| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 57551 = | 118 (1.200) | 12 (0.140) | 10/144 | NT | 11.0% | coding (618/621 nt) | USA300HOU_RS00240 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 57600 = | 87 (0.980) | intergenic (+46/+871) | USA300HOU_RS00240/USA300TCH1516_00049 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
AAGGTAGAACTTATTAAGCATATTAAATTAATTAACTTGATACTTTTCAATAAAAAACAGAGCACCTCCATAACGTGGAGGATGCTCTATTTTTTTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/57648‑57551‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttttttatTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCTTCTGTTCGATCTCTTATGTACTCA > USA300TCH1516_ALE/57600‑57689 AAGGTAGAACTTATTAAGCATATTAAATTAATTAACTTGATACTTTTCAATAAAAAACAGAGCACCTCCATAACGTGGAGGATGCTCTATT < 1:3228008/91‑1AAGGTAGAACTTATTAAGCATATTAAATTAATTAACTTGATACTCTTCAATAAAAAACAGAGCACCTCCATAACGTGGAGGATGCTCTATT > 1:1080809/1‑91 GTAGAACTTATTAAGCATATTAAATTAATTAACTTGATACTTTTCAATAAAAAACAGAGCACCTCCATAACGTGGAGGATGCTCTATTTTT > 1:2595746/1‑91 GTAGAACTTATTAAGCATATTAAATTAATTAACTTGAAACTTTTCAATAAAAAACAGAGCACCTCCATAACGTGGAGGATGCTCTATTTTT > 1:3501121/1‑91 GTAGAACTTATTAAGCATATTAAATTAATTAACTTGAAACTTTTCAATAAAAAACAGAGCACCTCCATAACGTGGAGGATGCTCTATTTTT > 1:3501108/1‑91 GAACTTATTAAGCATATTAAATTAATTAACTTGATACTTTTCAATAAAAAACAGAGCACCTCCATAACGTGGAGGATGCTCTATTTTTTTA > 1:3817308/1‑91 GAACTTATTAAGCATATTAAATTAATTAACTTGATACTTTTCAATAAAAAACAGAGCACCTCCATAACGTGGAGGATGCTCTATTTTTTTA > 1:737524/1‑91 AACTTATTAAGCATATTAAATTAATTAACTTGATACTTTTCAATAAAAAACAGAGCACCTCCATAACGTGGAGGATGCTCTATTTTTTTAT > 1:2214075/1‑91 AACTTATTAAGCATATTAAATTAATTAACTTGATACTATTCAATAAAAAACAGAGCACCTCCATAACGTGGAGGATGCTCTATTTTTTTAT > 1:3500011/1‑91 TCAATAAAAAACAGAGCACCTCCATAACGTGGAGGATGCTCTA‑TTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAG > 1:253064/1‑91 TCAATAAAAAACAGAGCACCTCCATAACGTGGAGGATGCTCTA‑TTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAG > 1:1574494/1‑91 AATAAAAAACAGAGCACCTCCATAACGTGGAGGATGCTCTA‑TTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTT > 1:2826777/1‑91 TAAAAAACAGAGCACCTCCATAACGTGGAGGATGCTCTATTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTC > 1:714780/1‑91 AAAAACAGAGCACCTCCATAACGTGGAGGATGCTCT‑GTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTAC > 1:4115808/1‑91 AAACAGAGCACCTCCATAACGTGGAGGATGCTCTATTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACC > 1:1756347/1‑91 AACAGAGCACCTCCATAACGTGGAGGATGCTCTATTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCT > 1:3430802/1‑91 AACAGAGCACCTCCATAACGTGGAGGATGCGCTA‑TTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAATCAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTT > 1:2263415/1‑91 CAGAGCACCTCCATAACGTGGAGGATGCTCTATTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTG > 1:2936872/1‑91 AGCACCTCCATAACGTGGAGGATGCTCTATTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACC > 1:806170/1‑91 CACCTCCATAACGTGGAGGATGCTCTA‑TTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTT > 1:443810/1‑91 ATAACGTGGAGGATGCTCT‑GTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTA > 1:3337869/1‑91 TTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCTTCTGTTCGATCTCTTAT > 1:2125626/1‑91 TTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCTTCTGTTCGATCTCTTATG < 1:2438359/91‑1 TTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCTTCTGTTCGATCTCTTATG < 1:2438330/91‑1 TTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCTTCTGTTCGATCTCTTATG < 1:2435688/91‑1 TTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCTTCTGTTCGATCTCTTATGTAC < 1:2034951/91‑1 TTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCTTCTGTTCGATCTCTTATGTAC > 1:540328/1‑91 ATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCTTCTGTTCGATCTCTTATGTACTC < 1:1474123/91‑1 ATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCTTCTGTTCGATCTCTTATGTACTC > 1:3378612/1‑91 ATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCTTCTGTTCGATCTCTTATGTACTC < 1:2834990/91‑1 TTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCTTCTGTTCGATCTCTTATGTACTga < 1:852593/91‑3 TTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCTTCTGTTCGATCTCTTATGTACTCA < 1:3682829/91‑1 AAGGTAGAACTTATTAAGCATATTAAATTAATTAACTTGATACTTTTCAATAAAAAACAGAGCACCTCCATAACGTGGAGGATGCTCTATTTTTTTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/57648‑57551‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttttttatTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTTCTACCTTGACCTTTTTCTCTAGCTTCTGTTCGATCTCTTATGTACTCA > USA300TCH1516_ALE/57600‑57689 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |