagaatttttaatttt < 1:964464‑M1/91‑18 (MQ=255) agaCCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATaaaaa < 1:3834032‑M2/88‑1 (MQ=255) agaCCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATaaaaa < 1:701468‑M2/88‑1 (MQ=255) gaCCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATaaaaaa > 1:2505557‑M2/3‑91 (MQ=255) ccTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAAcg < 1:851783‑M2/91‑3 (MQ=255) | ATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACG > NC_012417/1098‑1277 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |