New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_012417 | 2143 = | 5513 (0.550) | 395 (0.040) | 30/148 | NT | 7.1% | coding (532/582 nt) | USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein |
? | NC_012417 | 2161 = | 5288 (0.570) | coding (514/582 nt) | USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein |
Only 100 of 10998 total aligned reads displayed.
CGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCTTCAAAA > NC_012417/2053‑2234 | cGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCAtagt < 1:2331367/91‑1 (MQ=255) cGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCAtagt < 1:3699895/91‑1 (MQ=255) aGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCAtagtag < 1:2064579/91‑1 (MQ=255) ggCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGc > 1:2588386/1‑91 (MQ=255) gCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATGGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCt < 1:3442528/91‑1 (MQ=255) gCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCt > 1:1574975/1‑91 (MQ=255) gCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCt > 1:1504008/1‑91 (MQ=255) aatcacagcagtttttgaagatgttaaagccaaaaacttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaaccTAGCt > 1:252131‑M1/87‑91 (MQ=255) cTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTg > 1:1244991/1‑91 (MQ=255) cTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTg < 1:2369467/91‑1 (MQ=255) atcacagcagtttttgaagatgttaaagccaaaaacttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaaccTAGCTg < 1:3025420‑M1/6‑1 (MQ=255) atcacagcagtttttgaagatgttaaagccaaaaacttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaaccTAGCTg > 1:2880271‑M1/86‑91 (MQ=255) atcacagcagtttttgaagatgttaaagccaaaaacttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaaccTAGCTg > 1:4044072‑M1/86‑91 (MQ=255) cagcagtttttgaagatgttaaagccaaaaacttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaaccTAGCTGCGAt > 1:3217412‑M1/82‑91 (MQ=255) aCGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTggaat < 1:963242/91‑5 (MQ=255) aCGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGAt < 1:1758470/91‑1 (MQ=255) gtttttgaagatgttaaagccaaaaacttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaagGAAACCATAGTAGCTGCGAtt > 1:2913522‑M1/71‑91 (MQ=255) cGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGAtt > 1:777119/1‑91 (MQ=255) cGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGAtt > 1:2101606/1‑91 (MQ=255) cGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGAtt > 1:3399261/1‑91 (MQ=255) gcagtttttgaagatgttaaagccaaaaacttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaaccTAGCTGCGATTc > 1:1542500‑M1/80‑91 (MQ=255) gcagtttttgaagatgttaaagccaaaaacttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaaccTAGCTGCGATTc > 1:1205589‑M1/80‑91 (MQ=255) TCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGTTTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTcc < 1:3587282‑M2/91‑1 (MQ=255) TCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTcc < 1:1139200‑M2/91‑1 (MQ=255) TCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTcc < 1:740510‑M2/91‑1 (MQ=255) gtttttgaagatgttaaagccaaaaacttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaaccTAGCTGCGATTCCAg > 1:2733879‑M1/77‑91 (MQ=255) ATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGc > 1:3969798‑M2/1‑91 (MQ=255) TAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCt > 1:2032645‑M2/1‑91 (MQ=255) TAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCt > 1:2620801‑M2/1‑91 (MQ=255) AAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTa < 1:511459‑M2/91‑1 (MQ=255) AAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTa > 1:381286‑M2/1‑91 (MQ=255) AAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTa < 1:2953387‑M2/91‑1 (MQ=255) AAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTa < 1:3662669‑M2/91‑1 (MQ=255) aGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAgg < 1:3744333‑M2/91‑3 (MQ=255) tgttaaagccaaaaacttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaaccatagTAGCTGCGATTCCAGCTAGGtt > 1:1614077‑M1/70‑91 (MQ=255) cAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAggtt < 1:1470141‑M2/91‑5 (MQ=255) gttaaagccaaaaacttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaaccatagTAGCTGCGATTCCAGCTAGGttt > 1:1910094‑M1/69‑91 (MQ=255) aTTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAggtttc > 1:933366‑M2/1‑85 (MQ=255) ttGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTcc > 1:1066579/1‑91 (MQ=255) gAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCttt > 1:2987200/1‑91 (MQ=255) aataaataGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCtttt > 1:2409162/1‑91 (MQ=255) ataaataGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTa < 1:1723912/91‑1 (MQ=255) taaataGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTAt > 1:3477932/1‑91 (MQ=255) aaataGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATc > 1:2215263/1‑91 (MQ=255) ataGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATccc > 1:4091196/1‑91 (MQ=255) tAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAg < 1:2293587/91‑1 (MQ=255) aaaGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGc < 1:81848/91‑1 (MQ=255) aaGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCt < 1:3893133/91‑1 (MQ=255) aGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTa < 1:2181094/91‑1 (MQ=255) gTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTaa < 1:117585/91‑1 (MQ=255) aCCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAAttt > 1:1990910/1‑91 (MQ=255) aCCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAAttt > 1:41314/1‑91 (MQ=255) cccGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCATTTTTAGCTAAtttt > 1:2810271/1‑91 (MQ=255) cccGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTGCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAAtttt < 1:3326628/91‑1 (MQ=255) 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ccTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGc < 1:2553103/91‑1 (MQ=255) ccTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGc < 1:579348/91‑1 (MQ=255) ctccGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCt > 1:2663148/4‑91 (MQ=255) cTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCt > 1:2771637/1‑91 (MQ=255) cGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTa > 1:1000669/1‑91 (MQ=255) cGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTa > 1:2255309/1‑91 (MQ=255) AAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAAc < 1:3931222‑M1/91‑1 (MQ=255) AAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAAc > 1:3064752‑M1/1‑91 (MQ=255) AACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACa < 1:3283984‑M1/91‑1 (MQ=255) aCCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAggtttcgaaggatgtacaatgtaatcttaaatacgggttactttagatactatttattccaattgc < 1:1801004‑M2/91‑67 (MQ=255) ACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACAt < 1:165484‑M1/91‑1 (MQ=255) ACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACAt < 1:701498‑M1/91‑1 (MQ=255) CCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCGTTAACATc < 1:1438348‑M1/91‑1 (MQ=255) CATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCt > 1:4007247‑M1/1‑91 (MQ=255) aTAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCtt > 1:1838194/1‑91 (MQ=255) tagtagCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCTTc < 1:621726‑M2/91‑2 (MQ=255) agtagCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCTTca > 1:2483482‑M2/1‑89 (MQ=255) gtagCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCTTcaa < 1:1688663‑M2/91‑4 (MQ=255) gtagCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCTTcaa < 1:1364291‑M2/91‑4 (MQ=255) gtagCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCTTcaa < 1:2144752‑M2/91‑4 (MQ=255) gtagCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCTTcaa < 1:1032424‑M2/91‑4 (MQ=255) TAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCTTCaaa < 1:3141203‑M1/91‑1 (MQ=255) | CGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTCCAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCTTCAAAA > NC_012417/2053‑2234 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |