New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_012417 | 2143 = | 5513 (0.550) | 395 (0.040) | 30/148 | NT | 7.1% | coding (532/582 nt) | USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein |
? | NC_012417 | 2161 = | 5288 (0.570) | coding (514/582 nt) | USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein |
Only 100 of 9672 total aligned reads displayed.
TTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTC‑CAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTTTTGGCTTTAACATCTTCAAAAACTGCTGTGATTATGT > NC_012417/2077‑2250 | tGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTC‑CAGCTAGGTTTCCt > 1:695762/1‑91 (MQ=255) tGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTC‑CAGCTAGGTTTCCt > 1:1177582/1‑91 (MQ=255) gccaaaaacttaaagggcgtagcaaaaaaattagctaaaattgggataaaaggaaaccatagTAGCTGCGATTC‑CAGCTAGGTTTCCtttt > 1:2720401‑M1/63‑91 (MQ=255) aataaataGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTC‑CAGCTAGGTTTCCtttt > 1:103186/1‑91 (MQ=255) ataaataGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTC‑CAGCTAGGTTTCCTTTTa > 1:164642/1‑91 (MQ=255) aaataGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTC‑CAGCTAGGTTTCCTTTTATc > 1:3821607/1‑91 (MQ=255) aataGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTC‑CAGCTAGGTTTCCTTTTATcc > 1:3621390/1‑91 (MQ=255) aataGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTC‑CAGCTAGGTTTCCTTTTATcc > 1:3390839/1‑91 (MQ=255) aataGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTC‑CAGCTAGGTTTCCTTTTATcc < 1:81610/91‑1 (MQ=255) ataGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTC‑CAGCTAGGTTTCCTTTTATccc < 1:577408/91‑1 (MQ=255) taGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTC‑CAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCa > 1:3979258/1‑91 (MQ=255) gTATCTAAAGTACCCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTC‑CAGCTAGGTTTCCTTTTATCCGAAt > 1:3207928/1‑91 (MQ=255) gTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTC‑CAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAAt > 1:3582646/1‑91 (MQ=255) gTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTC‑CAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAAt > 1:2758106/1‑91 (MQ=255) 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cGTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTC‑CAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAAtttttt < 1:4097454/91‑1 (MQ=255) gTATTTAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTC‑CAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAAttttttt > 1:3167798/1‑91 (MQ=255) tttAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTC‑CAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCt < 1:3279408/91‑1 (MQ=255) ttAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTC‑CAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTa < 1:1400418/91‑1 (MQ=255) tAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTC‑CAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTAc < 1:3131/91‑1 (MQ=255) tAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTC‑CAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTAc > 1:1714482/1‑91 (MQ=255) tAAGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTC‑CAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTAc > 1:2796532/1‑91 (MQ=255) aGATTACATTGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTC‑CAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGc > 1:2407974/1‑91 (MQ=255) 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ttGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTC‑CAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAG > 1:2870572‑M1/1‑91 (MQ=255) ttGTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTC‑CAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAG < 1:2172392‑M1/91‑1 (MQ=255) gTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTC‑CAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTT > 1:654445‑M1/1‑91 (MQ=255) gTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTC‑CAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTT > 1:2367915‑M1/1‑91 (MQ=255) gTACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTC‑CAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTT < 1:232834‑M1/91‑1 (MQ=255) tACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTC‑CAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTT < 1:3701890‑M1/91‑1 (MQ=255) tACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTC‑CAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTT < 1:247843‑M1/91‑1 (MQ=255) tACATCCTTCGAAACCATAGTAGCTGCGATTC‑CAGCTAGGTTTCCTTTTATCCCAATTTTAGCTAATTTTTTTGCTACGCCCTTTAAGTTT > 1:4054803‑M1/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |