| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | = 1195 | 4796 (0.480) | 475 (0.050) | 37/144 | NT | 9.4% | intergenic (‑1/‑384) | USA300HOU_RS15665/USA300HOU_RS14895 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | = 1199 | 4795 (0.530) | intergenic (‑5/‑380) | USA300HOU_RS15665/USA300HOU_RS14895 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 12735 total aligned reads displayed.
CAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATT > NC_012417/1109‑1290 | caaaaataagacagtacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTg > 1:3654668‑M2/18‑91 (MQ=255)caaaaataagacagtacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTg > 1:963811‑M2/18‑91 (MQ=255)caaaaataagacagtacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTg < 1:736642‑M2/74‑1 (MQ=255) aaaaaTAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGa < 1:1503470‑M2/91‑2 (MQ=255) aaaaTAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaa < 1:119615‑M2/91‑3 (MQ=255) gcagggcgttttttatcaaaaatcgagaatttttaatttttctctaaaaactccgtaagagcataaggagaatttgCTATCATTTTTGAAt > 1:1000110‑M1/77‑91 (MQ=255) aaTAAGACAGTACAGCTTTGTATGCTATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGactg < 1:2542239‑M2/91‑5 (MQ=255) aaTAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatg < 1:3419091‑M2/91‑5 (MQ=255) tAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatgat > 1:3241908‑M2/1‑85 (MQ=255) tAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatgat > 1:3104643‑M2/1‑85 (MQ=255) acgacAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatgata > 1:700154‑M2/3‑84 (MQ=255) aaGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatgata < 1:3690520‑M2/91‑8 (MQ=255) aGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatgatag > 1:1316908‑M2/1‑83 (MQ=255) aGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatgatag < 1:1154737‑M2/91‑9 (MQ=255) aGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGaatgatag < 1:2424227‑M2/91‑9 (MQ=255) gacagtacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGc > 1:3880880‑M2/9‑91 (MQ=255) gacagtacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGc < 1:850891‑M2/83‑1 (MQ=255) gacagtacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGc < 1:1784043‑M2/83‑1 (MQ=255) acagtacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGTATGATAGCa > 1:3978991‑M2/8‑91 (MQ=255) acagtacAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCa < 1:193706‑M2/84‑1 (MQ=255) tacAGCTGTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAAtt < 1:2086587‑M2/88‑1 (MQ=255) acAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATtc > 1:2348105‑M2/3‑91 (MQ=255) gCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTcc > 1:1546374/1‑91 (MQ=255) cTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCt < 1:2164340/91‑1 (MQ=255) ttGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTa > 1:3770074/1‑91 (MQ=255) tGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTAt < 1:299190/91‑1 (MQ=255) tGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTAt < 1:1353838/91‑1 (MQ=255) gATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGctct > 1:2317565/1‑91 (MQ=255) gATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGctct < 1:3141128/91‑1 (MQ=255) atatCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCtt > 1:174714/1‑91 (MQ=255) tatCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTa < 1:1276316/91‑1 (MQ=255) tatCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCACTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTa < 1:1077671/91‑1 (MQ=255) aCTTTAAAATACGTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGa > 1:3175337/1‑91 (MQ=255) aCTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGa < 1:3842852/91‑1 (MQ=255) cTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAg > 1:1865795/1‑91 (MQ=255) tttAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTCTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGt > 1:338432/1‑91 (MQ=255) ttAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGtt > 1:551426/1‑91 (MQ=255) ttAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGtt > 1:777182/1‑91 (MQ=255) aaaaTACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGtttt > 1:4015168/1‑91 (MQ=255) aaaTACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGttttt < 1:2832572/91‑1 (MQ=255) aaaTACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGttttt > 1:3806737/1‑91 (MQ=255) aaaTACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCACACCTATCATTTTTGAATGATAGCACATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGctttt > 1:3498898/1‑91 (MQ=255) aaaTACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTGTGCCAGACCTATGATTTTTGAGTGACAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGttttt < 1:3311484/91‑1 (MQ=21) aaTACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTa > 1:2124606/1‑91 (MQ=255) aTACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTag > 1:2045191/1‑91 (MQ=255) aTACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTag > 1:2240041/1‑91 (MQ=255) aCCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTagag > 1:2645107/1‑91 (MQ=255) aCCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTagag > 1:2200897/1‑91 (MQ=255) aCCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATGTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGCGTTTTTagag > 1:3914389/1‑91 (MQ=255) ccTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAgaga < 1:2720083/91‑1 (MQ=255) ccTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAgaga < 1:1623645/91‑1 (MQ=255) aaaCCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGaaaaat > 1:923141/1‑91 (MQ=255) aaCCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGaaaaatt < 1:2681695/91‑1 (MQ=255) cccTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTCGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAA < 1:2389487‑M1/91‑1 (MQ=255) cTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAA > 1:811371‑M1/1‑91 (MQ=255) cTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAA > 1:1898710‑M1/1‑91 (MQ=255) tGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAAT > 1:17070‑M1/1‑91 (MQ=255) ggAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGaaaaattaaaaatt < 1:3948126/91‑1 (MQ=255) ggAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGaaaaattaaaaatt > 1:620799/1‑91 (MQ=255) ggAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGaaaaattaaaaatt > 1:3620169/1‑91 (MQ=255) ggAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGaaaaattaaaaatt < 1:3456376/91‑1 (MQ=255) ggAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGaaaaattaaaaatt < 1:887546/91‑1 (MQ=255) gAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATtc < 1:2609503/91‑1 (MQ=255) aaTTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATtct > 1:583793/1‑91 (MQ=255) aTTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTC < 1:139265‑M1/91‑1 (MQ=255) TCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGAt < 1:1461613‑M1/91‑1 (MQ=255) TCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGAt < 1:182422‑M1/91‑1 (MQ=255) CTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTNTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGAtt > 1:3536870‑M1/1‑91 (MQ=255) ggcaaagccagaCCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGAtttt > 1:1113535‑M2/13‑91 (MQ=255) ggCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATcgagaatttt < 1:483623‑M1/91‑11 (MQ=255) GGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGAtttt < 1:3031161‑M1/91‑1 (MQ=255) gcaaagccagaCCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGAttttt > 1:1036472‑M2/12‑91 (MQ=255) GCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGAttttt < 1:123457‑M1/91‑1 (MQ=255) CTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTg < 1:1669053‑M1/91‑1 (MQ=255) tttGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGa > 1:2757925/1‑91 (MQ=255) aaagccagaCCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGa > 1:520824‑M2/10‑91 (MQ=255) ttGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACAGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGAt > 1:3352085/1‑91 (MQ=255) tGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATcgagaatttttaatt < 1:1975071‑M1/91‑16 (MQ=255) 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tCATTTTTGaatgataggtctggcaaagccagaaattccaggggttttaaggtattttaaagtgatatcatacaaagctgtactgtcttat < 1:2797941‑M2/91‑83 (MQ=255) tCATTTTTGaatgataggtctggcaaagccagaaattccaggggttttaaggtattttaaagtgatatcatacaaagctgtactgtcttat < 1:2456677‑M2/91‑83 (MQ=255) TCATTTTTGAATGATAGCGAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCt > 1:3582373‑M1/1‑91 (MQ=255) TCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAGACGCCCt > 1:4074898‑M1/1‑91 (MQ=255) cATTTTTGaatgataggtctggcaaagccagaaattccaggggttttaaggtattttaaagtgatatcatacaaagctgtactgtcttatt < 1:3732119‑M2/91‑84 (MQ=255) aTTTTTGaatgataggtctggcaaagccagaaattccaggggttttaaggtattttaaagtgatatcatacaaagctgtactgtcttattt < 1:656040‑M2/91‑85 (MQ=255) aTTTTTGaatgataggtctggcaaagccagaaattccaggggttttaaggtattttaaagtgatatcatacaaagctgtactgtcttattt < 1:443685‑M2/91‑85 (MQ=255) aTTTTTGaatgataggtctggcaaagccagaaattccaggggttttaaggtattttaaagtgatatcatacaaagctgtactgtcttattt < 1:3069859‑M2/91‑85 (MQ=255) ATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGc > 1:291191‑M1/1‑91 (MQ=255) ATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGc < 1:2953550‑M1/91‑1 (MQ=255) TTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCa > 1:4043596‑M1/1‑91 (MQ=255) ttGaatgataggtctggcaaagccagaaattccaggggttttaaggtattttaaagtgatatcatacaaagctgtactgtcttatttttgt < 1:2498999‑M2/91‑89 (MQ=255) ttGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGa > 1:2277778/1‑91 (MQ=255) gAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAAt > 1:257459/1‑91 (MQ=255) | CAAAAATAAGACAGTACAGCTTTGTATGATATCACTTTAAAATACCTTAAAACCCCTGGAATTTCTGGCTTTGCCAGACCTATCATTTTTGAATGATAGCAAATTCTCCTTATGCTCTTACGGAGTTTTTAGAGAAAAATTAAAAATTCTCGATTTTTGATAAAAAACGCCCTGCAGGAATT > NC_012417/1109‑1290 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |