| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | 1172 = | 4257 (0.430) | 335 (0.040) | 38/148 | NT | 7.3% | coding (23/192 nt) | USA300HOU_RS15665 | hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | 1187 = | 4514 (0.490) | coding (8/192 nt) | USA300HOU_RS15665 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 14235 total aligned reads displayed.
ATAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGAT > NC_012417/1082‑1262 | gttttttatcaaaaatcgagaatttttaatttttctctaaaaactccgtaagagcataaggagaatttgctatcattcaaaaatgataggt < 1:1889900‑M1/1‑1 (MQ=255)aTAAGACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTT > 1:2993642‑M1/1‑91 (MQ=255) ttttttatcaaaaatcgagaatttttaatttttctctaaaaactccgtaagagcataaggagaatttgctatcattcaaaaatgataggTc > 1:731098‑M1/90‑91 (MQ=255) tttttatcaaaaatcgagaatttttaatttttctctaaaaactccgtaagagcataaggagaatttgctatcattcaaaaatgataggTCt > 1:2011849‑M1/89‑91 (MQ=255) tttttatcaaaaatcgagaatttttaatttttctctaaaaactccgtaagagcataaggagaatttgctatcattcaaaaatgataggTCt > 1:3635385‑M1/89‑91 (MQ=255) gACAAACGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGG > 1:3933435‑M1/1‑91 (MQ=255) tatcaaaaatcgagaatttttaatttttctctaaaaactccgtaagagcataaggagaatttgctatcattcaaaaatgataggTCTGGCt > 1:650173‑M1/85‑91 (MQ=255) tatcaaaaatcgagaatttttaatttttctctaaaaactccgtaagagcataaggagaatttgctatcattcaaaaatgataggTCTGGCt > 1:1314803‑M1/85‑91 (MQ=255) tatcaaaaatcgagaatttttaatttttctctaaaaactccgtaagagcataaggagaatttgctatcattcaaaaatgataggTCTGGCt > 1:2760622‑M1/85‑91 (MQ=255) tatcaaaaatcgagaatttttaatttttctctaaaaactccgtaagagcataaggagaatttgctatcattcaaaaatgataggTCTGGCt > 1:3232909‑M1/85‑91 (MQ=255) aaaCGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCaa < 1:3516429‑M1/91‑3 (MQ=255) tcaaaaatcgagaatttttaatttttctctaaaaactccgtaagagcataaggagaatttgctatcattcaaaaatgataggTCTGGCttt > 1:809781‑M1/83‑91 (MQ=255) aaCGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCttt < 1:3965934/91‑1 (MQ=255) cGCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTgc > 1:575459‑M2/1‑89 (MQ=255) aaaaatcgagaatttttaatttttctctaaaaactccgtaagagcataaggagaatttgctatcattcaaaaatgataggTCTGGCTTTGc > 1:1036472‑M1/81‑91 (MQ=255) gCAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTgcc < 1:2084792‑M2/91‑4 (MQ=255) aaaatcgagaatttttaatttttctctaaaaactccgtaagagcataaggagaatttgctatcattcaaaaatgataggTCTGGCTTTGcc > 1:1195891‑M1/80‑91 (MQ=255) aaaatcgagaatttttaatttttctctaaaaactccgtaagagcataaggagaatttgctatcattcaaaaatgataggTCTGGCTTTGcc > 1:3709530‑M1/80‑91 (MQ=255) cAATATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTgcca > 1:2611549‑M2/1‑87 (MQ=255) aaatcgagaatttttaatttttctctaaaaactccgtaagagcataaggagaatttgctatcattcaaaaatgataggTCTGGCTTTGCCa > 1:4100670‑M1/79‑91 (MQ=255) aaTATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCaaagccag < 1:1775868‑M1/91‑9 (MQ=255) aaTATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTgccag < 1:430610‑M2/91‑6 (MQ=255) tatatTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTgccagac > 1:2501089‑M2/1‑84 (MQ=255) tatatTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTgccagac > 1:1536161‑M2/1‑84 (MQ=255) tatatTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTgccagac < 1:1580508‑M2/91‑8 (MQ=255) cgagaatttttaatttttctctaaaaactccgtaagagcataaggagaatttgctatcattcaaaaatgataggTCTGGCTTTGCCAGAcc > 1:215975‑M1/75‑91 (MQ=255) atatTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACC > 1:1735634‑M1/1‑91 (MQ=255) atatTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACC > 1:3130147‑M1/1‑91 (MQ=255) tatTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCATTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCT < 1:3061172‑M1/91‑1 (MQ=255) gtgtCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCA < 1:2958992‑M1/91‑1 (MQ=255) cacaaaaataagacagtgcAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCAtttt < 1:3554537‑M2/72‑1 (MQ=255) acaAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTcaa < 1:366879‑M1/91‑4 (MQ=255) aaaaaTAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTcaaaa < 1:2420176‑M1/91‑6 (MQ=255) aaaaaTAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGa < 1:1458739‑M2/91‑2 (MQ=255) aaaTAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTcaaaaat < 1:3818822‑M1/91‑8 (MQ=255) aaaTAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTcaaaaat < 1:2839484‑M1/91‑8 (MQ=255) aaaTAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaat < 1:181680‑M2/91‑4 (MQ=255) aTAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTcaaaaatga < 1:2456677‑M1/91‑10 (MQ=255) tAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAA‑CCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatgata < 1:1857449‑M2/91‑8 (MQ=255) aGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatgatag < 1:413450‑M2/91‑9 (MQ=255) gacagtacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGc < 1:2117098‑M2/83‑1 (MQ=255) gacagtacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGc > 1:31654‑M2/9‑91 (MQ=255) gacagtacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGc < 1:3265158‑M2/83‑1 (MQ=255) acagtacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCa > 1:3027643‑M2/8‑91 (MQ=255) acagtacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCa > 1:3295382‑M2/8‑91 (MQ=255) acagtacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCa < 1:149621‑M2/84‑1 (MQ=255) acagtacAGCTTCGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCa > 1:3203668‑M2/8‑91 (MQ=255) agtacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCaaa > 1:3780935‑M2/6‑91 (MQ=255) gtacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAAt < 1:61223‑M2/87‑1 (MQ=255) tacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAAtt < 1:769929‑M2/88‑1 (MQ=255) tacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAAtt > 1:4034583‑M2/4‑91 (MQ=255) tacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAAtt < 1:2273873‑M2/88‑1 (MQ=255) tacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAAtt < 1:3478764‑M2/88‑1 (MQ=255) tacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAAtt < 1:1230215‑M2/88‑1 (MQ=255) 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aCTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGa < 1:1695067/91‑1 (MQ=255) tttAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGt > 1:2193891/1‑91 (MQ=255) aaaaTACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGtttt < 1:2649127/91‑1 (MQ=255) aaaaTACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGtttt < 1:4001592/91‑1 (MQ=255) aaaaTACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGtttt < 1:3437768/91‑1 (MQ=255) aaaTACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATACTCCTTATGCTCTTACGGAGttttt > 1:3861235/1‑91 (MQ=255) aTACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTag > 1:2801297/1‑91 (MQ=255) aTACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTag > 1:142896/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |