| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | 2143 = | 5513 (0.550) | 395 (0.040) | 30/148 | NT | 7.1% | coding (532/582 nt) | USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | 2161 = | 5288 (0.570) | coding (514/582 nt) | USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 1899 total aligned reads displayed.
CAGTTTTTGAAGATGTTAAAGCCAAAAACTTAAAGGGCGTAGCAAAAAAATTAGCTAAAATTGGGATAAAAGGAAACCTAGCTG‑GAATCGCAGCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_012417/2238‑2143‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cagcta‑‑‑‑GGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCTTCAAAAACTGCTGTGATTATGT > NC_012417/2161‑2250 CAGTTTTTGAAGATGTTAAAGCCAAAAACTTAAAGGGCGTAGCAAAAAAATTAGCTAAAATTGGGATAAAAGGAAACCTAGCTG‑GAATCGC < 1:1002816/91‑1CAGTTTTTGAAGATGTTAAAGCCAAAAACTTAAAGGGCGTAGCAAAAAAATTAGCTAAAATTGGGATAAAAGGAAACCTAGCTG‑GAATCGC > 1:2920699/1‑91CAGTTTTTGAAGATGTTAAAGCCAAAAACTTAAAGGGCGTAGCAAAAAAATTAGCTAAAATTGGGATAAAAGGAAACCTAGCTG‑GAATCGC > 1:2954246/1‑91CAGTTTTTGAAGATGTTAAAGCCAAAAACTTAAAGGGCGTAGCAAAAAAATTAGCTAAAATTGGGATAAAAGGAAACCTAGCTG‑GAATCGC < 1:2214064/91‑1CAGTTTTTGAAGATGTTAAAGCCAAAAACTTAAAGGGCGTAGCAAAAAAATTAGCTAAAATTGGGATAAAAGGAAACCTAGCTG‑GAATCGC < 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NC_012417/2238‑2143‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cagcta‑‑‑‑GGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCTTCAAAAACTGCTGTGATTATGT > NC_012417/2161‑2250 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |