| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | = 1195 | 4796 (0.480) | 475 (0.050) | 37/144 | NT | 9.4% | intergenic (‑1/‑384) | USA300HOU_RS15665/USA300HOU_RS14895 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | = 1199 | 4795 (0.530) | intergenic (‑5/‑380) | USA300HOU_RS15665/USA300HOU_RS14895 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 3046 total aligned reads displayed.
ATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_012417/1098‑1195‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctatcattCAAAAATGATAGGTCTGGCAAAGCCAGAAATTCCAGGGGTTTTAAGGTATTTTAAAGTGATATCATACAAAGCTGTACTGTCTTATTTTT < NC_012417/1199‑1110 ATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACC > 1:2274961/1‑91ATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACC < 1:3209238/91‑1ATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACC < 1:1332969/91‑1ATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACC > 1:1410172/1‑91ATATTGTGTCACAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACC < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |