New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | 57551 = | 118 (1.200) | 12 (0.140) | 10/144 | NT | 11.0% | coding (618/621 nt) | USA300HOU_RS00240 | hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 57600 = | 87 (0.980) | intergenic (+46/+871) | USA300HOU_RS00240/USA300TCH1516_00049 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
ACAAGCGGTCAACACCCTAATTTAGTAAATGTTAATCTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCACGTTATGGAGGTGCTCTGTTTTTTATTGAAAAGTATCAAGTTAATTAATTTAATATGCTTAATAAGTT > USA300TCH1516_ALE/57462‑57641 | gagtacataagagatcgaacagaagctagagaaaaaggtcaaggtagaacttattaagcatattaaattaattaacttgatacttttcaAt > 1:3378612‑M1/90‑91 (MQ=255) gagtacataagagatcgaacagaagctagagaaaaaggtcaaggtagaacttattaagcatattaaattaattaacttgatacttttcaAt < 1:2834990‑M1/2‑1 (MQ=255) gagtacataagagatcgaacagaagctagagaaaaaggtcaaggtagaacttattaagcatattaaattaattaacttgatacttttcaAt < 1:1474123‑M1/2‑1 (MQ=255) aGCGGTCAACACCCTAATTTAGTAAATGTTAATCTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATaaa < 1:695267/91‑1 (MQ=255) gCGGTCAACACCCTAATTTAGTAAATGTTAATCTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATaaaa > 1:3360576/1‑91 (MQ=255) gCGGTCAACACCCTAATTTAGTAAATGTTAATCTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATaaaa > 1:3359919/1‑91 (MQ=255) 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cacCCTAATTTAGTAAATGTTAATCTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATagag < 1:3708927/91‑1 (MQ=255) acCCTAATTTAGTAAATGTTAATCTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGc > 1:2210408/1‑91 (MQ=255) ccTAATTTAGTAAATGTTAATCTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCAt > 1:1505490/1‑91 (MQ=255) tAATTTAGTAAATGTTAATCTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCAtcc > 1:2688359/1‑91 (MQ=255) aTTGAGTAAATGTTAATCTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAATTAGAGCAtcctc < 1:3206849/91‑1 (MQ=255) ttAGTAAATGTTAATCTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAACAAAATAGAGCATCCTCCa > 1:1200878/1‑91 (MQ=255) ttAGTAAATGTTAATCTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCa > 1:1200284/1‑91 (MQ=255) tAGTAAATGTTAATCTTGAAGGTATTAATATTAATAAAGATGAATTTGAAATATTAGTAAATGCGTTATAAAAAAATAGAGCATCCTCCAc < 1:2938401/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |